- PDB-2ox7: Crystal structure of protein EF1440 from Enterococcus faecalis -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 2ox7
タイトル
Crystal structure of protein EF1440 from Enterococcus faecalis
要素
Hypothetical protein
キーワード
STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / HYPOTHETICAL PROTEIN / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMICS RESEARCH CONSORTIUM / NYSGRC / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報
YopX-like domains / YopX-like domains / Conserved hypothetical protein CHP1671 / YopX-like, C-terminal / YopX protein / YopX protein / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性
YopX protein domain-containing protein 類似検索 - 構成要素
タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月18日 / 詳細: SGX-CAT
放射
モノクロメーター: SGX-CAT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.97961 Å / 相対比: 1
Reflection
冗長度: 14.4 % / Av σ(I) over netI: 6.2 / 数: 957551 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / D res high: 1.777 Å / D res low: 25.474 Å / Num. obs: 66447 / % possible obs: 99.4
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)
最低解像度 (Å)
% possible obs (%)
ID
Rmerge(I) obs
Rsym value
Redundancy
5.62
25.47
98.5
1
0.055
0.055
13.1
3.97
5.62
100
1
0.056
0.056
14.4
3.25
3.97
100
1
0.058
0.058
14.7
2.81
3.25
100
1
0.072
0.072
14.8
2.51
2.81
100
1
0.09
0.09
14.8
2.29
2.51
100
1
0.109
0.109
14.8
2.12
2.29
100
1
0.117
0.117
14.8
1.99
2.12
100
1
0.158
0.158
14.8
1.87
1.99
100
1
0.253
0.253
14.8
1.78
1.87
96.1
1
0.383
0.383
12.6
反射
解像度: 1.777→25.474 Å / Num. obs: 66447 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル
Diffraction-ID: 1
解像度 (Å)
冗長度 (%)
Rmerge(I) obs
Mean I/σ(I) obs
Num. measured all
Num. unique all
Rsym value
% possible all
1.777-1.87
12.6
0.383
2
116843
9276
0.383
96.1
1.87-1.99
14.8
0.253
3
134736
9114
0.253
100
1.99-2.12
14.8
0.158
4.7
127570
8608
0.158
100
2.12-2.29
14.8
0.117
6.2
118862
8013
0.117
100
2.29-2.51
14.8
0.109
6.3
109642
7395
0.109
100
2.51-2.81
14.8
0.09
7.3
99844
6733
0.09
100
2.81-3.25
14.8
0.072
8.8
87635
5927
0.072
100
3.25-3.97
14.7
0.058
10.5
75018
5113
0.058
100
3.97-5.62
14.4
0.056
10.4
57330
3973
0.056
100
5.62-25.47
13.1
0.055
11.2
30071
2295
0.055
98.5
-
位相決定
位相決定
手法: 単波長異常分散
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
NB
SCALA
データスケーリング
SHELX
位相決定
REFMAC
精密化
PDB_EXTRACT
2
データ抽出
MAR345
CCD
データ収集
MOSFLM
データ削減
CCP4
(SCALA)
データスケーリング
SHELXD
位相決定
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.777→19.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 2.532 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.23531
3366
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.18973
-
-
-
obs
0.19208
62920
-
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK