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- PDB-5ofq: Crystal structure of substrate-free CYP109A2 from Bacillus megaterium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ofq
タイトルCrystal structure of substrate-free CYP109A2 from Bacillus megaterium
要素Cytochrome P450
キーワードOXIDOREDUCTASE / Bacterial Proteins / Bacillus Megaterium / Bacillus / Cytochrome P-450 Enzyme System / Cytochrome P450 / Hydroxylation / Heme / Oxidation-Reduction / 25-Hydroxyvitamin D3 / Biocatalysis / Calcifediol / Cholecalciferol
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Jozwik, I.K. / Thunnissen, A.M.W.H.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
European Commission289217 オランダ
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017
タイトル: Biochemical and structural characterization of CYP109A2, a vitamin D3 25-hydroxylase from Bacillus megaterium.
著者: Abdulmughni, A. / Jozwik, I.K. / Brill, E. / Hannemann, F. / Thunnissen, A.W.H. / Bernhardt, R.
履歴
登録2017年7月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450
B: Cytochrome P450
C: Cytochrome P450
D: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,89116
ポリマ－187,9464
非ポリマー3,94612
水27015
1
A: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2726
ポリマ－46,9861
非ポリマー1,2855
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9374
ポリマ－46,9861
非ポリマー9513
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0794
ポリマ－46,9861
非ポリマー1,0933
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6032
ポリマ－46,9861
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.125, 155.534, 158.151
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
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NCSドメイン領域:

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-
要素

#1: タンパク質
Cytochrome P450


分子量: 46986.395 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (strain DSM 319) (バクテリア)
遺伝子: BMD_2035 / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43
参照: UniProt: D5DF88, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.9M ammonium sulfate, 0.1M HEPES pH 7.5, 2% (v/v) PEG400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→52.03 Å / Num. obs: 51368 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 48.76 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.7-2.785.71.0250.5230.4581.12698.5
11.13-52.035.60.0260.9990.0110.02891.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.75 Å49.93 Å
Translation2.75 Å49.93 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
EDNAデータ収集
XDSデータ削減
Aimless0.2.8データスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5l90

5l90


解像度: 2.7→49.927 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.1 / 位相誤差: 29.79
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2751 5009 5.1 %
Rwork0.2238 --
obs0.2264 51368 97.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 132.67 Å2 / Biso mean: 45.9872 Å2 / Biso min: 29.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→49.927 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12444 0 267 15 12726
Biso mean--48.53 38.58 -
残基数----1545
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01812987
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.41817571
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071886
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012273
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9434908
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A8512X-RAY DIFFRACTION7.763TORSIONAL
12B8512X-RAY DIFFRACTION7.763TORSIONAL
13C8512X-RAY DIFFRACTION7.763TORSIONAL
14D8512X-RAY DIFFRACTION7.763TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7-2.73070.40781700.40833190336099
2.7307-2.76280.42531810.38543130331199
2.7628-2.79650.37631710.36223133330499
2.7965-2.83190.4541980.34523079327798
2.8319-2.86910.35091430.34023215335899
2.8691-2.90840.39131720.31423110328298
2.9084-2.950.34691740.29263115328998
2.95-2.9940.351620.29173135329798
2.994-3.04080.37341840.2863126331098
3.0408-3.09060.32011790.28443129330898
3.0906-3.14390.3371570.28733088324598
3.1439-3.20110.36291410.28213168330998
3.2011-3.26260.36521500.29013157330798
3.2626-3.32920.35291640.25883123328798
3.3292-3.40160.29781670.24453135330298
3.4016-3.48070.27711950.23343060325598
3.4807-3.56770.28831700.23133100327097
3.5677-3.66420.30351700.22343127329797
3.6642-3.7720.27411770.20933098327598
3.772-3.89370.26111820.21043075325797
3.8937-4.03280.25011720.1983107327997
4.0328-4.19420.25641150.19423120323597
4.1942-4.38490.22021810.19143056323797
4.3849-4.6160.25792010.17693072327397
4.616-4.90490.1941560.17273092324896
4.9049-5.28330.19161510.17633067321896
5.2833-5.81420.21781560.19153064322096
5.8142-6.65390.24211550.18443072322796
6.6539-8.37670.20841510.16283057320895
8.3767-49.93560.19291640.16362987315194

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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