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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pan | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of E. coli glyoxylate carboligase | |||||||||
要素 | Glyoxylate carboligase | |||||||||
キーワード | LYASE / thiamin-diphosphate (ThDP) / thimain-dependent enzymes / FAD / enzyme / glyoxylate carboligase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tartronate-semialdehyde synthase / tartronate-semialdehyde synthase activity / glycolate catabolic process / acetolactate synthase complex / glyoxylate catabolic process / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / FAD binding / flavin adenine dinucleotide binding ...tartronate-semialdehyde synthase / tartronate-semialdehyde synthase activity / glycolate catabolic process / acetolactate synthase complex / glyoxylate catabolic process / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / FAD binding / flavin adenine dinucleotide binding / magnesium ion binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Kaplun, A. / Chipman, D.M. / Barak, Z. / Vyazmensky, M. / Shaanan, B. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2008 タイトル: Glyoxylate carboligase lacks the canonical active site glutamate of thiamine-dependent enzymes. 著者: Kaplun, A. / Binshtein, E. / Vyazmensky, M. / Steinmetz, A. / Barak, Z. / Chipman, D.M. / Tittmann, K. / Shaanan, B. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2pan.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2pan.ent.gz | 1.1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2pan.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2pan_validation.pdf.gz | 3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2pan_full_validation.pdf.gz | 3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2pan_validation.xml.gz | 123.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2pan_validation.cif.gz | 166.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/2pan ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/2pan | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: ALA / End label comp-ID: TYR / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 2 - 592 / Label seq-ID: 25 - 615
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詳細 | The asymmetric contains 6 monomers. Four monomers (chains C,D,E,F) form one complete tetramer. Two monomers (chains A,B) form tetramer by rotation around the diagonal 2-fold in the ab plane at z=1/4 (symmop 8 of the spacegroup: -y,-x,-z+1/2), followed by 0,0,-1 translation |
-要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 68435.703 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: XL1 / 遺伝子: gcl / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1 / 参照: UniProt: P0AEP7, tartronate-semialdehyde synthase |
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-非ポリマー , 6種, 392分子
#2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-FAD / #4: 化合物 | ChemComp-TPP / #5: 化合物 | ChemComp-DTT / #6: 化合物 | ChemComp-1PE / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.32 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 2-4 microlitre of protein solution (5-15 mg/ml, 100 micromolar ThDP, 10 micromolar FAD, 1mM MgCl2 and 10 mM quinone Q0) were mixed with equal volume of reservoir solution (0.5% PEG6000, 0.5M ...詳細: 2-4 microlitre of protein solution (5-15 mg/ml, 100 micromolar ThDP, 10 micromolar FAD, 1mM MgCl2 and 10 mM quinone Q0) were mixed with equal volume of reservoir solution (0.5% PEG6000, 0.5M NaCl, 40 mM DTT), pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97897, 0.97946, 0.93929 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月1日 / 詳細: BENT CRYSTAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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Reflection | Av σ(I) over netI: 8.92 / 数: 1046103 / Rmerge(I) obs: 0.127 / D res high: 2.8 Å / Num. obs: 210109 / % possible obs: 99.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 122672 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 37.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 9.43 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.21 % / Rmerge(I) obs: 0.347 / Mean I/σ(I) obs: 2.76 / Rsym value: 0.28 / % possible all: 93.1 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 25.351 / SU ML: 0.255 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.35 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.79 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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