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万見
- PDB-2pkc: CRYSTAL STRUCTURE OF CALCIUM-FREE PROTEINASE K AT 1.5 ANGSTROMS R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pkc
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF CALCIUM-FREE PROTEINASE K AT 1.5 ANGSTROMS RESOLUTION
要素PROTEINASE K
キーワードHYDROLASE(SERINE PROTEINASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. ...Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8, subtilisin-related / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Engyodontium album (菌類)
手法X線回折 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Mueller, A. / Hinrichs, W. / Wolf, W.M. / Saenger, W.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994
タイトル: Crystal structure of calcium-free proteinase K at 1.5-A resolution.
著者: Muller, A. / Hinrichs, W. / Wolf, W.M. / Saenger, W.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1989
タイトル: Long-Range Structural Changes in Proteinase K Triggered by Calcium Ion Removal
著者: Bajorath, J. / Raghunathan, S. / Hinrichs, W. / Saenger, W.
#2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1986
タイトル: Three-Dimensional Structure of Proteinase K at 0.15-Nm Resolution
著者: Betzel, C. / Pal, G.P. / Saenger, W.
履歴
登録1993年6月4日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEINASE K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9542
ポリマ－28,9311
非ポリマー231
水3,495194
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.270, 68.270, 108.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 171
2: RESIDUES SER 15, SER 219, AND SER 247, SHOWED TWOFOLD DISORDERED POSITIONS FOR ATOM OG, HENCE THEIR ALTERNATE INDICATORS ARE *A* AND *B*. THEY HAVE AN OCCUPANCY OF 0.5 EACH, AND WERE REFINED AS DESCRIBED ABOVE.
3: ONE WATER (HOH 322) WAS LOCATED PRECISELY ON AN ELEMENT OF SYMMETRY, THEREFORE, IT WAS GIVEN HALF THE OCCUPANCY IT WOULD HAVE HAD, IF NOT LOCATED ON THE AXIS (OCC.=0.35).
4: ALL ATOMS OF THE PEPTIDE SEQUENCE WERE LOCATED, EXCEPT FOR THE SIDE-CHAIN OF THE C-TERMINAL GLN (278), WHICH WAS ONLY FOUND UP TO CB.
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-322-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PROTEINASE K


分子量: 28930.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Engyodontium album (菌類) / 参照: UniProt: P06873, peptidase K
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THERE ARE THREE BENDS IN THIS STRUCTURE. S1: SER 79, GLY 83; S2: TRP 212, SER 216 (NESTED WITH T16); ...THERE ARE THREE BENDS IN THIS STRUCTURE. S1: SER 79, GLY 83; S2: TRP 212, SER 216 (NESTED WITH T16); S3: THR 244, ALA 248.
配列の詳細THE PROTEIN SEQUENCE (279 AMINO ACIDS) IS THE SAME AS THAT OF THE NATIVE ENZYME PRESENTED IN ...THE PROTEIN SEQUENCE (279 AMINO ACIDS) IS THE SAME AS THAT OF THE NATIVE ENZYME PRESENTED IN PROTEIN DATA BANK ENTRY 2PRK.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.47 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
16 %(w/v)protein1drop
250 mMTris-HCl1drop
3300 mMsodium-EDTA1drop
40.02 %1dropNaN3
50.75 M1reservoirNaNO3

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. obs: 33854 / % possible obs: 78 % / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.147

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解析

ソフトウェア名称: TNT / 分類: 精密化
精密化Rfactor obs: 0.201 / 最高解像度: 1.5 Å
詳細: THE OCCUPANCIES OF WATER OXYGENS COULD BE REFINED IN A LAST CYCLE OF REFINEMENT, BUT ONLY THOSE WITH OCCUPANCY GREATER THAN 0.5 WERE RETAINED.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2029 0 1 194 2224
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / Rfactor obs: 0.201
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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