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- PDB-4gyp: Crystal structure of the heterotetrameric complex of GlucD and Gl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gyp
タイトルCrystal structure of the heterotetrameric complex of GlucD and GlucDRP from E. coli K-12 MG1655 (EFI TARGET EFI-506058)
要素
  • Glucarate dehydratase
  • Glucarate dehydratase-related protein
キーワードLYASE/LYASE / TIM-BARREL / LYASE-LYASE complex / Structural genomics / Enzyme Function Initiative (EFI)
機能・相同性
機能・相同性情報


: / glucarate dehydratase activity / D-glucarate catabolic process / glucarate dehydratase / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / amino acid catabolic process / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glucarate dehydratase / D-Glucarate dehydratase-like / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 1. / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like ...Glucarate dehydratase / D-Glucarate dehydratase-like / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 1. / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Glucarate dehydratase / Glucarate dehydratase-related protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Lukk, T. / Ghasempur, S. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Nair, S.K. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Glucarate dehydratase and its related protein from Escherichia coli form a heterotetrameric complex.
著者: Lukk, T. / Ghasempur, S. / Imker, H.J. / Nair, S.K. / Gerlt, J.A.
履歴
登録2012年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月19日Group: Structure summary
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucarate dehydratase
B: Glucarate dehydratase
C: Glucarate dehydratase-related protein
D: Glucarate dehydratase-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,78818
ポリマ－199,1944
非ポリマー1,59414
水26,1221450
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)155.470, 113.020, 128.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.890, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Glucarate dehydratase / GDH / GlucD


分子量: 49196.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b2787, gudD, JW2758, ygcX / プラスミド: pUC18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AES2, glucarate dehydratase
#2: タンパク質 Glucarate dehydratase-related protein / GDH-RP / GlucDRP


分子量: 50399.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b2788, gudX, JW2759, ygcY / プラスミド: pUC18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q46915, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類

-
非ポリマー , 7種, 1464分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#8: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1450 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.9 %
結晶化温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein solution was at 12.5 mg/mL containing 20 mM Tris (pH 7.5), 100 mM NaCl, 10 mM EDTA and 10 mM bME. Mother liqueur contained 0.17 M Ammonium acetate, 0.085 M Na-citrate tribasic, ...詳細: Protein solution was at 12.5 mg/mL containing 20 mM Tris (pH 7.5), 100 mM NaCl, 10 mM EDTA and 10 mM bME. Mother liqueur contained 0.17 M Ammonium acetate, 0.085 M Na-citrate tribasic, dihydrate (pH 5.6), 25.5% PEG 4,000 and 15% v/v glycerol, vapor diffusion, sitting drop, temperature 282K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月15日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
Reflection数: 1029210 / Rmerge(I) obs: 0.148 / D res high: 2.1 Å / Num. obs: 244679 / % possible obs: 99.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
9.3930263895.810.037
6.649.39503499.710.045
5.426.64651399.810.058
4.75.42769199.710.052
4.24.7868099.910.052
3.834.2966199.710.057
3.553.831048399.810.069
3.323.551125999.810.088
3.133.321198199.410.109
2.973.131264299.410.143
2.832.971325199.510.173
2.712.831385898.910.207
2.62.711450199.410.244
2.512.61497299.210.274
2.422.511563599.510.321
2.352.421613399.410.36
2.282.351673199.510.405
2.212.281717399.610.471
2.152.211776899.910.525
2.12.151807599.810.609
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 118199 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 23.762 Å2 / Rsym value: 0.148 / Net I/σ(I): 9.24
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.1-2.150.6092.447769118075199.8
2.15-2.210.5252.827628417768199.9
2.21-2.280.4713.197369817173199.6
2.28-2.350.4053.77181316731199.5
2.35-2.420.364.176948116133199.4
2.42-2.510.3214.696712415635199.5
2.51-2.60.2745.476403714972199.2
2.6-2.710.2446.176207014501199.4
2.71-2.830.2077.265892313858198.9
2.83-2.970.1738.65612713251199.5
2.97-3.130.14310.155303912642199.4
3.13-3.320.10912.734947711981199.4
3.32-3.550.08815.244626611259199.8
3.55-3.830.06918.094248010483199.8
3.83-4.20.05720.58387879661199.7
4.2-4.70.05221.87350348680199.9
4.7-5.420.05221.64308627691199.7
5.42-6.640.05820.33263556513199.8
6.64-9.390.04524.18198195034199.7
9.39-300.03727.3898432638195.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8_1066精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1EC7

1ec7


解像度: 2.1→29.965 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.9051 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 17.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1863 6221 5 %random
Rwork0.1486 ---
all0.172 ---
obs0.1505 118199 99.91 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 75.71 Å2 / Biso mean: 16.293 Å2 / Biso min: 2.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.965 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13568 0 102 1450 15120
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00814035
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02919050
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0722065
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052507
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0035122
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.1-2.12390.24222070.182839394146
2.1239-2.14890.26142060.178439094115
2.1489-2.17510.22522070.173239304137
2.1751-2.20260.21582050.169739054110
2.2026-2.23150.2312080.169139504158
2.2315-2.26210.23552070.170439284135
2.2621-2.29440.25752080.173539424150
2.2944-2.32860.23852050.169938974102
2.3286-2.3650.22662060.164539194125
2.365-2.40380.2282080.158239604168
2.4038-2.44520.22592060.164239114117
2.4452-2.48970.20952060.159239064112
2.4897-2.53750.20042070.156539474154
2.5375-2.58930.20892090.152939534162
2.5893-2.64560.20912050.149639044109
2.6456-2.70710.20862050.155738954100
2.7071-2.77470.20542070.153339404147
2.7747-2.84970.18782080.149839474155
2.8497-2.93350.19082060.148739184124
2.9335-3.02810.20972080.153839414149
3.0281-3.13620.17732070.149739434150
3.1362-3.26160.19572070.142839274134
3.2616-3.40980.16352080.13639584166
3.4098-3.58930.15492080.133439554163
3.5893-3.81380.15082090.124539544163
3.8138-4.10760.15522070.120539494156
4.1076-4.51970.15122090.124539734182
4.5197-5.17080.12192100.130539714181
5.1708-6.50370.15792090.158739894198
6.5037-29.96780.16382130.157340434256
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.72750.41620.06790.2515-0.02330.6919-0.0752-0.0054-0.03890.0878-0.0562-0.3068-0.04010.07370.13460.03990.01280.0130.0691-0.01630.0855.285455.2871107.2595
20.48150.1731-0.27830.6579-0.29560.4262-0.0092-0.07260.07280.05550.0276-0.0006-0.05580.0179-0.00150.0736-0.0202-0.02560.1079-0.01010.065949.270551.2806113.6301
30.1970.03770.00020.7297-0.240.5344-0.03770.0070.0245-0.02030.0053-0.0249-0.03220.02480.03530.0511-0.0351-0.00750.08290.00340.081348.382353.9665100.6601
40.4950.00340.0920.4050.16920.28330.00380.18330.0985-0.10570.0359-0.2108-0.09310.0664-0.02670.1-0.0782-0.00030.18550.06360.262565.272367.554786.1751
51.3886-1.3345-0.35613.48160.61081.45760.03440.2080.1883-0.1895-0.0357-0.0201-0.0921-0.0654-0.0190.0665-0.07070.00440.14840.04440.104350.795967.788779.9947
62.5391-0.2262-0.45290.76360.16381.4960.01240.17940.2127-0.221-0.04330.01-0.15860.01720.01380.0799-0.0344-0.02590.0840.03650.091442.180367.954680.4971
70.3877-0.2507-0.03040.3664-0.11760.1473-0.0010.064-0.0167-0.01070.0130.03920.0009-0.0283-0.00850.0696-0.0228-0.00530.09510.01140.071338.600857.673591.4844
80.82140.6435-0.12731.31020.07780.7233-0.06730.0907-0.0019-0.09220.0522-0.13560.05420.08310.00480.0782-0.03190.00090.08320.0130.109858.282852.996892.5605
90.5854-0.2790.19880.6749-0.32870.4062-0.0646-0.0470.20770.123-0.0548-0.2118-0.12130.04640.10360.1256-0.0395-0.03730.12970.00650.174156.790666.3212102.3411
100.7540.04330.0750.34630.02330.23070.0653-0.0043-0.24380.01050.10030.00190.29910.0318-0.09740.1355-0.0661-0.01320.0630.03930.178329.383819.6461103.3568
112.01971.66120.35052.26810.56681.3746-0.0460.2061-0.0889-0.23960.0624-0.04480.17770.0508-0.01930.1532-0.00310.0190.0776-0.01320.095939.679123.995394.6452
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141.1963-0.241-0.68850.8842-0.36791.64090.0032-0.04540.00670.09630.02480.2759-0.0925-0.04840.00240.0714-0.03590.00820.10390.01720.16192.879241.27898.9691
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161.0280.484-0.13411.07780.28530.51440.009-0.1274-0.08320.10990.06290.13350.131-0.0591-0.08160.1169-0.0404-0.01080.14620.04840.098219.500327.5146112.8012
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191.8009-1.3035-0.16881.00770.0630.11520.0630.138-0.0486-0.0495-0.08850.07630.007-0.0250.00230.0758-0.0052-0.03560.0733-0.01090.08110.203558.562553.6843
201.0456-0.2443-0.2493.58262.45251.986-0.0097-0.2168-0.2790.46090.01240.10250.3952-0.0484-0.0210.1113-0.0051-0.00920.07130.03320.1366-8.429459.689966.1568
210.591-0.4272-0.29930.5120.44290.47530.0134-0.00970.0135-0.0176-0.00830.02080.0544-0.0253-0.00820.066-0.0033-0.00570.06810.01310.05078.474665.127359.5421
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241.11690.7192-0.92391.4154-1.4342.8288-0.0093-0.0719-0.0852-0.0204-0.0159-0.13370.0890.15710.04370.07970.0067-0.00540.05290.00320.084427.405149.029172.8541
250.0685-0.05880.06330.1768-0.17180.29090.015-0.0324-0.036-0.0164-0.0324-0.03120.0366-0.02960.01650.06760.00310.00470.06640.00310.057514.75958.856271.7565
261.1172-0.5788-0.53791.1225-0.05170.40130.06690.0806-0.0167-0.133-0.06310.0372-0.0147-0.065-0.02130.0531-0.00450.00520.05570.00640.069313.464463.854256.1004
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282.1525-0.38051.65271.3947-0.44672.9403-0.0769-0.0425-0.07670.14410.00440.12250.0915-0.160.06650.1557-0.02160.0050.0906-0.01810.174614.093738.01954.7051
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303.9317-0.01124.3790.05850.00064.8679-0.00370.1928-0.03830.0581-0.0286-0.1769-0.04510.39080.04950.089-0.0281-0.00490.11590.00850.14614.583682.017878.9541
310.30230.0159-0.06510.2857-0.04651.0720.0197-0.02070.06920.0561-0.02630.0195-0.0373-0.02650.00860.06290.00970.00530.0474-0.00160.0660.103279.447188.0709
320.88490.08150.1450.6378-0.36630.4153-0.0352-0.19210.01860.24210.05670.1394-0.0732-0.1137-0.02720.1995-0.00260.07520.1779-0.03270.1159-8.119182.8949110.6919
331.3377-0.1698-0.05310.58010.07510.6106-0.0371-0.1854-0.11970.2410.04010.01830.1148-0.06930.00290.19710.01330.02470.15410.03790.06923.357567.8917109.0841
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350.3866-0.05160.04230.1742-0.03810.2196-0.0382-0.0248-0.02250.03590.012-0.01590.00940.03730.02330.07050.0042-0.00250.072-0.00410.05256.844770.807489.0722
361.2601-0.2681-0.03320.7921-0.14151.4152-0.0076-0.16460.01070.03090.05940.1447-0.0334-0.1144-0.02470.06570.00140.01410.08410.00050.0791-8.073179.149894.1722
370.387-0.01920.37610.5196-0.07890.8596-0.049-0.060.08160.11280.0074-0.0418-0.20920.05450.04810.1621-0.01140.00990.1269-0.03030.13063.951389.837999.6469
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 3:34 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 35:90 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 91:159 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 160:199 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 200:226 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 227:251 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESID 252:357 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND (RESID 358:391 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN A AND (RESID 392:446 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESID 4:58 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESID 59:90 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESID 91:159 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN B AND (RESID 160:226 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN B AND (RESID 227:254 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN B AND (RESID 255:357 )B0
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN B AND (RESID 358:391 )B0
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN B AND (RESID 392:416 )B0
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN B AND (RESID 417:446 )B0
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN C AND (RESID 6:57 )C0
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN C AND (RESID 58:106 )C0
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN C AND (RESID 107:158 )C0
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN C AND (RESID 159:198 )C0
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN C AND (RESID 199:247 )C0
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN C AND (RESID 248:281 )C0
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN C AND (RESID 282:343 )C0
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN C AND (RESID 344:376 )C0
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN C AND (RESID 377:414 )C0
28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN C AND (RESID 415:446 )C0
29X-RAY DIFFRACTION29CHAIN D AND (RESID 6:75 )D0
30X-RAY DIFFRACTION30CHAIN D AND (RESID 76:100 )D0
31X-RAY DIFFRACTION31CHAIN D AND (RESID 101:158 )D0
32X-RAY DIFFRACTION32CHAIN D AND (RESID 159:198 )D0
33X-RAY DIFFRACTION33CHAIN D AND (RESID 199:247 )D0
34X-RAY DIFFRACTION34CHAIN D AND (RESID 248:281 )D0
35X-RAY DIFFRACTION35CHAIN D AND (RESID 282:356 )D0
36X-RAY DIFFRACTION36CHAIN D AND (RESID 357:390 )D0
37X-RAY DIFFRACTION37CHAIN D AND (RESID 391:445 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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