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- PDB-2pan: Crystal structure of E. coli glyoxylate carboligase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pan
タイトルCrystal structure of E. coli glyoxylate carboligase
要素Glyoxylate carboligase
キーワードLYASE / thiamin-diphosphate (ThDP) / thimain-dependent enzymes / FAD / enzyme / glyoxylate carboligase
機能・相同性
機能・相同性情報


tartronate-semialdehyde synthase / tartronate-semialdehyde synthase activity / glycolate catabolic process / acetolactate synthase complex / glyoxylate catabolic process / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / FAD binding / flavin adenine dinucleotide binding ...tartronate-semialdehyde synthase / tartronate-semialdehyde synthase activity / glycolate catabolic process / acetolactate synthase complex / glyoxylate catabolic process / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / FAD binding / flavin adenine dinucleotide binding / magnesium ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Glyoxylate carboligase / Thiamine pyrophosphate enzyme / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains ...: / Glyoxylate carboligase / Thiamine pyrophosphate enzyme / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / THIAMINE DIPHOSPHATE / Glyoxylate carboligase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kaplun, A. / Chipman, D.M. / Barak, Z. / Vyazmensky, M. / Shaanan, B.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / : 2008
タイトル: Glyoxylate carboligase lacks the canonical active site glutamate of thiamine-dependent enzymes.
著者: Kaplun, A. / Binshtein, E. / Vyazmensky, M. / Steinmetz, A. / Barak, Z. / Chipman, D.M. / Tittmann, K. / Shaanan, B.
履歴
登録2007年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02021年8月4日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glyoxylate carboligase
B: Glyoxylate carboligase
C: Glyoxylate carboligase
D: Glyoxylate carboligase
E: Glyoxylate carboligase
F: Glyoxylate carboligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)419,28635
ポリマ-410,6146
非ポリマー8,67229
6,539363
1
A: Glyoxylate carboligase
B: Glyoxylate carboligase
ヘテロ分子

A: Glyoxylate carboligase
B: Glyoxylate carboligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)279,87426
ポリマ-273,7434
非ポリマー6,13122
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
手法PQS
2
C: Glyoxylate carboligase
D: Glyoxylate carboligase
E: Glyoxylate carboligase
F: Glyoxylate carboligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)279,34922
ポリマ-273,7434
非ポリマー5,60618
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33960 Å2
ΔGint-226 kcal/mol
Surface area65010 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)188.180, 188.180, 249.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1501-

MG

21B-1501-

MG

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: ALA / End label comp-ID: TYR / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 2 - 592 / Label seq-ID: 25 - 615

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF
詳細The asymmetric contains 6 monomers. Four monomers (chains C,D,E,F) form one complete tetramer. Two monomers (chains A,B) form tetramer by rotation around the diagonal 2-fold in the ab plane at z=1/4 (symmop 8 of the spacegroup: -y,-x,-z+1/2), followed by 0,0,-1 translation

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Glyoxylate carboligase / Tartronate-semialdehyde synthase


分子量: 68435.703 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / : XL1 / 遺伝子: gcl / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1 / 参照: UniProt: P0AEP7, tartronate-semialdehyde synthase

-
非ポリマー , 6種, 392分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#3: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略)


分子量: 425.314 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : C12H19N4O7P2S
#5: 化合物
ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : C4H10O2S2
#6: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.32 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2-4 microlitre of protein solution (5-15 mg/ml, 100 micromolar ThDP, 10 micromolar FAD, 1mM MgCl2 and 10 mM quinone Q0) were mixed with equal volume of reservoir solution (0.5% PEG6000, 0.5M ...詳細: 2-4 microlitre of protein solution (5-15 mg/ml, 100 micromolar ThDP, 10 micromolar FAD, 1mM MgCl2 and 10 mM quinone Q0) were mixed with equal volume of reservoir solution (0.5% PEG6000, 0.5M NaCl, 40 mM DTT), pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97897, 0.97946, 0.93929
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月1日 / 詳細: BENT CRYSTAL
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978971
20.979461
30.939291
ReflectionAv σ(I) over netI: 8.92 / : 1046103 / Rmerge(I) obs: 0.127 / D res high: 2.8 Å / Num. obs: 210109 / % possible obs: 99.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
105090.810.032
81010010.037
6810010.056
5610010.072
3510010.145
2.8310010.573
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 122672 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 37.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 9.43
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.21 % / Rmerge(I) obs: 0.347 / Mean I/σ(I) obs: 2.76 / Rsym value: 0.28 / % possible all: 93.1

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
SOLOMON位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 25.351 / SU ML: 0.255 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.35 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 2453 2 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.22 122207 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å20 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3---0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27180 0 548 363 28091
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02228299
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0226036
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2291.9838480
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79360354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.91653546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.2523.991218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.993154590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.68115192
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.24326
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0231473
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025521
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1840.25719
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1690.226431
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.213578
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.216561
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1270.2529
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.020.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.190.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1980.2230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1640.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5241.522193
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0651.57194
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.504228440
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.024312070
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4634.510040
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1A3470tight positional0.020.05
2B3470tight positional0.020.05
3C3470tight positional0.020.05
4D3470tight positional0.020.05
5E3470tight positional0.020.05
6F3470tight positional0.020.05
1A5334medium positional0.310.5
2B5334medium positional0.270.5
3C5334medium positional0.290.5
4D5334medium positional0.270.5
5E5334medium positional0.30.5
6F5334medium positional0.340.5
1A3470tight thermal0.040.5
2B3470tight thermal0.030.5
3C3470tight thermal0.030.5
4D3470tight thermal0.030.5
5E3470tight thermal0.030.5
6F3470tight thermal0.030.5
1A5334medium thermal0.212
2B5334medium thermal0.22
3C5334medium thermal0.162
4D5334medium thermal0.152
5E5334medium thermal0.142
6F5334medium thermal0.152
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 180 -
Rwork0.328 7745 -
obs--98.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.51510.07190.28880.40860.14161.1767-0.01990.06920.0733-0.0565-0.0134-0.0318-0.11550.03150.0333-0.0066-0.0175-0.00160.01320.02240.0369-30.188754.9803-63.4111
20.2684-0.0308-0.03560.49820.19040.4954-0.0182-0.07840.01050.0866-0.0074-0.0232-0.01170.0510.0256-0.0018-0.0209-0.03330.02630.01610.0178-24.070942.0087-41.9667
30.3579-0.0934-0.28551.41830.85861.92840.0505-0.0968-0.06170.21160.0376-0.15230.05140.1922-0.0881-0.05070.0096-0.0991-0.02030.02520.0031-17.172833.1415-39.5649
40.53870.2175-0.22150.68-0.43150.62490.0141-0.06910.00710.0719-0.0196-0.0645-0.05970.060.00540.045-0.0312-0.0167-0.0021-0.00450.0418-49.945572.5459-55.1037
50.4013-0.0571-0.11650.4712-0.1780.53090.05430.1040.0835-0.0167-0.0203-0.017-0.1185-0.015-0.0340.0441-0.01860.0242-0.00490.04560.0388-57.300484.3637-76.8324
62.09930.187-1.6350.536-0.34661.79870.1210.15390.28030.07650.09710.1582-0.1725-0.0104-0.2180.02310.0540.0104-0.06180.10160.035-65.494291.9776-79.5028
70.6910.02270.28580.4430.06011.14670.00860.12270.035-0.1171-0.032-0.0261-0.12830.00850.02340.2248-0.01450.03080.13610.01540.1569-30.016855.005-139.1008
80.26-0.0175-0.03920.47870.14770.46070.0122-0.0545-0.02920.0643-0.0269-0.044-0.0150.03910.01470.1978-0.0316-0.00430.14250.0220.1412-23.955842.0608-117.616
90.5788-0.1967-0.29361.42270.39331.63960.10370.0369-0.01220.2537-0.0139-0.14710.0810.125-0.08980.1847-0.034-0.04920.11040.02880.1174-17.087333.1984-115.1904
100.65850.2334-0.26350.8463-0.45270.8197-0.0205-0.0253-0.00980.0834-0.0112-0.04740.01410.05980.03170.2301-0.01980.01360.11070.00360.163-49.720372.5299-130.6967
110.6352-0.2076-0.00870.5899-0.06930.53850.05360.16780.0465-0.0757-0.08860.0013-0.05480.01260.0350.2183-0.00780.02910.14920.02190.1452-57.170784.4159-152.3423
121.7753-0.0294-1.49860.05-0.0022.41050.14780.26190.2179-0.0149-0.04010.0023-0.04530.0151-0.10770.19860.05180.00720.08490.04170.1473-65.309192.0588-154.9233
130.42650.01420.15050.51660.21811.59460.01750.0063-0.0965-0.009-0.03560.16650.0339-0.19480.01820.2296-0.01990.0220.1286-0.04680.2501-54.88630.3071-136.9616
140.5397-0.09970.04450.2980.01280.530.04310.1916-0.1014-0.0972-0.07360.0760.079-0.02480.03050.28080.00170.01270.1822-0.08750.219-41.896424.1179-158.3733
151.5122-0.33790.98610.6142-0.17811.84580.11840.3794-0.2461-0.0934-0.00790.04120.22970.0605-0.11050.23630.05380.04280.1652-0.12380.1965-33.060117.1792-160.7607
160.82030.1564-0.25780.5605-0.18020.55660.02980.1069-0.105-0.1559-0.0130.04330.1322-0.0149-0.01680.243-0.03530.01470.1949-0.05960.2362-72.575150.1339-145.1222
170.29030.1154-0.10710.8257-0.26870.69260.005-0.0559-0.07680.09850.02290.13310.0175-0.1531-0.02790.1818-0.03840.07280.2079-0.00570.228-84.228757.4499-123.2812
180.9982-0.0608-0.4042.0701-1.07141.51540.05770.03470.08920.20620.030.29060.0521-0.268-0.08780.1609-0.02390.13490.1571-0.01080.2395-91.774665.6578-120.4737
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 23325 - 256
2X-RAY DIFFRACTION2AA234 - 530257 - 553
3X-RAY DIFFRACTION3AA531 - 593554 - 616
4X-RAY DIFFRACTION4BB2 - 23325 - 256
5X-RAY DIFFRACTION5BB234 - 530257 - 553
6X-RAY DIFFRACTION6BB531 - 593554 - 616
7X-RAY DIFFRACTION7CC2 - 23325 - 256
8X-RAY DIFFRACTION8CC234 - 530257 - 553
9X-RAY DIFFRACTION9CC531 - 593554 - 616
10X-RAY DIFFRACTION10DD2 - 23325 - 256
11X-RAY DIFFRACTION11DD234 - 530257 - 553
12X-RAY DIFFRACTION12DD531 - 593554 - 616
13X-RAY DIFFRACTION13EE2 - 23325 - 256
14X-RAY DIFFRACTION14EE234 - 530257 - 553
15X-RAY DIFFRACTION15EE531 - 593554 - 616
16X-RAY DIFFRACTION16FF2 - 23325 - 256
17X-RAY DIFFRACTION17FF234 - 530257 - 553
18X-RAY DIFFRACTION18FF531 - 593554 - 616

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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