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- PDB-4kdp: TcaR-ssDNA complex crystal structure reveals the novel ssDNA bind... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kdp
タイトルTcaR-ssDNA complex crystal structure reveals the novel ssDNA binding mechanism of the MarR family proteins
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*CP*TP*A)-3')
  • TcaR transcription regulator
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Multiple drug resistance / ssDNA binding / antibiotics / Staphylococci / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to stress / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
MarR family / : / ArsR-like helix-turn-helix domain / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...MarR family / : / ArsR-like helix-turn-helix domain / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / TcaR transcription regulator / TcaR transcription regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Chang, Y.M. / Chen, C.K.-M. / Wang, A.H.-J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: TcaR-ssDNA complex crystal structure reveals new DNA binding mechanism of the MarR family proteins.
著者: Chang, Y.M. / Ho, C.H. / Chen, C.K. / Maestre-Reyna, M. / Chang-Chien, M.W. / Wang, A.H.
履歴
登録2013年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月14日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TcaR transcription regulator
B: TcaR transcription regulator
C: TcaR transcription regulator
D: TcaR transcription regulator
E: TcaR transcription regulator
F: TcaR transcription regulator
G: TcaR transcription regulator
H: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*CP*TP*A)-3')
J: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*CP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,94720
ポリマ－131,9649
非ポリマー98311
水1,63991
1
A: TcaR transcription regulator
B: TcaR transcription regulator
H: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*CP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4079
ポリマ－39,9153
非ポリマー4936
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: TcaR transcription regulator
D: TcaR transcription regulator
J: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*CP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1595
ポリマ－39,9153
非ポリマー2442
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: TcaR transcription regulator
F: TcaR transcription regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0035
ポリマ－34,7562
非ポリマー2463
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: TcaR transcription regulator

G: TcaR transcription regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7562
ポリマ－34,7562
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_465y-1,x+1,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.899, 91.899, 261.534
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質
TcaR transcription regulator


分子量: 17378.195 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
株: ATCC 12228 / 遺伝子: SE_1937 / プラスミド: pET32 Xa/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8CN94, UniProt: A0A0H2VJZ8*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*CP*TP*A)-3')


分子量: 5158.339 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 40 % ethylene glycol, 0.1 M Tris , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月28日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→30 Å / Num. all: 15185 / Num. obs: 15179 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 3.6→3.73 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.526 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KP7

3kp7


解像度: 3.6→16 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.285 706 RANDOM
Rwork0.274 --
obs0.274 14084 -
原子変位パラメータBiso mean: 112.238 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8509 420 64 91 9084
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.985
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.73 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.438 57 -
Rwork0.373 --
obs--84.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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