PDB-2otw: Crystal structure of Fv polyglutamine complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2otw

タイトル

Crystal structure of Fv polyglutamine complex

要素

Fv heavy chain variable domain VH
Fv light chain avriable domain VL
poly-Gln peptide antigen

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody / polyglutamine / complex

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Li, P.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Implications of the structure of a poly-Gln/anti-poly-Gln complex for disease progression and therapy
著者: Li, P.

履歴

登録	2007年2月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2otw.cif.gz	110.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2otw.ent.gz	86.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2otw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2otw_validation.pdf.gz	468.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2otw_full_validation.pdf.gz	481.9 KB	表示
XML形式データ	2otw_validation.xml.gz	23.6 KB	表示
CIF形式データ	2otw_validation.cif.gz	33.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/2otw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/2otw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2otuC 2gsgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2otu-2 2otu-3 3da8-3 3juy-4 3juy-2 3m1o-d 2otu-4 2gsg-2 6s2i-1 1dsf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fv light chain avriable domain VL

B: Fv heavy chain variable domain VH

C: Fv light chain avriable domain VL

D: Fv heavy chain variable domain VH

E: poly-Gln peptide antigen

F: poly-Gln peptide antigen

54.4 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fv light chain avriable domain VL

B: Fv heavy chain variable domain VH

E: poly-Gln peptide antigen

登録者が定義した集合体
27.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Fv light chain avriable domain VL

D: Fv heavy chain variable domain VH

F: poly-Gln peptide antigen

登録者が定義した集合体
27.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	165.290, 78.724, 49.997
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

詳細

Each antibody/antigen complex contains VH, VL and Peptide

#1: 抗体	Fv light chain avriable domain VL 分子量: 12460.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: VL / プラスミド: pET22b(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 抗体	Fv heavy chain variable domain VH 分子量: 13330.936 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: VH / プラスミド: pET22b(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#3: タンパク質・ペプチド	poly-Gln peptide antigen 分子量: 1413.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.84 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M sodium citrate, 0.2 M NH4Ac, 27.5% PEG400, pH 6.5, EVAPORATION, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 173 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月1日 / 詳細: Si (111) crystal
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 28033 / Num. obs: 27313 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.052 / R_sym value: 5.2 / Net I/σ(I): 22.8
反射シェル	解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.221 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 2243 / R_sym value: 22.1 / % possible all: 81.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
CNS		精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: pdb entry 2GSG

2gsg

解像度: 2.35→50 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.258	2709	-	random
R_work	0.226	-	-	-
all	0.226	28033	-	-
obs	0.226	27245	97.2 %	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3820	0	0	290	4110

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.34
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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