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万見
- PDB-2ply: Structure of the mRNA binding fragment of elongation factor SelB ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ply
タイトルStructure of the mRNA binding fragment of elongation factor SelB in complex with SECIS RNA.
要素
  • RNA (5'-R(*GP*GP*CP*GP*UP*UP*GP*CP*CP*GP*GP*UP*CP*UP*GP*GP*CP*AP*AP*CP*GP*CP*C)-3')
  • Selenocysteine-specific elongation factor
キーワードtranslation/RNA / protein-rna / complex / rna / winged helix / selb / SECIS / translation-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


selenocysteine incorporation / translation elongation factor activity / GTPase activity / GTP binding / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #2770 / Translation elongation factor SelB, winged helix, type 1 / Elongation factor SelB, winged helix / Translation elongation factor SelB, winged helix, type 2 / Elongation factor SelB, winged helix / Translation elongation factor SelB, winged helix, type 3 / Elongation factor SelB, winged helix / Translation elongation factor, selenocysteine-specific / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #2770 / Translation elongation factor SelB, winged helix, type 1 / Elongation factor SelB, winged helix / Translation elongation factor SelB, winged helix, type 2 / Elongation factor SelB, winged helix / Translation elongation factor SelB, winged helix, type 3 / Elongation factor SelB, winged helix / Translation elongation factor, selenocysteine-specific / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Small GTP-binding protein domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Selenocysteine-specific elongation factor
類似検索 - 構成要素
生物種Moorella thermoacetica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Soler, N. / Fourmy, D. / Yoshizawa, S.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural insight into a molecular switch in tandem winged-helix motifs from elongation factor SelB.
著者: Soler, N. / Fourmy, D. / Yoshizawa, S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of the mRNA-binding domain of elongation factor SelB from Escherichia coli in complex with RNA
著者: Soler, N. / Fourmy, D. / Yoshizawa, S.
履歴
登録2007年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*GP*UP*UP*GP*CP*CP*GP*GP*UP*CP*UP*GP*GP*CP*AP*AP*CP*GP*CP*C)-3')
E: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*GP*UP*UP*GP*CP*CP*GP*GP*UP*CP*UP*GP*GP*CP*AP*AP*CP*GP*CP*C)-3')
A: Selenocysteine-specific elongation factor
B: Selenocysteine-specific elongation factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,91428
ポリマ－74,2564
非ポリマー65824
水1,964109
1
C: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*GP*UP*UP*GP*CP*CP*GP*GP*UP*CP*UP*GP*GP*CP*AP*AP*CP*GP*CP*C)-3')
A: Selenocysteine-specific elongation factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,58118
ポリマ－37,1282
非ポリマー45316
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*GP*UP*UP*GP*CP*CP*GP*GP*UP*CP*UP*GP*GP*CP*AP*AP*CP*GP*CP*C)-3')
B: Selenocysteine-specific elongation factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,33410
ポリマ－37,1282
非ポリマー2068
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.640, 120.838, 50.865
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.18, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 4分子 CEAB

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*GP*CP*GP*UP*UP*GP*CP*CP*GP*GP*UP*CP*UP*GP*GP*CP*AP*AP*CP*GP*CP*C)-3')


分子量: 7386.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: In vitro transcription
#2: タンパク質 Selenocysteine-specific elongation factor / SelB translation factor


分子量: 29741.746 Da / 分子数: 2 / Mutation: S535W, F536V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moorella thermoacetica (バクテリア)
遺伝子: selB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q46455

-
非ポリマー , 5種, 133分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.92 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 25% PEG4000, 0.1M Na-Acetate pH 4.6, 0.2M Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG400011
2Na-Acetate11
3Ammonium sulfate11
4PEG400012
5Na-Acetate12
6Ammonium sulfate12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月20日
放射モノクロメーター: 2mirrors: N2 cooled + sagittaly bent
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→95.563 Å / Num. all: 27498 / Num. obs: 28977 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.517 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Rsym value: 0.517 / % possible all: 100

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.6 Å17.56 Å
Translation2.6 Å17.56 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
Xnemoデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WSU,1LVA

1wsu

1lva


解像度: 2.6→95.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.901 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.84 / SU B: 9.5 / SU ML: 0.207 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.435 / ESU R Free: 0.313 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28691 1474 5.1 %RANDOM
Rwork0.22677 ---
obs0.22978 27498 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.325 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å20 Å2-0.92 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→95.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3313 976 24 109 4422
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0224680
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2372.2246574
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2225443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.27622.471170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.16915561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.11537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2260.2758
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023257
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2470.22109
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.23098
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3050.2207
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2720.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2050.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2460.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8941.52232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.70623519
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.63332730
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0414.53055
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.519 116 -
Rwork0.369 2034 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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