+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2p18 | ||||||
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Title | Crystal structure of the Leishmania infantum glyoxalase II | ||||||
Components | Glyoxalase II | ||||||
Keywords | HYDROLASE / metalloprotein / beta sandwich / alpha-helical domain | ||||||
Function / homology | Function and homology information hydroxyacylglutathione hydrolase / hydroxyacylglutathione hydrolase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Leishmania infantum (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Trincao, J. / Barata, L. / Najmudin, S. / Bonifacio, C. / Romao, M.J. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2008 Title: Catalysis and Structural Properties of Leishmania infantum Glyoxalase II: Trypanothione Specificity and Phylogeny. Authors: Silva, M.S. / Barata, L. / Ferreira, A.E. / Romao, S. / Tomas, A.M. / Freire, A.P. / Cordeiro, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2p18.cif.gz | 74.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2p18.ent.gz | 53.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2p18.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2p18_validation.pdf.gz | 454.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2p18_full_validation.pdf.gz | 455.9 KB | Display | |
Data in XML | 2p18_validation.xml.gz | 13.5 KB | Display | |
Data in CIF | 2p18_validation.cif.gz | 18.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/2p18 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/2p18 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2p1eC 1qh3S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 34422.695 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Leishmania infantum (eukaryote) / Gene: GLO2 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 Codon Plus References: UniProt: Q2PYN0, hydroxyacylglutathione hydrolase | ||||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SPD / | #4: Chemical | ChemComp-ACY / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.85 Å3/Da / Density % sol: 33.52 % |
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Crystal grow | Temperature: 288 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 30% PEG 4K, 0.2M MgCl2, 0.1M Ammonium Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.9538 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Feb 17, 2006 / Details: Undulator |
Radiation | Monochromator: Si(111) CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9538 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→53.376 Å / Num. all: 23962 / Num. obs: 23962 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 22.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 6.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.9 Å / Redundancy: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.468 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. measured all: 20168 / Num. unique all: 3459 / Rsym value: 0.468 / % possible all: 100 |
-Phasing
Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1QH3 Resolution: 1.8→53.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 4.535 / SU ML: 0.076 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.115 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.921 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→53.38 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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