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- PDB-5x2n: Crystal structure of the medaka fish taste receptor T1r2a-T1r3 li... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x2n
タイトルCrystal structure of the medaka fish taste receptor T1r2a-T1r3 ligand binding domains in complex with L-alanine
要素
  • (Taste receptor, type 1, member ...) x 2
  • Fab16A Heavy chain
  • Fab16A Light chain
キーワードSIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / receptor / ligand binding / amino acid / venus-flytrap domain / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


G protein-coupled receptor activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 3, extracellular calcium-sensing receptor-related / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region ...GPCR, family 3, extracellular calcium-sensing receptor-related / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ALANINE / Taste receptor type 1 member 3 / Taste receptor, type 1, member 2a
類似検索 - 構成要素
生物種Oryzias latipes (ヒメダカ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Nuemket, N. / Yasui, N. / Atsumi, N. / Yamashita, A.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structural basis for perception of diverse chemical substances by T1r taste receptors
著者: Nuemket, N. / Yasui, N. / Kusakabe, Y. / Nomura, Y. / Atsumi, N. / Akiyama, S. / Nango, E. / Kato, Y. / Kaneko, M.K. / Takagi, J. / Hosotani, M. / Yamashita, A.
履歴
登録2017年2月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Taste receptor, type 1, member 2a
B: Taste receptor, type 1, member 3
C: Taste receptor, type 1, member 2a
D: Taste receptor, type 1, member 3
H: Fab16A Heavy chain
L: Fab16A Light chain
J: Fab16A Heavy chain
K: Fab16A Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)310,93039
ポリマ－305,3698
非ポリマー5,56131
水13,421745
1
A: Taste receptor, type 1, member 2a
B: Taste receptor, type 1, member 3
H: Fab16A Heavy chain
L: Fab16A Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,57620
ポリマ－152,6854
非ポリマー2,89116
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Taste receptor, type 1, member 2a
D: Taste receptor, type 1, member 3
J: Fab16A Heavy chain
K: Fab16A Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,35419
ポリマ－152,6854
非ポリマー2,67015
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.372, 117.472, 130.055
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.93, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Taste receptor, type 1, member ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Taste receptor, type 1, member 2a / T1r2a


分子量: 51471.105 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 12-466 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryzias latipes (ヒメダカ) / 遺伝子: TAS1R2a / 細胞株 (発現宿主): Schneider 2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: A0A173M0G2
#2: タンパク質 Taste receptor, type 1, member 3 / T1r3


分子量: 53131.977 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 12-483 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryzias latipes (ヒメダカ) / 遺伝子: TAS1R3 / 細胞株 (発現宿主): Schneider 2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: A0A173M094

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抗体 , 2種, 4分子 HJLK

#3: 抗体 Fab16A Heavy chain


分子量: 24182.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 抗体 Fab16A Light chain


分子量: 23899.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

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糖 , 1種, 23分子

#5: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 753分子

#6: 化合物
ChemComp-ALA / ALANINE / アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 745 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 12~13% (w/v) PEG 1500, 3% (v/v) PEG400, 0.1 M MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 145695 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 7359 / Rsym value: 0.58 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2E4U, 1A6T

2e4u

1a6t


解像度: 2.2→49.658 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2441 7095 4.92 %
Rwork0.1947 --
obs0.1971 144158 95.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.658 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20557 0 350 745 21652
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00821471
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.129153
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9237724
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0423336
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053684
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.2250.32662440.27094592X-RAY DIFFRACTION97
2.225-2.25120.37262430.31684620X-RAY DIFFRACTION97
2.2512-2.27860.33862420.28494641X-RAY DIFFRACTION97
2.2786-2.30750.29552650.24524635X-RAY DIFFRACTION97
2.3075-2.33780.33272480.23844588X-RAY DIFFRACTION97
2.3378-2.36990.28142560.23524607X-RAY DIFFRACTION97
2.3699-2.40370.28712450.23474635X-RAY DIFFRACTION97
2.4037-2.43960.28912590.22984627X-RAY DIFFRACTION97
2.4396-2.47770.292440.22934583X-RAY DIFFRACTION96
2.4777-2.51830.30622490.22494538X-RAY DIFFRACTION96
2.5183-2.56180.28462330.23344618X-RAY DIFFRACTION96
2.5618-2.60830.29492340.22754533X-RAY DIFFRACTION94
2.6083-2.65850.28752190.22774334X-RAY DIFFRACTION91
2.6585-2.71280.30051890.2223912X-RAY DIFFRACTION82
2.7128-2.77170.2742390.22394550X-RAY DIFFRACTION95
2.7717-2.83620.28832310.22534696X-RAY DIFFRACTION98
2.8362-2.90710.31392240.22244715X-RAY DIFFRACTION98
2.9071-2.98570.29022650.23244640X-RAY DIFFRACTION98
2.9857-3.07360.27152560.22694712X-RAY DIFFRACTION98
3.0736-3.17280.27542540.21594686X-RAY DIFFRACTION98
3.1728-3.28610.29581990.22354691X-RAY DIFFRACTION97
3.2861-3.41770.26372150.21714669X-RAY DIFFRACTION96
3.4177-3.57320.26742080.20174647X-RAY DIFFRACTION96
3.5732-3.76150.22662370.18884444X-RAY DIFFRACTION93
3.7615-3.99710.20182210.17363928X-RAY DIFFRACTION82
3.9971-4.30550.17242190.1554749X-RAY DIFFRACTION98
4.3055-4.73850.17582500.14124780X-RAY DIFFRACTION99
4.7385-5.42350.19862340.14464650X-RAY DIFFRACTION97
5.4235-6.83020.20832470.17134560X-RAY DIFFRACTION94
6.8302-49.67030.2132260.16464483X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 90.8622 Å / Origin y: 51.6828 Å / Origin z: 31.8278 Å
111213212223313233
T0.3418 Å20.0035 Å20.009 Å2-0.3704 Å20.0009 Å2--0.2993 Å2
L0.1855 °20.0466 °20.0518 °2-0.0688 °20.0396 °2--0.0103 °2
S0.0038 Å °-0.0524 Å °0.0129 Å °-0.0179 Å °-0.0208 Å °0.0149 Å °-0.0263 Å °0.0216 Å °0.0144 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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