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- PDB-2pjp: Structure of the mRNA-binding domain of elongation factor SelB fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pjp
タイトルStructure of the mRNA-binding domain of elongation factor SelB from E.coli in complex with SECIS RNA
要素
  • SECIS RNA
  • Selenocysteine-specific elongation factor
キーワードtranslation/RNA / selb / protein-rna complex / elongation factor / secis / winged-helix / bulge / translation-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


selenocysteine metabolic process / selenocysteine insertion sequence binding / selenocysteine incorporation / translation elongation factor activity / GDP binding / tRNA binding / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Selenocysteine-specific elongation factor, winged helix domain / Selenocysteine-specific elongation factor, winged helix 1/3 / Translation elongation factor SelB, winged helix, type 2 / Elongation factor SelB, winged helix / Translation elongation factor SelB, winged helix, type 3 / Elongation factor SelB, winged helix / Translation elongation factor, selenocysteine-specific / : ...: / : / Selenocysteine-specific elongation factor, winged helix domain / Selenocysteine-specific elongation factor, winged helix 1/3 / Translation elongation factor SelB, winged helix, type 2 / Elongation factor SelB, winged helix / Translation elongation factor SelB, winged helix, type 3 / Elongation factor SelB, winged helix / Translation elongation factor, selenocysteine-specific / : / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Selenocysteine-specific elongation factor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Soler, N. / Fourmy, D. / Yoshizawa, S.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural insight into a molecular switch in tandem winged-helix motifs from elongation factor SelB.
著者: Soler, N. / Fourmy, D. / Yoshizawa, S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of the mRNA-binding domain of elongation factor SelB from Escherichia coli in complex with RNA.
著者: Soler, N. / Fourmy, D. / Yoshizawa, S.
履歴
登録2007年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: SECIS RNA
A: Selenocysteine-specific elongation factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,28326
ポリマ－21,6152
非ポリマー66724
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.498, 56.515, 48.414
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.600, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 BA

#1: RNA鎖 SECIS RNA


分子量: 7386.423 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: in vitro transcription with T7 RNA polymerase
#2: タンパク質 Selenocysteine-specific elongation factor / SelB translation factor


分子量: 14229.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: selB, fdhA / プラスミド: pGEX-2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P14081

-
非ポリマー , 5種, 136分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 6.7 mM calcium chloride, 33 mM sodium acetate ,10% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.17M sodium fluoride (final), pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1calcium chloride11
2sodium acetate11
32-methyl-2,4-pentanediol11
4sodium fluoride11
5calcium chloride12
6sodium acetate12
72-methyl-2,4-pentanediol12
8sodium fluoride12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月19日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si crystals / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→51.503 Å / Num. all: 17473 / Num. obs: 18032 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 38.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2-2.112.60.940.6652425450.9492.8
2.11-2.243.70.8270.8904124600.82795.8
2.24-2.393.60.5330.6845923530.53396
2.39-2.583.70.3112.3803821860.31196.2
2.58-2.833.60.1833.8737420220.18396.3
2.83-3.163.60.1046.7662418160.10496.5
3.16-3.653.60.0689.7591716300.06896.9
3.65-4.473.60.04811.8492213740.04896.8
4.47-6.323.60.04213.4382310690.04297
6.32-18.333.30.04712.619315770.04792.4

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位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.3 Å18.16 Å
Translation2.3 Å18.16 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
Xnemoデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WSU

1wsu


解像度: 2.3→51.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 6.086 / SU ML: 0.153 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.281 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 850 7.1 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.204 11957 95.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.599 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.73 Å20 Å2-0.01 Å2
2--0.47 Å20 Å2
3---1.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→51.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数982 491 24 112 1609
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0211546
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4632.3472197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2255120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.27822.80757
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.83415174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.8461514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1610.2257
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021018
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2370.2610
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.2951
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2380.2107
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.4680.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2920.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1270.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.460.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0571.5598
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9682951
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.04731069
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1344.51246
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 62 -
Rwork0.267 832 -
obs-894 95.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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