PDB-2ov8: Crystal Structure of StaL

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ov8

タイトル

Crystal Structure of StaL

要素

StaL

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / StaL apoenzyme / sulfotransferase / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

desulfo-A47934 sulfotransferase / sulfotransferase activity / antibiotic biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces toyocaensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.58 Å

データ登録者

Shi, R. / Matte, A. / Cygler, M. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of StaL, a glycopeptide antibiotic sulfotransferase from Streptomyces toyocaensis.
著者: Shi, R. / Lamb, S.S. / Bhat, S. / Sulea, T. / Wright, G.D. / Matte, A. / Cygler, M.

履歴

登録	2007年2月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年2月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ov8.cif.gz	60.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ov8.ent.gz	42.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ov8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/2ov8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/2ov8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ovbC 2ovfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ovb-1 3ch1-2 3up8-d 5ls3-d 4guz-7 3tbv-2 5nqe-d 3dfe-d 1sw6-d 5xr2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (3)

登録構造単位

A: StaL

32.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: StaL

登録者が定義した集合体
64.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.018, 86.018, 164.753
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

詳細

The biological assembly is a dimer generated from monomer in the asymmetric unit by the operations: -x, y, 1/2-z

#1: タンパク質	StaL 分子量: 32210.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces toyocaensis (バクテリア) 株: NRRL 15009 / 遺伝子: stal / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8KLM3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.94 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M NaAc pH4.6, 3.0M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3		1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	NSLS	X8C	1	0.9795, 0.9794, 0.9643
シンクロトロン	NSLS	X25	2	1

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
ADSC QUANTUM 4	1	CCD	2005年6月9日	mirrors
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2005年8月8日	mirrors

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	silicone	MAD	M	x-ray	1
2	silicone	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9795	1
2	0.9794	1
3	0.9643	1
4	1	1

Reflection

D res low: 50 Å / 冗長度: 7 %

ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	Χ²	D res high (Å)	Num. obs	% possible obs
1	21.5	116733	0.036	1	2.82	16599	99.5
2	21.2	116937	0.033	0.99	2.82	16624	99.5
3	23.5	114979	0.032	1	2.83	16360	99.6

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.07	50	94.7	1	0.026	0.999	6.6
4.82	6.07	100	1	0.025	0.999	7.1
4.21	4.82	100	1	0.025	1	7.1
3.83	4.21	100	1	0.03	1	7.1
3.55	3.83	100	1	0.041	1	7.1
3.34	3.55	100	1	0.07	0.999	7
3.18	3.34	100	1	0.107	0.999	7.1
3.04	3.18	100	1	0.186	0.999	7.1
2.92	3.04	100	1	0.336	0.993	7.1
2.82	2.92	100	1	0.498	0.97	7.1
6.07	50	95.5	2	0.023	1.001	6.7
4.82	6.07	100	2	0.023	0.999	7.1
4.21	4.82	100	2	0.023	1.001	7.1
3.83	4.21	100	2	0.03	1	7.1
3.55	3.83	100	2	0.041	0.999	7.1
3.34	3.55	100	2	0.072	0.999	7
3.18	3.34	100	2	0.11	0.999	7.1
3.04	3.18	100	2	0.191	0.992	7.1
2.92	3.04	100	2	0.339	0.958	7.1
2.82	2.92	100	2	0.512	0.965	7.1
6.09	50	96	3	0.02	0.999	6.6
4.84	6.09	100	3	0.021	1	7.1
4.23	4.84	100	3	0.023	1	7.1
3.84	4.23	100	3	0.029	1	7.1
3.57	3.84	100	3	0.041	1	7.1
3.36	3.57	100	3	0.073	1	7.1
3.19	3.36	100	3	0.111	0.999	7.1
3.05	3.19	100	3	0.19	1.001	7.1
2.93	3.05	100	3	0.352	0.999	7.1
2.83	2.93	100	3	0.514	1	7.1

反射

解像度: 2.58→50 Å / Num. obs: 12023 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 29.7 % / R_merge(I) obs: 0.055 / Χ²: 0.983 / Net I/σ(I): 20.7

反射シェル

解像度: 2.58→2.67 Å / 冗長度: 22.3 % / R_merge(I) obs: 0.471 / Num. unique all: 1153 / Χ²: 0.978 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD

D res high: 3 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.71 / 反射: 7652

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	3 wavelength	1	0.9795	4.12	-6.94
1	3 wavelength	2	0.9795	2.15	-7.72
1	3 wavelength	3	0.964	2.55	-4.3

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	60	0.891	0.132	0.082	1.429
2	Se	60	0.96	0.228	0.063	1.182
3	Se	60	0.703	0.215	0.077	1.073
4	Se	60	0.399	0.291	0.002	0.608
5	Se	60	0.359	0.318	0.03	0.954
6	Se	60	0.982	0.286	0.039	0.829
7	Se	60	0.028	0.639	0.051	0.56

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
10.79-50	0.6	385
6.81-10.79	0.74	676
5.33-6.81	0.83	828
4.52-5.33	0.83	981
3.99-4.52	0.79	1061
3.61-3.99	0.75	1164
3.33-3.61	0.64	1255
3.1-3.33	0.51	1302

Phasing dm

FOM : 0.48 / FOM acentric: 0.47 / FOM centric: 0.53 / 反射: 14229 / Reflection acentric: 11808 / Reflection centric: 2421

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
6.8-41.689	0.98	0.98	0.97	674	406	268
4.3-6.8	0.95	0.96	0.91	1931	1478	453
3.4-4.3	0.89	0.91	0.81	2384	1958	426
3-3.4	0.65	0.67	0.5	2388	2020	368
2.6-3	0.14	0.14	0.11	4266	3685	581
2.4-2.6	0.04	0.04	0.04	2586	2261	325

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.09	位相決定
RESOLVE	2.09	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.58→74.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 24.523 / SU ML: 0.256 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.422 / ESU R Free: 0.29 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.279	572	4.8 %	RANDOM
R_work	0.249	-	-	-
obs	0.251	11969	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 71.811 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.93 Å²	-0.47 Å²	0 Å²
2-	-	-0.93 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.58→74.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1768	0	0	13	1781

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	1812
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.48	1.946	2470
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.289	5	238
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.941	23.03	66
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.558	15	257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.538	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	277
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1376
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.237	0.2	888
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	1243
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.211	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.162	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.616	1.5	1217
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.074	2	1876
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.496	3	708
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.399	4.5	594

LS精密化シェル

解像度: 2.579→2.646 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.345	40	-
R_work	0.3	809	-
obs	-	849	98.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8682	-0.6779	1.635	3.3598	-0.4697	5.0472	0.0799	-0.5416	0.0438	0.0236	-0.0177	0.5667	0.4762	-0.8852	-0.0622	-0.0594	-0.121	-0.1438	-0.1395	-0.0616	-0.0392	-17.0858	60.9687	39.3116
2	5.2941	-2.3689	-0.0105	4.828	-1.7437	6.1261	-0.0439	1.3844	1.7773	-0.4586	-0.3458	-0.2867	-0.6122	-0.0484	0.3897	0.1567	0.0517	-0.3263	0.0786	0.3267	0.4132	-14.1584	74.213	21.5451

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	3 - 90	21 - 108
2	1	132 - 216	150 - 234
3	2	91 - 103	109 - 121
4	2	110 - 131	128 - 149
5	2	237 - 269	255 - 287

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