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- PDB-5w95: Mtb Rv3802c with PEG bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w95
タイトルMtb Rv3802c with PEG bound
要素Conserved membrane protein of uncharacterised function
キーワードHYDROLASE / PEG / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase A1 activity / fatty acyl-CoA hydrolase activity / lipase activity / carboxylesterase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / lipid catabolic process / peptidoglycan-based cell wall / hydrolase activity / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cutinase / Cutinase/acetylxylan esterase / Cutinase / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell wall synthesis protein CwsA / Carboxylesterase/lipase Culp6
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.723 Å
データ登録者Goins, C.M. / Schreidah, C.M. / Ronning, D.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI105084 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for lipid binding and mechanism of the Mycobacterium tuberculosis Rv3802 phospholipase.
著者: Goins, C.M. / Schreidah, C.M. / Dajnowicz, S. / Ronning, D.R.
履歴
登録2017年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年1月17日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32018年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conserved membrane protein of uncharacterised function
B: Conserved membrane protein of uncharacterised function
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5536
ポリマ－60,6002
非ポリマー9534
水11,674648
1
A: Conserved membrane protein of uncharacterised function
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7763
ポリマ－30,3001
非ポリマー4772
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Conserved membrane protein of uncharacterised function
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7763
ポリマ－30,3001
非ポリマー4772
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.188, 91.300, 101.391
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Conserved membrane protein of uncharacterised function / Rv3802c


分子量: 30299.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: ERS007672_01844, ERS023446_02759, ERS024213_00010, ERS024276_01951, ERS027644_01116, ERS027646_00777, ERS027656_01063, ERS027659_00661, ERS027661_01209, ERS027666_00826, ERS031537_00520, ...遺伝子: ERS007672_01844, ERS023446_02759, ERS024213_00010, ERS024276_01951, ERS027644_01116, ERS027646_00777, ERS027656_01063, ERS027659_00661, ERS027661_01209, ERS027666_00826, ERS031537_00520, ERS124361_01515, SAMEA2683035_00004
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A045KEI3, UniProt: O53581*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 648 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.66 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→44.321 Å / Num. obs: 56631 / % possible obs: 99.63 % / 冗長度: 14.8 % / Net I/σ(I): 23.23

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.723→44.321 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.183 2000 3.53 %
Rwork0.1582 --
obs0.159 56631 99.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.723→44.321 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3890 0 64 648 4602
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074084
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0625571
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5911486
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041618
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006752
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7227-1.76580.18431340.1573661X-RAY DIFFRACTION95
1.7658-1.81360.23121410.16153838X-RAY DIFFRACTION100
1.8136-1.86690.20711410.1633876X-RAY DIFFRACTION100
1.8669-1.92720.16881420.15993864X-RAY DIFFRACTION100
1.9272-1.99610.2081420.16063888X-RAY DIFFRACTION100
1.9961-2.0760.17431420.15753876X-RAY DIFFRACTION100
2.076-2.17050.21121420.15913882X-RAY DIFFRACTION100
2.1705-2.28490.17781430.16053921X-RAY DIFFRACTION100
2.2849-2.4280.18591430.163879X-RAY DIFFRACTION100
2.428-2.61550.20851430.16973914X-RAY DIFFRACTION100
2.6155-2.87860.20131430.17013930X-RAY DIFFRACTION100
2.8786-3.29510.20891460.17153955X-RAY DIFFRACTION100
3.2951-4.1510.14841450.14483998X-RAY DIFFRACTION100
4.151-44.3360.15581530.1464149X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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