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- PDB-1bqg: THE STRUCTURE OF THE D-GLUCARATE DEHYDRATASE PROTEIN FROM PSEUDOM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bqg
タイトルTHE STRUCTURE OF THE D-GLUCARATE DEHYDRATASE PROTEIN FROM PSEUDOMONAS PUTIDA
要素D-GLUCARATE DEHYDRATASE
キーワードGLUCARATE / TIM BARREL / ENOLASE SUPERFAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


glucarate dehydratase activity / D-glucarate catabolic process / glucarate dehydratase / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Glucarate dehydratase / D-Glucarate dehydratase-like / Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain ...Glucarate dehydratase / D-Glucarate dehydratase-like / Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glucarate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Gulick, A.M. / Palmer, D.R.J. / Babbitt, P.C. / Gerlt, J.A. / Rayment, I.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Evolution of enzymatic activities in the enolase superfamily: crystal structure of (D)-glucarate dehydratase from Pseudomonas putida.
著者: Gulick, A.M. / Palmer, D.R. / Babbitt, P.C. / Gerlt, J.A. / Rayment, I.
履歴
登録1998年8月15日処理サイト: BNL
改定 1.01999年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-GLUCARATE DEHYDRATASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6321
ポリマ－49,6321
非ポリマー00
水2,612145
1
A: D-GLUCARATE DEHYDRATASE

A: D-GLUCARATE DEHYDRATASE

A: D-GLUCARATE DEHYDRATASE

A: D-GLUCARATE DEHYDRATASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,5284
ポリマ－198,5284
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.623, 108.786, 122.573
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 D-GLUCARATE DEHYDRATASE


分子量: 49632.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / プラスミド: PET17B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42206, glucarate dehydratase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 7 / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110.4 mg/mlprotein11
219 %PEG100011
3100 mMsodium formate11
4100 mMBTP11

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年4月2日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 28914 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.202 / Rsym value: 0.202 / % possible all: 71
反射
*PLUS
Num. measured all: 72242
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 2.4 Å / % possible obs: 70.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HEAVYモデル構築
TNT5D精密化
XDSデータ削減
XSCALIBREデータスケーリング
HEAVY位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.3→30 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rwork0.19 --
all0.19 20284 -
obs-20284 96 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3041 0 0 145 3186
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.5
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.006
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.015
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.089
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5D / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.19 / Rfactor Rwork: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 38.3 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.015

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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