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- PDB-2pnf: Structure of Aquifex Aeolicus FabG 3-oxoacyl-(acyl-carrier protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pnf
タイトルStructure of Aquifex Aeolicus FabG 3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase
要素3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / short chain oxidoreductase / Rossmann fold
機能・相同性
機能・相同性情報


3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / fatty acid elongation / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase / : / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold ...3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase / : / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Mao, Q. / Umland, T.C.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Aquifex Aeolicus FabG 3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase
著者: Mao, Q. / Huether, R. / Duax, W.L. / Umland, T.C.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: Crystallization and X-ray diffraction analysis of the beta-ketoacyl-acyl carrier protein reductase FabG from Aquifex aeolicus VF5.
著者: Mao, Q. / Duax, W.L. / Umland, T.C.
履歴
登録2007年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9407
ポリマ－53,7922
非ポリマー1,1485
水5,350297
1
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,88114
ポリマ－107,5844
非ポリマー2,29710
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area17510 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area35140 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)105.600, 63.600, 73.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1253-

HOH

21A-1254-

HOH

31B-1255-

HOH

41B-1256-

HOH

詳細The biological unit is a tetramer generated from the dimer in the asymmetric unit by the applying the operation 1-x, 1-y, z

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要素

#1: タンパク質 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-ketoacyl- acyl carrier protein reductase


分子量: 26896.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: fabG / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3)
参照: UniProt: O67610, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400


分子量: 238.278 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 36%(v/v) PEG 400, 0.12 M ammonium chloride, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月1日
放射モノクロメーター: Si(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40 Å / Num. all: 46848 / Num. obs: 46052 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 19.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.306 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 4137 / % possible all: 89.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CaspR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: truncated PDB entry 1Q7B

1q7b


解像度: 1.8→36.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 66256.41 / Data cutoff high rms absF: 66256.41 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 2172 5 %RANDOM
Rwork0.176 ---
all-46678 --
obs-43737 93.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.8192 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.26 Å20 Å20 Å2
2--12.3 Å20 Å2
3----4.03 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→36.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3776 0 76 297 4149
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.75
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 280 4.5 %
Rwork0.231 5880 -
obs-5880 80.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ligand_FabG.parligand_FabG.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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