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万見
- PDB-2ok0: Fab ED10-DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ok0
タイトルFab ED10-DNA complex
要素
  • 5'-D(*TP*C)-3'
  • Fab ED10 heavy chain
  • Fab ED10 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM/DNA / immunoglobulin fold / IMMUNE SYSTEM-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / adaptive immune response / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Mc5 VHCH1 / If kappa light chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Stanfield, R.L. / Sanguineti, S. / Wilson, I.A. / de Prat-Gay, G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Specific recognition of a DNA immunogen by its elicited antibody
著者: Sanguineti, S. / Centeno Crowley, J.M. / Lodeiro Merlo, M.F. / Cerutti, M.L. / Wilson, I.A. / Goldbaum, F.A. / Stanfield, R.L. / de Prat-Gay, G.
履歴
登録2007年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE Currently, there is no aminoacid sequence database reference available for the proteins

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: 5'-D(*TP*C)-3'
L: Fab ED10 light chain
H: Fab ED10 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1883
ポリマ－48,1883
非ポリマー00
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)123.711, 63.833, 83.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.26, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細Chains L, H and D (one Fab-DNA complex)

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*C)-3'


分子量: 548.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 抗体 Fab ED10 light chain


分子量: 24148.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: A2NHM3*PLUS
#3: 抗体 Fab ED10 heavy chain


分子量: 23491.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: A0N7J2*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.05 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 15% PEG 6000, 0.05M KCl, 0.01M MgCL2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 600011
2KCl11
3MgCL211
4HOH11
5PEG 600012
6KCl12
7MgCL212
8HOH12

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.427 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.427 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→40.5 Å / Num. all: 44585 / Num. obs: 44585 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 29.7 Å2 / Rsym value: 4.6 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 1.89→1.92 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2106 / Rsym value: 43.3 / % possible all: 91.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.89→40.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 6.471 / SU ML: 0.089 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20358 2235 5 %RANDOM
Rwork0.17687 ---
all0.17825 42211 --
obs0.17825 42211 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å20 Å2-0.99 Å2
2--0.53 Å20 Å2
3----1.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→40.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3350 35 0 157 3542
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0223479
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022306
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8561.9644750
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9263.0035646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5735433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.16624.403134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.22615548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4041511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2534
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023825
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02674
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.2669
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.220.22596
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2050.21846
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1030.22213
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3030.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2580.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1520.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2461.52498
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2641.5872
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.64323533
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.78431524
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8764.51217
LS精密化 シェル解像度: 1.89→1.939 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 157 -
Rwork0.307 2943 -
obs-2943 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.87691.49180.25911.9664-0.05142.2703-0.03230.22380.1083-0.1149-0.0242-0.1811-0.07880.12010.0565-0.17330.0395-0.022-0.23960.0149-0.154466.71568.305733.6833
23.0979-1.9861.39145.2264-2.21434.52680.09850.0715-0.17310.00530.04550.08720.18140.2635-0.144-0.23270.01050.0224-0.1854-0.0093-0.186496.239957.979250.2595
34.0306-0.4442.02692.218-1.07523.56430.0075-0.2945-0.13930.16410.01350.05240.178-0.1307-0.021-0.19010.0046-0.0047-0.235-0.0193-0.169157.093359.965751.2041
46.19431.7268-2.89133.4555-1.43418.08520.1373-0.34360.0575-0.0347-0.0087-0.3607-0.52590.5552-0.1286-0.1259-0.01220.0311-0.16-0.0077-0.193892.396166.26863.0264
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1LB1 - 1121 - 117
2X-RAY DIFFRACTION2LB113 - 214118 - 219
3X-RAY DIFFRACTION3HC1 - 1161 - 119
4X-RAY DIFFRACTION3DA1 - 21 - 2
5X-RAY DIFFRACTION4HC117 - 228120 - 216

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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