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万見
- PDB-2pei: Crystal structure of selenomethionine-labeled RbcX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pei
タイトルCrystal structure of selenomethionine-labeled RbcX
要素ORF134
キーワードCHAPERONE (シャペロン) / helix bundle (ヘリックスバンドル) / protein complex assembly (タンパク質複合体)
機能・相同性
機能・相同性情報


ribulose bisphosphate carboxylase complex assembly / カルボキシソーム / 炭素固定 / protein folding chaperone / 光合成 / protein homodimerization activity / 細胞質
類似検索 - 分子機能
RuBisCO chaperone RbcX / Chaperonin-like RbcX / Chaperonin-like RbcX superfamily / RbcX protein / Chaperonin-like RbcX / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RuBisCO chaperone RbcX
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Saschenbrecker, S. / Bracher, A. / Vasudeva Rao, K. / Vasudeva Rao, B. / Hartl, F.U. / Hayer-Hartl, M.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2007
タイトル: Structure and Function of RbcX, an Assembly Chaperone for Hexadecameric Rubisco.
著者: Saschenbrecker, S. / Bracher, A. / Rao, K.V. / Rao, B.V. / Hartl, F.U. / Hayer-Hartl, M.
履歴
登録2007年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF134
B: ORF134
C: ORF134
D: ORF134
E: ORF134
F: ORF134
G: ORF134
H: ORF134
I: ORF134
J: ORF134
K: ORF134
L: ORF134


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,16612
ポリマ－154,16612
非ポリマー00
水75742
1
A: ORF134
B: ORF134


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6942
ポリマ－25,6942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4860 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area11220 Å2
手法PISA
2
C: ORF134
D: ORF134


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6942
ポリマ－25,6942
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4960 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area11270 Å2
手法PISA
3
E: ORF134
F: ORF134


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6942
ポリマ－25,6942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5010 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area11440 Å2
手法PISA
4
G: ORF134
H: ORF134


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6942
ポリマ－25,6942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5010 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area11490 Å2
手法PISA
5
I: ORF134
J: ORF134


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6942
ポリマ－25,6942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4920 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area11130 Å2
手法PISA
6
K: ORF134
L: ORF134


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6942
ポリマ－25,6942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area11030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.362, 71.102, 113.162
Angle α, β, γ (deg.)89.580, 81.100, 80.090
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological unit is a dimer. There are 6 biological units in the asymmetric unit (chains A & B,C & D, E & F, G & H, I & J and K & L).

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要素

#1: タンパク質
ORF134


分子量: 12847.202 Da / 分子数: 12 / 断片: core domain, residues 1-109 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechococcus sp. (バクテリア) / 株: PCC 7002 / 遺伝子: RbcX / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q44177
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG 4000, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 0.2 M Sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→111.803 Å / Num. obs: 56794 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.7-2.853.80.421.53183882800.4296.3
2.85-3.023.90.3012.23011477930.30196.4
3.02-3.233.90.2053.32858873760.20596.7
3.23-3.493.90.1325.22655868310.13296.8
3.49-3.823.90.0926.92460163300.09297
3.82-4.273.90.0729.42223857100.07297.1
4.27-4.933.90.06310.41967850820.06397.3
4.93-6.043.90.0718.61652842780.07197.5
6.04-8.543.80.05611.61263632990.05697.5
8.54-68.523.70.04312.9664018150.04397.4

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
1-17.24814.346-0.113SE51.510.74
22.98-5.89814.01SE56.580.79
315.561-9.904-9.112SE76.870.53
46.35510.8176.785SE65.410.35
551.38152.461-1.31SE50.271.11
641.17145.38222.773SE47.990.49
737.31320.69814.691SE57.51.06
857.23238.18220.053SE59.070.53
945.7644.43763.541SE51.130.61
1058.41714.46485.509SE56.520.64
1155.909-8.26598.519SE52.50.73
1268.1932.48976.63SE56.820.6
130.931-0.22233.603SE46.770.8
1422.02816.62530.576SE54.80.66
1534.6017.22751.524SE45.20.84
1626.043-0.50426.519SE69.610.66
1768.40615.54150.159SE49.770.75
1851.99539.20837.324SE55.060.69
1950.19552.72560.265SE58.670.55
2070.40136.89791.349SE58.130.38
21-18.1694.911.119SE54.140.24
2260.60551.812-1.222SE78.470.59
2352.0741.62757.476SE60.450.41
2453.858-1.388104.95SE58.050.58
251.896-7.69528.267SE72.920.58
2635.51416.49251.619SE57.720.38
2759.18216.22349.59SE65.510.31
2892.36910.80771.017SE77.770.5
2988.84237.75672.701SE73.830.38
3067.53743.02685.059SE48.380.63
3128.7997.81778.161SE48.510.33
3269.46666.008104.898SE66.750.34
3342.61854.85255.389SE66.150.58
3451.69226.75128.553SE57.010.43
3511.4711.3016.865SE71.640.33
368.66313.55625.34SE56.130.43
3746.14950.335107.87SE42.160.22
Phasing dmFOM : 0.57 / FOM acentric: 0.57 / FOM centric: 0 / 反射: 56792 / Reflection acentric: 56792 / Reflection centric: 0
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentric反射Reflection acentric
7.7-111.8030.910.9124412441
4.8-7.70.80.876027602
3.9-4.80.810.8195509550
3.4-3.90.670.6795869586
2.9-3.40.420.421704317043
2.7-2.90.240.241057010570

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
RESOLVE2.01位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 11.925 / SU ML: 0.238 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.509 / ESU R Free: 0.314 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 2881 5.1 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.215 56651 96.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.164 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.4 Å21.85 Å20.32 Å2
2---0.72 Å20.19 Å2
3---1.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10026 0 0 42 10068
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.02110167
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.029594
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6831.97313755
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.919322167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.62451268
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21637
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211133
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021944
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2420.22596
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2310.210906
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.26615
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2132
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1860.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2160.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0980.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7351.56376
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.49210204
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.58433791
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4534.53551
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.366 215
Rwork0.286 3875
obs-4090

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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