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- PDB-2p1e: Crystal structure of the Leishmania infantum glyoxalase II with D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p1e
タイトルCrystal structure of the Leishmania infantum glyoxalase II with D-Lactate at the active site
要素Glyoxalase II
キーワードHYDROLASE / Beta sandwich / product / spermidine
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxyacylglutathione hydrolase / hydroxyacylglutathione hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hydroxyacylglutathione hydrolase, C-terminal domain / Hydroxyacylglutathione hydrolase, MBL domain / Hydroxyacylglutathione hydrolase C-terminus / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LACTIC ACID / SPERMIDINE / Putative glyoxalase II
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania infantum (幼児リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Trincao, J. / Barata, L. / Najmudin, S. / Bonifacio, C. / Romao, M.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Catalysis and Structural Properties of Leishmania infantum Glyoxalase II: Trypanothione Specificity and Phylogeny.
著者: Silva, M.S. / Barata, L. / Ferreira, A.E. / Romao, S. / Tomas, A.M. / Freire, A.P. / Cordeiro, C.
履歴
登録2007年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glyoxalase II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7895
ポリマ－34,4231
非ポリマー3664
水1,838102
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.172, 89.121, 85.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Glyoxalase II


分子量: 34422.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania infantum (幼児リーシュマニア)
遺伝子: GLOII / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Codon Plus / 参照: UniProt: Q2PYN0, hydroxyacylglutathione hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#4: 化合物 ChemComp-LAC / LACTIC ACID / D-乳酸


分子量: 90.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.17 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 30% PEG 8K, 0.2M MgCl2, 0.1M ammonium acetate - soaked 30 min in 40% PEG 8K, 0.2M MgCl2, 0.1M ammonium acetate, 10mM S-D-lactoyltrypanothione, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9538
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月17日 / 詳細: Undulator
放射モノクロメーター: Si (111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9538 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→53.642 Å / Num. all: 20715 / Num. obs: 20715 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 24.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.488 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. measured all: 41988 / Num. unique all: 2983 / Rsym value: 0.488 / % possible all: 100

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位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.7 Å25.89 Å
Translation2.7 Å25.89 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MxCuBEデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2P18

2p18


解像度: 1.9→53.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 5.955 / SU ML: 0.095 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 1060 5.1 %RANDOM
Rwork0.181 ---
all0.261 20692 --
obs0.183 20692 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.204 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3---0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→53.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2129 0 18 102 2249
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222215
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.541.9383013
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.7245280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.25124.14199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.51715328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.365158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2338
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021708
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.21065
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.21514
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1260.2115
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0240.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2120.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.230.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8311.51426
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2222244
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2423882
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1394.5768
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 60 -
Rwork0.191 1435 -
obs-1495 99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.67910.79090.96122.8438-0.50741.5683-0.1024-0.84260.44090.5184-0.0549-0.1696-0.1258-0.03420.1573-0.0167-0.0161-0.00910.1077-0.1253-0.082521.13233.60961.866
211.99574.52521.329712.42437.66636.6020.2832-1.46640.68410.2079-0.05190.0913-0.3257-0.1282-0.23130.1140.01370.10380.3582-0.1608-0.060514.39636.01568.74
36.2031-1.23350.52275.22381.96986.2221-0.2368-0.78550.74970.3590.13580.2446-0.1445-0.33140.101-0.12090.04560.0313-0.0126-0.1008-0.00779.44335.16855.209
44.4959-2.84993.96322.2338-1.56475.5944-0.3414-0.99760.73860.84880.4802-0.9873-1.0829-0.7658-0.13880.33020.01930.07560.2401-0.36450.56329.88346.1358.712
52.8886-0.61870.17643.1649-0.3311.54570.099-0.13180.49620.0123-0.0778-0.1396-0.10430.0469-0.0212-0.127-0.01160.0408-0.1226-0.0234-0.078519.14133.547.133
614.18935.8644.03067.2383.03465.49310.06180.5632-0.2019-0.5032-0.06560.0270.1946-0.01660.0038-0.04530.0669-0.0128-0.10120.0032-0.17920.51921.96337.962
73.68150.5242-0.24072.95070.05430.74450.0827-0.1552-0.1905-0.0491-0.0332-0.21560.15830.1109-0.0494-0.10390.0103-0.0298-0.08690.0258-0.159328.720.6549.381
810.3691-4.7135-9.7526.85295.875715.8487-0.0726-0.6183-0.69210.3934-0.05270.01980.40360.45740.12540.00010.0208-0.0980.05560.1181-0.079432.08511.48257.134
94.3882-0.47530.18141.97361.24514.42970.14730.0774-0.35860.02430.0153-0.05530.17010.2545-0.1626-0.1090.0159-0.0302-0.12370.0213-0.124928.63616.38546.156
1018.63171.6097-0.1416.43580.741211.93260.16810.4987-1.22920.5065-0.27190.72280.4537-0.51380.10380.0178-0.0054-0.0595-0.0804-0.06120.038819.17110.04240.475
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111 - 4517 - 61
2246 - 5662 - 72
3369 - 9085 - 106
4491 - 103107 - 119
55104 - 177120 - 193
66178 - 189194 - 205
77190 - 226206 - 242
88227 - 247243 - 263
99248 - 284264 - 300
1010285 - 293301 - 309

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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