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万見
- PDB-2p8o: Crystal Structure of a Benzohydroxamic Acid/Vanadate complex boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p8o
タイトルCrystal Structure of a Benzohydroxamic Acid/Vanadate complex bound to chymotrypsin A
要素(Chymotrypsin A chain ...) x 3
キーワードHYDROLASE / Protein-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chymotrypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIHYDROXY[(N-HYDROXYBENZAMIDATO)OXO]VANADATE / Chymotrypsinogen A
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / Phases from PDB model / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Moulin, A. / Bell, J.H. / Pratt, R.F. / Ringe, D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Inhibition of chymotrypsin by a complex of ortho-vanadate and benzohydroxamic Acid: structure of the inert complex and its mechanistic interpretation.
著者: Moulin, A. / Bell, J.H. / Pratt, R.F. / Ringe, D.
履歴
登録2007年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chymotrypsin A chain A
B: Chymotrypsin A chain B
C: Chymotrypsin A chain C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5975
ポリマ－25,2633
非ポリマー3342
水3,729207
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7500 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area10100 Å2
手法PISA
2
A: Chymotrypsin A chain A
B: Chymotrypsin A chain B
C: Chymotrypsin A chain C
ヘテロ分子

A: Chymotrypsin A chain A
B: Chymotrypsin A chain B
C: Chymotrypsin A chain C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,19310
ポリマ－50,5256
非ポリマー6684
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area17260 Å2
ΔGint-155 kcal/mol
Surface area17950 Å2
手法PISA
3
A: Chymotrypsin A chain A

A: Chymotrypsin A chain A

B: Chymotrypsin A chain B
C: Chymotrypsin A chain C
ヘテロ分子

B: Chymotrypsin A chain B
C: Chymotrypsin A chain C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,19310
ポリマ－50,5256
非ポリマー6684
水1086
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation5_545-x+1/2,y-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation6_555x+1/2,-y+1/2,-z+1/21
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area16140 Å2
ΔGint-147 kcal/mol
Surface area19070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.989, 68.989, 95.892
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-464-

HOH

21B-478-

HOH

31B-539-

HOH

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要素

-
Chymotrypsin A chain ... , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質・ペプチド Chymotrypsin A chain A


分子量: 1253.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00766
#2: タンパク質 Chymotrypsin A chain B


分子量: 13934.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin
#3: タンパク質 Chymotrypsin A chain C


分子量: 10074.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin

-
非ポリマー , 3種, 209分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-BVA / TRIHYDROXY[(N-HYDROXYBENZAMIDATO)OXO]VANADATE


分子量: 238.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H9NO5V
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 50 mM sodium cacodylate pH 5.6, 0.75% saturated cetyltrimethylammonium bromide, 45% saturated ammonium sulfate, 100 mM NaI, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 77.2 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 38061 / Num. obs: 37642 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 94.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SHELX精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: Phases from PDB model
開始モデル: PDB ID 2GCH

2gch


解像度: 1.5→50 Å / Num. parameters: 7845 / Num. restraintsaints: 7211 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2428 1869 5.3 %RANDOM
Rwork0.1986 ---
obs0.1986 35191 --
all-35582 --
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1960.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1736 0 19 207 1962
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.025
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0298
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.05
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.056
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.063
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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