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- PDB-2onv: Crystal Structure of the amyloid-fibril forming peptide GGVVIA de... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2onv
タイトルCrystal Structure of the amyloid-fibril forming peptide GGVVIA derived from the Alzheimer's amyloid Abeta (Abeta37-42).
要素amyloid-fibril forming peptide GGVVIA derived from the Alzheimer's amyloid Abeta
キーワードPROTEIN FIBRIL / steric zipper / beta sheets
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Sambashivan, S. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Atomic structures of amyloid cross-beta spines reveal varied steric zippers.
著者: Sawaya, M.R. / Sambashivan, S. / Nelson, R. / Ivanova, M.I. / Sievers, S.A. / Apostol, M.I. / Thompson, M.J. / Balbirnie, M. / Wiltzius, J.J. / McFarlane, H.T. / Madsen, A.O. / Riekel, C. / Eisenberg, D.
履歴
登録2007年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: amyloid-fibril forming peptide GGVVIA derived from the Alzheimer's amyloid Abeta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5151
ポリマ－5151
非ポリマー00
水543
1
A: amyloid-fibril forming peptide GGVVIA derived from the Alzheimer's amyloid Abeta

A: amyloid-fibril forming peptide GGVVIA derived from the Alzheimer's amyloid Abeta

A: amyloid-fibril forming peptide GGVVIA derived from the Alzheimer's amyloid Abeta

A: amyloid-fibril forming peptide GGVVIA derived from the Alzheimer's amyloid Abeta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,0584
ポリマ－2,0584
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
crystal symmetry operation4_555x+1/2,-y+1/2,-z1
crystal symmetry operation4_556x+1/2,-y+1/2,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)16.760, 41.134, 4.789
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The biological unit is a pair of sheets. Beta strands within the sheet are generated by unit cell translations along the z-axis. The second sheet in the pair of sheets is generated by applying the symmetry operator x+1/2, -y+1/2, -z. Within the second sheet also, beta strands are generated by unit cell translations along the z-axis.

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要素

#1: タンパク質・ペプチド amyloid-fibril forming peptide GGVVIA derived from the Alzheimer's amyloid Abeta


分子量: 514.616 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 37-42 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Peptide was commercially synthesized by CSBio.
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 23.31 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Peptide concentration: 15.0 mg/ml, Peptide:reservoir:additive ratio 5:4:1, Reservoir: 2.0M Ammonium sulfate, Additive: 3.0% 0.1M hexamine cobalt (III) chloride , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.9466
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9466 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→90 Å / Num. obs: 532 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 15.962 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.192 / Χ2: 1.085 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.6→1.72 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Num. unique all: 87 / Χ2: 1.102 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Extended beta strand GGVVIA

解像度: 1.61→20.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.852 / SU B: 4.479 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.299 51 9.9 %RANDOM
Rwork0.228 ---
obs0.235 515 96.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7 Å20 Å20 Å2
2--0.89 Å20 Å2
3----1.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.61→20.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数36 0 0 3 39
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02335
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0218
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8592.0447
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.041346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.03155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg1.738154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.27
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0239
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.025
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.0260.21
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1820.212
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1580.217
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0780.219
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3520.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.160.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2730.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1480.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3881.535
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1371.513
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.773243
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.65137
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.894.54
LS精密化 シェル解像度: 1.61→1.653 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.007 1 -
Rwork0.324 22 -
obs-23 88.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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