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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2peo | ||||||
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タイトル | Crystal structure of RbcX from Anabaena CA | ||||||
要素 | RbcX protein | ||||||
キーワード | CHAPERONE (シャペロン) / helix bundle (ヘリックスバンドル) / protein complex assembly (タンパク質複合体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribulose bisphosphate carboxylase complex assembly / カルボキシソーム / 炭素固定 / protein folding chaperone / 光合成 / protein homodimerization activity / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Anabaena sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Saschenbrecker, S. / Bracher, A. / Vasudeva Rao, K. / Vasudeva Rao, B. / Hartl, F.U. / Hayer-Hartl, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2007 タイトル: Structure and Function of RbcX, an Assembly Chaperone for Hexadecameric Rubisco. 著者: Saschenbrecker, S. / Bracher, A. / Rao, K.V. / Rao, B.V. / Hartl, F.U. / Hayer-Hartl, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2peo.cif.gz | 56.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2peo.ent.gz | 41 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2peo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/2peo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/2peo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological unit of RbcX is a dimer. There is 1 biological unit in the asymmetric unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17694.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anabaena sp. (バクテリア) / 株: CA / 遺伝子: rbcX / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q44212 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.35 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 1.0 M Ammonium phosphate, 0.1 M Sodium citrate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.072 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月18日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.072 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.4→59.774 Å / Num. obs: 11805 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 41.512 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 8.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2PEN 解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 11.201 / SU ML: 0.257 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.467 / ESU R Free: 0.317 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.152 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
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