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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2otw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Fv polyglutamine complex | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / Antibody / polyglutamine / complex | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Li, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Implications of the structure of a poly-Gln/anti-poly-Gln complex for disease progression and therapy 著者: Li, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2otw.cif.gz | 111.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2otw.ent.gz | 86.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2otw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2otw_validation.pdf.gz | 468.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2otw_full_validation.pdf.gz | 481.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2otw_validation.xml.gz | 23.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2otw_validation.cif.gz | 33.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/2otw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/2otw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | Each antibody/antigen complex contains VH, VL and Peptide |
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 12460.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: VL / プラスミド: pET22b(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) #2: 抗体 | 分子量: 13330.936 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: VH / プラスミド: pET22b(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) #3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1413.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.84 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M sodium citrate, 0.2 M NH4Ac, 27.5% PEG400, pH 6.5, EVAPORATION, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 173 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月1日 / 詳細: Si (111) crystal |
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 28033 / Num. obs: 27313 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 5.2 / Net I/σ(I): 22.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.221 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 2243 / Rsym value: 22.1 / % possible all: 81.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: pdb entry 2GSG 解像度: 2.35→50 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→50 Å
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拘束条件 |
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