PDB-2pc4: Crystal structure of fructose-bisphosphate aldolase from Plasmodi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pc4

タイトル

Crystal structure of fructose-bisphosphate aldolase from Plasmodium falciparum in complex with TRAP-tail determined at 2.4 angstrom resolution

要素

Fructose-bisphosphate aldolase
PbTRAP

キーワード

LYASE (リアーゼ) /

Aldolase / Invasion machinery /

Plasmodium falciparum /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI /

Protein Structure Initiative / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium / SGPP

機能・相同性

機能・相同性情報

fructose-bisphosphate aldolase /

fructose-bisphosphate aldolase activity / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / glycolytic process / transmembrane signaling receptor activity /

actin binding / host cell plasma membrane /

細胞膜 /

生体膜 /

細胞膜 /

細胞質基質
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Bosch, J. / Buscaglia, C.A. / Krumm, B. / Cardozo, T. / Nussenzweig, V. / Hol, W.G.J. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Aldolase provides an unusual binding site for thrombospondin-related anonymous protein in the invasion machinery of the malaria parasite.
著者: Bosch, J. / Buscaglia, C.A. / Krumm, B. / Ingason, B.P. / Lucas, R. / Roach, C. / Cardozo, T. / Nussenzweig, V. / Hol, W.G.

履歴

登録	2007年3月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pc4.cif.gz	288.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pc4.ent.gz	234.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/2pc4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/2pc4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2ephC 1a5cS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2eph-d 6dzl-d 7k48-d 3one-1 1fdj-1 6ny2-d 3onf-1 8990 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Pfal007081AAA

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (5) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (5) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (3) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Fructose-bisphosphate aldolase

B: Fructose-bisphosphate aldolase

C: Fructose-bisphosphate aldolase

D: Fructose-bisphosphate aldolase

H: PbTRAP

161 kDa, 5 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.386, 145.519, 148.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 3

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	GLN	GLN	A	A	16 - 30	17 - 31
2	1	ASP	ASP	GLN	GLN	B	B	16 - 30	17 - 31
3	1	ASP	ASP	GLN	GLN	C	C	16 - 30	17 - 31
4	1	ASP	ASP	GLN	GLN	D	D	16 - 30	17 - 31
5	2	GLY	GLY	ALA	ALA	A	A	32 - 37	33 - 38
6	2	GLY	GLY	ALA	ALA	B	B	32 - 37	33 - 38
7	2	GLY	GLY	ALA	ALA	C	C	32 - 37	33 - 38
8	2	GLY	GLY	ALA	ALA	D	D	32 - 37	33 - 38
9	3	THR	THR	THR	THR	A	A	57 - 71	58 - 72
10	3	THR	THR	THR	THR	B	B	57 - 71	58 - 72
11	3	THR	THR	THR	THR	C	C	57 - 71	58 - 72
12	3	THR	THR	THR	THR	D	D	57 - 71	58 - 72
13	4	LYS	LYS	ALA	ALA	A	A	76 - 81	77 - 82
14	4	LYS	LYS	ALA	ALA	B	B	76 - 81	77 - 82
15	4	LYS	LYS	ALA	ALA	C	C	76 - 81	77 - 82
16	4	LYS	LYS	ALA	ALA	D	D	76 - 81	77 - 82
17	5	GLU	GLU	LEU	LEU	A	A	85 - 88	86 - 89
18	5	GLU	GLU	LEU	LEU	B	B	85 - 88	86 - 89
19	5	GLU	GLU	LEU	LEU	C	C	85 - 88	86 - 89
20	5	GLU	GLU	LEU	LEU	D	D	85 - 88	86 - 89
21	6	ILE	ILE	ASP	ASP	A	A	108 - 159	109 - 160
22	6	ILE	ILE	ASP	ASP	B	B	108 - 159	109 - 160
23	6	ILE	ILE	ASP	ASP	C	C	108 - 159	109 - 160
24	6	ILE	ILE	ASP	ASP	D	D	108 - 159	109 - 160
25	7	SER	SER	TYR	TYR	A	A	169 - 180	170 - 181
26	7	SER	SER	TYR	TYR	B	B	169 - 180	170 - 181
27	7	SER	SER	TYR	TYR	C	C	169 - 180	170 - 181
28	7	SER	SER	TYR	TYR	D	D	169 - 180	170 - 181
29	8	GLN	GLN	GLY	GLY	A	A	185 - 201	186 - 202
30	8	GLN	GLN	GLY	GLY	B	B	185 - 201	186 - 202
31	8	GLN	GLN	GLY	GLY	C	C	185 - 201	186 - 202
32	8	GLN	GLN	GLY	GLY	D	D	185 - 201	186 - 202
33	9	HIS	HIS	ALA	ALA	A	A	203 - 222	204 - 223
34	9	HIS	HIS	ALA	ALA	B	B	203 - 222	204 - 223
35	9	HIS	HIS	ALA	ALA	C	C	203 - 222	204 - 223
36	9	HIS	HIS	ALA	ALA	D	D	203 - 222	204 - 223
37	10	ASN	ASN	THR	THR	A	A	226 - 241	227 - 242
38	10	ASN	ASN	THR	THR	B	B	226 - 241	227 - 242
39	10	ASN	ASN	THR	THR	C	C	226 - 241	227 - 242
40	10	ASN	ASN	THR	THR	D	D	226 - 241	227 - 242
41	11	GLY	GLY	PHE	PHE	A	A	256 - 276	257 - 277
42	11	GLY	GLY	PHE	PHE	B	B	256 - 276	257 - 277
43	11	GLY	GLY	PHE	PHE	C	C	256 - 276	257 - 277
44	11	GLY	GLY	PHE	PHE	D	D	256 - 276	257 - 277
45	12	ALA	ALA	ALA	ALA	A	A	286 - 295	287 - 296
46	12	ALA	ALA	ALA	ALA	B	B	286 - 295	287 - 296
47	12	ALA	ALA	ALA	ALA	C	C	286 - 295	287 - 296
48	12	ALA	ALA	ALA	ALA	D	D	286 - 295	287 - 296
49	13	PRO	PRO	TYR	TYR	A	A	300 - 307	301 - 308
50	13	PRO	PRO	TYR	TYR	B	B	300 - 307	301 - 308
51	13	PRO	PRO	TYR	TYR	C	C	300 - 307	301 - 308
52	13	PRO	PRO	TYR	TYR	D	D	300 - 307	301 - 308
53	14	ALA	ALA	ALA	ALA	A	A	310 - 313	311 - 314
54	14	ALA	ALA	ALA	ALA	B	B	310 - 313	311 - 314
55	14	ALA	ALA	ALA	ALA	C	C	310 - 313	311 - 314
56	14	ALA	ALA	ALA	ALA	D	D	310 - 313	311 - 314
57	15	GLN	GLN	LEU	LEU	A	A	335 - 342	336 - 343
58	15	GLN	GLN	LEU	LEU	B	B	335 - 342	336 - 343
59	15	GLN	GLN	LEU	LEU	C	C	335 - 342	336 - 343
60	15	GLN	GLN	LEU	LEU	D	D	335 - 342	336 - 343

#1: タンパク質	Fructose-bisphosphate aldolase / / 41 kDa antigen 分子量: 40152.906 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) プラスミド: pET14B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21STAR(DE3) / 参照: UniProt: P14223, fructose-bisphosphate aldolase
#2: タンパク質・ペプチド	PbTRAP 分子量: 791.720 Da / 分子数: 1 / Fragment: C-terminus: Residues 601-606 / 由来タイプ: 合成詳細: Synthetic peptide with the sequence based on PbTRAP protein from Plasmodium berghei, UNP entry P90573, P90573_PLABE, residues 601-606 参照: UniProt: P90573
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 519 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.78 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 2.5 mM TRAP-tail, 0.5% n-dodecyl-beta-D-maltoside, 50 mM Cacodylic acid pH 6.0, 20% PEG 2000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9796 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→19.97 Å / Num. all: 54265 / Num. obs: 54265 / % possible obs: 94.74 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 55.3 Å² / R_sym value: 0.05 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 2.4→2.678 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / R_sym value: 0.22 / % possible all: 84.84

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ADSC	QUANTUM	データ収集
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1A5C

1a5c

解像度: 2.4→19.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 24.295 / SU ML: 0.276 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.574 / ESU R Free: 0.285 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24983	2909	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19823	-	-	-
obs	0.20088	54265	94.74 %	-
all	-	54265	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.96 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.71 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10906	0	0	519	11425

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	11130
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7523
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.095	1.971	15090
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.856	3	18499
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.474	5	1435
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.334	25	458
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.058	15	1960
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.109	15	57
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	1747
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	12374
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2074
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	2783
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.179	0.2	8016
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	5537
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	5856
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	533
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.104	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.186	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.166	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.239	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.308	4	9165
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.206	4	2918
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.732	6	11403
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.29	6	4666
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.363	10	3682
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1252	tight positional	0.02	0.05
2	B	1252	tight positional	0.02	0.05
3	C	1252	tight positional	0.02	0.05
4	D	1252	tight positional	0.02	0.05
1	A	1465	loose positional	0.41	5
2	B	1465	loose positional	0.44	5
3	C	1465	loose positional	0.39	5
4	D	1465	loose positional	0.4	5
1	A	1252	tight thermal	0.06	0.5
2	B	1252	tight thermal	0.05	0.5
3	C	1252	tight thermal	0.05	0.5
4	D	1252	tight thermal	0.05	0.5
1	A	1465	loose thermal	1.47	10
2	B	1465	loose thermal	1.61	10
3	C	1465	loose thermal	1.48	10
4	D	1465	loose thermal	1.49	10

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.678 Å / Total num. of bins used: 5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.319	721	-
R_work	0.295	13476	-
obs	-	-	84.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3046	-0.1923	-0.8572	3.7626	0.2879	0.3313	0.1759	0.0839	0.1069	0.3706	0.0818	-1.1169	-0.0671	0.599	-0.2577	-0.1392	-0.1333	-0.0327	0.278	-0.0918	0.1114	7.9517	10.9665	-14.1779
2	2.6273	-2.15	0.5093	4.7496	-2.4106	5.4972	0.0761	0.1577	0.5893	0.0678	-0.1515	-0.0647	-1.0731	-0.4082	0.0754	0.3137	0.0541	0.1295	-0.1237	-0.0933	0.0284	-18.162	33.7685	-12.1132
3	3.1583	-0.4688	-1.5011	4.396	-2.0543	2.5097	0.0811	0.2175	0.3697	-0.1607	-0.0931	0.0751	-1.0267	-0.2045	0.0119	0.4324	-0.0299	0.1323	-0.1394	-0.0742	0.0053	-12.3971	37.8955	-9.118
4	1.1276	0.6714	0.2982	3.0268	1.4046	2.322	0.1194	0.0169	0.2131	-0.1798	0.0273	-0.0149	-0.9058	0.1013	-0.1468	-0.0041	-0.0373	0.1163	-0.1504	-0.0165	-0.0781	-10.3906	25.6874	-19.3286
5	4.6501	0.7119	-0.4864	2.2875	0.4943	3.5492	0.3066	0.0555	-0.1115	0.0691	-0.0705	0.0081	-0.5005	-0.0347	-0.2361	-0.3673	0.0355	0.0675	-0.1805	-0.0112	-0.1646	-13.0388	12.7043	-16.2857
6	1.2573	1.8053	1.2422	6.1179	-1.7391	5.1503	0.0589	-0.3349	-0.1896	0.6753	-0.0311	0.6936	-0.1338	-1.0846	-0.0278	-0.3826	0.002	0.1555	0.0533	-0.0479	-0.0793	-25.5494	8.4114	-5.119
7	0.9421	1.2377	-0.3282	2.8656	1.0328	1.8431	0.1938	-0.2816	0.317	0.2155	-0.1008	0.4326	-0.6952	-0.2656	-0.093	0.0373	0.0917	0.125	-0.0217	-0.0684	-0.0634	-19.7324	26.5193	-1.6526
8	7.7361	-0.5007	1.0501	4.3553	3.0708	2.4216	0.0458	0.7503	0.1386	0.2631	0.6317	0.6049	1.0752	-1.3692	-0.6775	0.1491	0.0072	0.1652	0.0589	0.0686	0.2365	-37.3787	16.2508	22.0509
9	3.8562	0.254	-2.5959	1.2169	-0.586	6.0833	-0.1083	0.1035	0.019	-0.9431	0.0775	0.3759	-0.2696	-0.5635	0.0308	0.0035	0.0275	-0.0703	-0.1351	-0.0013	-0.0395	-17.5093	8.6849	-48.2084
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14	4.6269	0.2395	-0.2465	2.2439	-1.5457	1.0662	0.2998	0.0684	-0.102	-0.3905	-0.2438	-0.4641	-0.7044	0.6612	-0.056	0.0788	-0.1592	0.1915	0.1373	-0.1402	-0.1449	3.3862	3.5324	-56.1862
15	4.9092	-2.4378	-5.8421	11.8035	3.7773	8.8461	0.5235	0.0861	0.2987	-0.2029	-0.9205	-1.1514	0.1223	0.32	0.3971	0.2818	-0.2313	0.3451	0.2591	-0.0514	0.0959	11.7383	24.8173	-65.4031
16	2.6864	1.417	-0.4475	6.9895	-2.4111	0.8325	0.6075	-0.0603	0.0645	-1.0036	-0.2561	-0.5068	0.006	0.7219	-0.3515	0.4403	-0.1135	0.3014	0.3409	-0.1126	-0.0293	6.6703	4.3169	-65.4304
17	223.3094	-154.5845	16.2595	138.3089	-11.691	6.7865	-0.5706	-0.0788	-0.1426	1.9216	-0.0245	-3.3562	0.9207	1.1874	0.5952	-0.1627	0.1089	0.1158	0.3887	-0.0587	0.1757	13.931	-7.9148	-31.5889
18	2.6043	0.5371	0.8457	2.0824	1.3038	4.2515	0.0042	0.0405	-0.2388	-0.5873	0.3273	-0.4618	0.5063	0.7246	-0.3314	-0.0737	0.1672	-0.0305	-0.0637	-0.064	-0.038	-3.1674	-21.3617	-43.2565
19	14.7026	1.9538	-2.2633	3.0546	-2.594	2.2299	0.7836	-0.6578	-0.4122	-0.045	-0.2041	0.1793	0.6181	-0.6521	-0.5796	0.5263	-0.4654	0.0874	0.2215	-0.0715	0.1586	-31.4158	-36.3293	-34.9036
20	3.0992	-0.3798	0.6633	1.6892	-0.0986	0.1421	0.0856	-0.2863	-0.604	0.2377	-0.0835	0.2182	1.0032	-0.2251	-0.0021	0.6197	-0.145	-0.1266	-0.0925	0.0035	0.0312	-20.8488	-38.0474	-43.0262
21	1.2328	-0.4799	-0.1717	2.8818	1.3862	2.593	0.0779	-0.1148	-0.1206	0.2398	-0.012	0.1649	1.0784	-0.1506	-0.0659	0.0318	-0.0454	-0.0865	-0.1732	0.0569	-0.0823	-16.2427	-26.649	-32.7451
22	3.9254	-0.7957	0.8675	2.2084	0.3256	3.2036	0.1127	-0.1383	0.1067	-0.0264	-0.0119	-0.0173	0.5388	-0.1016	-0.1008	-0.3808	-0.0128	-0.048	-0.1766	0.0252	-0.1608	-15.4409	-13.3516	-35.7272
23	1.1888	0.45	0.0425	3.3521	0.8239	1.4185	0.1037	0.1102	-0.1204	-0.119	-0.1406	0.4601	0.3304	-0.4614	0.0369	-0.1156	-0.0762	-0.0947	-0.0123	-0.0107	-0.0769	-25.7508	-20.9215	-49.665
24	8.7626	-4.1637	15.3673	8.6818	-9.4412	28.6793	0.047	-0.2711	-0.1332	0.7783	0.3777	-0.0123	-0.6999	0.1579	-0.4247	0.1737	-0.0733	0.1577	0.1621	0.0466	0.3381	-38.9817	-12.0669	-71.0688
25	1.0962	-0.2891	-0.0213	1.702	0.1338	2.5658	-0.0409	-0.0235	-0.1131	0.5943	0.0459	0.1243	0.5282	-0.0863	-0.005	0.0599	-0.016	0.0411	-0.1228	-0.03	-0.0992	-10.4931	-17.3227	-2.9955
26	3.7394	-1.0037	0.6835	2.7741	-0.3307	0.1336	0.0716	-0.2911	-0.6547	0.6451	-0.0505	-0.0123	0.6023	0.0408	-0.0211	0.5866	0.1825	-0.0577	-0.0158	0.0715	-0.0869	-6.2406	-29.8267	6.0991
27	12.5881	13.9215	-2.2893	16.5451	1.9855	18.1769	0.2576	-1.1679	-0.3519	-0.0678	-0.41	-0.8259	0.448	-1.1903	0.1524	0.4451	0.1279	-0.0673	-0.0071	0.1559	-0.124	-13.5131	-27.6449	10.3951
28	1.2048	-0.3332	-0.3311	1.8103	0.4048	3.4761	-0.1548	0.0475	-0.0176	0.1994	0.2117	-0.076	1.0123	0.3714	-0.057	-0.0935	0.1274	-0.0962	-0.1306	-0.0267	-0.086	-6.0471	-19.1637	-13.1202
29	4.1088	0.6322	-0.4853	2.761	0.0697	2.484	0.1642	0.1712	0.1092	0.3459	0.1306	-0.0861	0.4301	0.397	-0.2948	-0.3046	0.0964	-0.0707	-0.12	-0.0612	-0.1655	-5.4933	-8.8131	-11.574
30	1.9245	-3.6976	1.3335	9.066	-4.5687	2.9765	0.6778	-0.5759	0.2074	-0.5487	-0.0978	-0.5673	0.7383	1.4515	-0.58	0.0613	0.1297	-0.1641	0.5298	-0.2597	0.1297	16.891	-5.9508	-3.5912
31	1.5431	-0.5395	0.0698	4.7454	-1.5233	0.4962	0.0601	-0.2271	0.0341	0.6333	-0.1	-0.4406	0.5194	0.5299	0.0399	0.1124	0.2106	-0.178	0.1289	-0.1049	-0.1334	2.4207	-12.6241	4.4541
32	6.1354	-2.9514	2.8081	10.7144	0.5823	3.2398	-0.2783	-0.2971	0.301	1.3644	0.2089	-1.3255	-0.2458	0.6061	0.0694	0.3827	0.0888	-0.3085	0.2638	-0.0992	0.0147	4.7263	-9.3867	13.3064

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 26	3 - 27
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	27 - 55	28 - 56
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	56 - 88	57 - 89
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	89 - 168	90 - 169
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	169 - 244	170 - 245
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	245 - 267	246 - 268
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	268 - 348	269 - 349
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	349 - 365	350 - 366
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	3 - 38	4 - 39
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	39 - 55	40 - 56
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	56 - 89	57 - 90
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	90 - 242	91 - 243
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	243 - 285	244 - 286
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	286 - 313	287 - 314
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	B	314 - 334	315 - 335
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	B	335 - 353	336 - 354
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	C	2 - 6	3 - 7
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	C	7 - 37	8 - 38
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	C	38 - 55	39 - 56
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	C	56 - 88	57 - 89
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	C	89 - 168	90 - 169
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	C	169 - 243	170 - 244
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	C	244 - 348	245 - 349
24	X-RAY DIFFRACTION	24	C	C	349 - 366	350 - 367
25	X-RAY DIFFRACTION	25	D	D	3 - 55	4 - 56
26	X-RAY DIFFRACTION	26	D	D	56 - 95	57 - 96
27	X-RAY DIFFRACTION	27	D	D	96 - 106	97 - 107
28	X-RAY DIFFRACTION	28	D	D	107 - 168	108 - 169
29	X-RAY DIFFRACTION	29	D	D	169 - 241	170 - 242
30	X-RAY DIFFRACTION	30	D	D	242 - 254	243 - 255
31	X-RAY DIFFRACTION	31	D	D	255 - 334	256 - 335
32	X-RAY DIFFRACTION	32	D	D	335 - 353	336 - 354

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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