PDB-2ol9: Peptide corresponding to residues 170-175 of human prion

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ol9

タイトル

Peptide corresponding to residues 170-175 of human prion

要素

peptide from human prion

キーワード

PROTEIN FIBRIL / steric zipper / beta sheet

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.85 Å

データ登録者

Apostol, M.A. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Atomic structures of amyloid cross-beta spines reveal varied steric zippers.
著者: Sawaya, M.R. / Sambashivan, S. / Nelson, R. / Ivanova, M.I. / Sievers, S.A. / Apostol, M.I. / Thompson, M.J. / Balbirnie, M. / Wiltzius, J.J. / McFarlane, H.T. / Madsen, A.O. / Riekel, C. / Eisenberg, D.

履歴

登録	2007年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年1月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.5	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.6	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ol9.cif.gz	10 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ol9.ent.gz	6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ol9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ol9_validation.pdf.gz	367.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ol9_full_validation.pdf.gz	367.2 KB	表示
XML形式データ	2ol9_validation.xml.gz	2.3 KB	表示
CIF形式データ	2ol9_validation.cif.gz	2.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/2ol9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/2ol9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2okzC 2olxC 2ommC 2ompC 2omqC 2on9C 2onaC 2onvC 2onwC 2onxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1j9v-d 1vm5-d 6h7i-d 1v4f-d 2lda-d 2b5q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: peptide from human prion

723 Da, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: peptide from human prion

登録者が定義した集合体
1.45 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	14.002, 4.879, 15.100
Angle α, β, γ (deg.)	75.230, 75.880, 78.890
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質・ペプチド	peptide from human prion 分子量: 722.704 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 170-175 / 由来タイプ: 合成詳細: This sequence is taken from residues 170-175 of human prion
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 200 mM Hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.8856

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.8856 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.6 % / Av σ(I) over netI: 48.7 / 数: 9598 / R_merge(I) obs: 0.036 / Χ²: 1.2 / D res high: 0.85 Å / D res low: 90 Å / Num. obs: 2681 / % possible obs: 82.1

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
1.83	90	96	1	0.027	1.07	3.8
1.45	1.83	93.1	1	0.034	1.186	3.7
1.27	1.45	100	1	0.037	1.15	3.8
1.15	1.27	85.5	1	0.04	1.166	3.8
1.07	1.15	90.2	1	0.036	1.143	3.7
1.01	1.07	99.7	1	0.048	1.387	3.8
0.96	1.01	92.4	1	0.055	1.196	3.6
0.92	0.96	79.5	1	0.067	1.301	3.3
0.88	0.92	51.9	1	0.078	1.2	2.7
0.85	0.88	33.5	1	0.078	1.139	2.3

反射

解像度: 0.85→90 Å / Num. all: 2681 / Num. obs: 2681 / % possible obs: 82.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 4.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.036 / Χ²: 1.195 / Net I/σ(I): 48.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
0.85-0.88	2.3	0.078	107	1.139	33.5
0.88-0.92	2.7	0.078	175	1.2	51.9
0.92-0.96	3.3	0.067	267	1.301	79.5
0.96-1.01	3.6	0.055	304	1.196	92.4
1.01-1.07	3.8	0.048	309	1.387	99.7
1.07-1.15	3.7	0.036	293	1.143	90.2
1.15-1.27	3.8	0.04	282	1.166	85.5
1.27-1.45	3.8	0.037	322	1.15	100
1.45-1.83	3.7	0.034	309	1.186	93.1
1.83-90	3.8	0.027	313	1.07	96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
BOS		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: idealized 6 residue beta strand

解像度: 0.85→14.29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.992 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.989 / SU B: 0.242 / SU ML: 0.007 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.011 / ESU R Free: 0.011 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.078	134	5 %	RANDOM
R_work	0.073	-	-	-
all	0.073	2680	-	-
obs	0.073	2680	82.11 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 1.335 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	-0.03 Å²	-0.06 Å²
2-	-	-0.04 Å²	0.06 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.85→14.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	51	0	0	5	56

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.021	51
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	30
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.019	1.828	68
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.505	3	73
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.839	5	5
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	52.08	28	5
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	8.571	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	62
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.081	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.072	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.034	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.19	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.081	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.394	1.5	39
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.073	1.5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.484	2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.651	3	24
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.857	4.5	21
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.688	3	107
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	1.686	3	5
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	0.569	3	81

LS精密化シェル

解像度: 0.85→0.873 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.052	4	-
R_work	0.175	72	-
obs	-	76	31.4 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)