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- PDB-2oz4: Structural Plasticity in IgSF Domain 4 of ICAM-1 Mediates Cell Su... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oz4
タイトルStructural Plasticity in IgSF Domain 4 of ICAM-1 Mediates Cell Surface Dimerization
要素
  • FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN
  • FAB FRAGMENT, HEAVY CHAIN
  • Intercellular adhesion molecule 1
キーワードCELL ADHESION / IGSF DOMAIN / STRUCTURAL PLASTICITY / CELL-SURFACE DIMERIZATION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of leukocyte mediated cytotoxicity / T cell extravasation / positive regulation of cellular extravasation / regulation of ruffle assembly / T cell antigen processing and presentation / membrane to membrane docking / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / adhesion of symbiont to host / establishment of endothelial barrier / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules ...regulation of leukocyte mediated cytotoxicity / T cell extravasation / positive regulation of cellular extravasation / regulation of ruffle assembly / T cell antigen processing and presentation / membrane to membrane docking / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / adhesion of symbiont to host / establishment of endothelial barrier / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / leukocyte migration / leukocyte cell-cell adhesion / immunoglobulin complex / cell adhesion mediated by integrin / Interleukin-10 signaling / immunoglobulin mediated immune response / immunological synapse / Integrin cell surface interactions / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / antigen binding / cellular response to leukemia inhibitory factor / cellular response to glucose stimulus / cellular response to amyloid-beta / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / integrin binding / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / virus receptor activity / : / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / receptor-mediated virion attachment to host cell / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell adhesion / membrane raft / external side of plasma membrane / focal adhesion / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / ICAM-1/3/5, D2 domain / Intercellular adhesion molecule / Intercellular adhesion molecule, N-terminal / Intercellular adhesion molecule (ICAM), N-terminal domain / Intercellular adhesion molecule/vascular cell adhesion molecule, N-terminal / : / : / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-Type ...: / ICAM-1/3/5, D2 domain / Intercellular adhesion molecule / Intercellular adhesion molecule, N-terminal / Intercellular adhesion molecule (ICAM), N-terminal domain / Intercellular adhesion molecule/vascular cell adhesion molecule, N-terminal / : / : / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ig heavy chain V region J558 / Intercellular adhesion molecule 1 / : / Intercellular adhesion molecule 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Chen, X. / Kim, T.D. / Carman, C.V. / Mi, L. / Song, G. / Springer, T.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Structural plasticity in Ig superfamily domain 4 of ICAM-1 mediates cell surface dimerization.
著者: Chen, X. / Kim, T.D. / Carman, C.V. / Mi, L.Z. / Song, G. / Springer, T.A.
履歴
登録2007年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Intercellular adhesion molecule 1
L: FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN
H: FAB FRAGMENT, HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,42612
ポリマ－75,0493
非ポリマー1,3779
水4,972276
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)185.396, 69.342, 88.173
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.76, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-2002-

ZN

21L-3081-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Intercellular adhesion molecule 1


分子量: 28682.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ICAM1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): CHINESE HAMSTER CHO.LEC3.2.8.1 / 参照: UniProt: Q5NKV7, UniProt: P05362*PLUS

-
抗体 , 2種, 2分子 LH

#2: 抗体 FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN


分子量: 23592.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q58EU4
#3: 抗体 FAB FRAGMENT, HEAVY CHAIN


分子量: 22773.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01757

-
糖 , 2種, 3分子

#4: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 282分子

#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.5M LITHIUM SULFATE, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月1日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 26015 / Num. obs: 26015 / % possible obs: 90.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.543 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Rsym value: 0.543 / % possible all: 58.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entries 1F11, 1P53

1f11

1p53


解像度: 2.7→28.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 26.501 / SU ML: 0.288 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: overall / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.353 / ESU R Free: 0.346 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 2559 9.9 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.209 23400 100 %-
all-25959 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 63.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.52 Å20 Å2-4.12 Å2
2--6.95 Å20 Å2
3----4.62 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.455 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→28.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5234 0 80 276 5590
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0225449
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023605
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9031.9747446
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.65638848
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.965685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.83124.72214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.59915863
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.7881525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2867
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.026001
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021008
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1490.2864
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1640.23592
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1630.22617
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0770.22975
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0910.2272
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.090.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0930.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1530.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0880.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0660.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.62734460
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.01631373
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.897185624
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.4932333
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.865181822
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.484 103 -
Rwork0.453 1090 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7888-2.20242.58483.2977-1.63365.4443-0.1355-0.02560.6613-0.08650.0192-0.0697-0.70920.23890.1163-0.307-0.13570.0182-0.1784-0.0611-0.1192-64.156110.117262.9419
29.48232.56161.7373.7392-0.13135.39140.0955-0.26520.0824-0.0955-0.13830.30020.47060.15810.0429-0.2670.00050.0304-0.2413-0.0516-0.3925-64.1176-12.626265.1816
38.46337.67951.738613.12940.26893.81390.19650.44450.1005-0.99820.23121.7280.417-0.4469-0.42780.07440.0958-0.3244-0.22370.0040.2564-93.17292.257239.7835
45.27712.29672.250515.2083-4.924610.25090.21220.8065-0.823-2.5219-0.6196-1.10870.80450.45810.40730.26760.21030.0077-0.1861-0.12770.262-81.3958-9.200338.8526
54.40573.90932.80536.21014.85318.94680.10950.1975-0.1447-0.00380.0842-0.3011-0.07450.712-0.1937-0.1634-0.01710.08340.00790.0739-0.2157-43.1146-23.98815.8955
64.6420.91231.58221.1815.513339.537-0.4793-0.24720.7968-1.18520.0738-0.0566-3.81881.21550.40550.4421-0.250.0305-0.22610.0229-0.0754-38.6333-1.635339.7885
75.90261.1004-5.57811.10670.50248.60280.046-1.3023-0.17880.1845-0.05560.0272-0.05641.42730.0096-0.34950.0297-0.0340.4818-0.0217-0.2809-47.8775-6.465580.8953
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1LB1 - 1081 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2HC1 - 1141 - 114
3X-RAY DIFFRACTION3LB109 - 213109 - 213
4X-RAY DIFFRACTION4HC115 - 213115 - 213
5X-RAY DIFFRACTION5AA186 - 2821 - 97
6X-RAY DIFFRACTION6AA283 - 36698 - 181
7X-RAY DIFFRACTION7AA367 - 450182 - 265

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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