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- PDB-2ow3: Glycogen synthase kinase-3 beta in complex with bis-(indole)malei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ow3
タイトルGlycogen synthase kinase-3 beta in complex with bis-(indole)maleimide pyridinophane inhibitor
要素Glycogen synthase kinase-3 beta
キーワードTRANSFERASE / Kinase-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


neuron projection organization / regulation of microtubule anchoring at centrosome / negative regulation of type B pancreatic cell development / negative regulation of glycogen (starch) synthase activity / negative regulation of mesenchymal stem cell differentiation / superior temporal gyrus development / positive regulation of protein localization to cilium / negative regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of TORC2 signaling / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation ...neuron projection organization / regulation of microtubule anchoring at centrosome / negative regulation of type B pancreatic cell development / negative regulation of glycogen (starch) synthase activity / negative regulation of mesenchymal stem cell differentiation / superior temporal gyrus development / positive regulation of protein localization to cilium / negative regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of TORC2 signaling / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation / maintenance of cell polarity / positive regulation of protein localization to centrosome / positive regulation of cilium assembly / beta-catenin destruction complex / CRMPs in Sema3A signaling / heart valve development / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / tau-protein kinase / regulation of microtubule-based process / regulation of protein export from nucleus / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / Maturation of nucleoprotein / cellular response to interleukin-3 / Wnt signalosome / regulation of long-term synaptic potentiation / negative regulation of TOR signaling / negative regulation of protein localization to nucleus / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / AKT phosphorylates targets in the cytosol / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / regulation of axon extension / Maturation of nucleoprotein / tau-protein kinase activity / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / positive regulation of cell-matrix adhesion / regulation of axonogenesis / regulation of dendrite morphogenesis / ER overload response / glycogen metabolic process / establishment of cell polarity / regulation of neuron projection development / protein kinase A catalytic subunit binding / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / dynactin binding / epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of osteoblast differentiation / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / canonical Wnt signaling pathway / NF-kappaB binding / positive regulation of protein binding / negative regulation of protein-containing complex assembly / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / regulation of cellular response to heat / extrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to retinoic acid / positive regulation of protein ubiquitination / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of autophagy / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / regulation of microtubule cytoskeleton organization / response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of cell migration / positive regulation of protein export from nucleus / excitatory postsynaptic potential / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / mitochondrion organization / positive regulation of cell differentiation / hippocampus development / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / positive regulation of protein-containing complex assembly / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of circadian rhythm / circadian rhythm / beta-catenin binding / peptidyl-serine phosphorylation / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / tau protein binding / Regulation of RUNX2 expression and activity / Wnt signaling pathway / cellular response to amyloid-beta / neuron projection development / positive regulation of protein catabolic process / p53 binding / kinase activity / insulin receptor signaling pathway / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of neuron apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BIS-(INDOLE)MALEIMIDE PYRIDINOPHANE / Glycogen synthase kinase-3 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Zhang, H.C. / Bonaga, L.V. / Ye, H. / Derian, C.K. / Damiano, B.P. / Maryanoff, B.E.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2007
タイトル: Novel bis(indolyl)maleimide pyridinophanes that are potent, selective inhibitors of glycogen synthase kinase-3.
著者: Zhang, H.C. / Bonaga, L.V. / Ye, H. / Derian, C.K. / Damiano, B.P. / Maryanoff, B.E.
履歴
登録2007年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycogen synthase kinase-3 beta
B: Glycogen synthase kinase-3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,2514
ポリマ－80,1642
非ポリマー1,0872
水27015
1
A: Glycogen synthase kinase-3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6262
ポリマ－40,0821
非ポリマー5441
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glycogen synthase kinase-3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6262
ポリマ－40,0821
非ポリマー5441
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.472, 117.329, 69.461
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.22, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Glycogen synthase kinase-3 beta / GSK-3 beta


分子量: 40081.980 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 35-386 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSK3B / 参照: UniProt: P49841, tau-protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-BIM / BIS-(INDOLE)MALEIMIDE PYRIDINOPHANE


分子量: 543.658 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H33N5O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.2 %
結晶化pH: 9 / 詳細: PEG2000, BICINE pH9.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月31日 / 詳細: Dynamically blendable mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→67.6 Å / Num. all: 25427 / Num. obs: 25427 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 82.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2.8→3.02 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.0854 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 4465 / Rsym value: 0.0854 / % possible all: 79.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345データ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: previously derived model (originally from 1H8F)

1h8f


解像度: 2.8→67.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.862 / SU B: 16.974 / SU ML: 0.338 / Isotropic thermal model: isotrop / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.222 / ESU R Free: 0.409 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29483 1032 4.1 %RANDOM
Rwork0.24595 ---
all0.24794 25427 --
obs0.24794 25427 94.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.31 Å20 Å2-0.94 Å2
2--6.45 Å20 Å2
3----4.57 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.436 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→67.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5584 0 82 15 5681
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0225745
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025265
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0331.9987836
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.742312232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4045686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.1723.04250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.10215933
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.3581544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2866
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.026284
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021186
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1880.21179
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1660.24981
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.22778
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.22986
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1180.269
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0750.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1680.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0610.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3224491
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.18421363
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6735656
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.14542732
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.24562180
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.417 35 -
Rwork0.354 1277 -
obs-1277 66.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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