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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2org | ||||||
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タイトル | Directing Macromolecular Conformation Through Halogen Bonds | ||||||
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![]() | DNA / DNA Holliday Junction / Halogen Bond | ||||||
機能・相同性 | DNA![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Voth, A.R. / Hays, F.A. / Ho, P.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Directing macromolecular conformation through halogen bonds. 著者: Voth, A.R. / Hays, F.A. / Ho, P.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 22.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 13.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The second half of the biological assembly (the Holliday junction) is generated by the two fold rotation: -x, y, -z+1 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3125.874 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetically prepared decanucleotide sequences. |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3029.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.42 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 25 mM sodium cacodylate, 20 mM calcium chloride, 1.2 mM spermine, and 0.35 mM of each DNA strand., pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 133 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年7月13日 / 詳細: Osmic mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→18.2 Å / Num. all: 3852 / Num. obs: 3362 / % possible obs: 87.3 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 5.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.281 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 382 / % possible all: 49.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1P54 解像度: 2→18.2 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Data cutoff high absF: 43547.84 / Data cutoff high rms absF: 43547.84 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 94.7022 Å2 / ksol: 0.357361 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→18.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.09 Å / Rfactor Rfree error: 0.054 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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