[日本語] English
万見
- PDB-2pjr: HELICASE PRODUCT COMPLEX -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pjr
タイトルHELICASE PRODUCT COMPLEX
要素
  • (PROTEIN (HELICASE ...) x 2
  • DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*T)-3')
キーワードHYDROLASE/DNA / HELICASE PCRA / HYDROLASE / DNA / PRODUCT COMPLEX / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA helicase complex / recombinational repair / 3'-5' DNA helicase activity / DNA 3'-5' helicase / response to radiation / DNA replication / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Double Stranded RNA Binding Domain - #800 / ATP-dependent DNA helicase PcrA / Arc Repressor Mutant, subunit A - #160 / PcrA/UvrD tudor domain / PCRA; domain 4 / PCRA; domain 4 / DExx box DNA helicase domain superfamily / UvrD-like DNA helicase C-terminal domain profile. / UvrD-like DNA helicase, C-terminal / UvrD-like helicase C-terminal domain ...Double Stranded RNA Binding Domain - #800 / ATP-dependent DNA helicase PcrA / Arc Repressor Mutant, subunit A - #160 / PcrA/UvrD tudor domain / PCRA; domain 4 / PCRA; domain 4 / DExx box DNA helicase domain superfamily / UvrD-like DNA helicase C-terminal domain profile. / UvrD-like DNA helicase, C-terminal / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD/REP helicase N-terminal domain / UvrD-like DNA helicase ATP-binding domain profile. / DNA helicase, UvrD/REP type / UvrD-like helicase, ATP-binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / ATP-dependent DNA helicase PcrA
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Velankar, S.S. / Soultanas, P. / Dillingham, M.S. / Subramanya, H.S. / Wigley, D.B.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1999
タイトル: Crystal structures of complexes of PcrA DNA helicase with a DNA substrate indicate an inchworm mechanism.
著者: Velankar, S.S. / Soultanas, P. / Dillingham, M.S. / Subramanya, H.S. / Wigley, D.B.
履歴
登録1999年3月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*T)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*C)-3')
I: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*C)-3')
A: PROTEIN (HELICASE PCRA)
B: PROTEIN (HELICASE PCRA)
F: PROTEIN (HELICASE PCRA)
G: PROTEIN (HELICASE PCRA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,36210
ポリマ－153,1708
非ポリマー1922
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.050, 62.600, 141.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.84, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

-
要素

-
DNA鎖 , 3種, 4分子 CDHI

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 1476.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*C)-3')


分子量: 573.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*C)-3')


分子量: 1480.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
PROTEIN (HELICASE ... , 2種, 4分子 AFBG

#4: タンパク質 PROTEIN (HELICASE PCRA) / EC 3.6.1.- / ATP-DEPENDENT HELICASE PCRA


分子量: 63369.156 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 1-548 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P56255, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#5: タンパク質 PROTEIN (HELICASE PCRA) / EC 3.6.1.- / ATP-DEPENDENT HELICASE PCRA


分子量: 10713.169 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 556-650 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P56255, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用

-
非ポリマー , 1種, 2分子

#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.8 %
結晶化pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop consists of 1:1 mixture of well and protein solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度単位一般名Crystal-IDSol-ID化学式
8106 mM1dropNaCl
9100 mMTris-HCl1reservoir
1mMDNA substrate1drop
2%glucose1drop
4mMADPNP1drop
5mMdithiothreitol1drop
6mMTris-HCl1drop
7mMEDTA1drop
3mM1dropMgCl2
1050 mM1reservoirLi2SO4
1112-20 %PEG40001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→10 Å / Num. all: 31850 / Num. obs: 31850 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.068

-
解析

ソフトウェア名称: CNS / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 1609 5.1 %
Rwork0.24 --
all-31850 -
obs-31850 97.9 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10333 330 10 0 10673
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る