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- PDB-2oip: Crystal Structure of the S290G Active Site Mutant of TS-DHFR from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oip
タイトルCrystal Structure of the S290G Active Site Mutant of TS-DHFR from Cryptosporidium hominis
要素Chain A, crystal structure of Dhfr
キーワードTRANSFERASE / OXIDOREDUCTASE / BIFUNCTIONAL ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID / METHOTREXATE / Chem-NDP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / :
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium hominis (ヒトクリプトスポリジウム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Martucci, W.E. / Vargo, M.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Nonconserved residues Ala287 and Ser290 of the Cryptosporidium hominis thymidylate synthase domain facilitate its rapid rate of catalysis
著者: Doan, L.T. / Martucci, W.E. / Vargo, M.A. / Atreya, C.E. / Anderson, K.S.
履歴
登録2007年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chain A, crystal structure of Dhfr
B: Chain A, crystal structure of Dhfr
C: Chain A, crystal structure of Dhfr
D: Chain A, crystal structure of Dhfr
E: Chain A, crystal structure of Dhfr
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)309,99925
ポリマ－300,0715
非ポリマー9,92820
水7,278404
1
A: Chain A, crystal structure of Dhfr
B: Chain A, crystal structure of Dhfr
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,99910
ポリマ－120,0282
非ポリマー3,9718
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16300 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area38440 Å2
手法PISA
2
C: Chain A, crystal structure of Dhfr
D: Chain A, crystal structure of Dhfr
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,99910
ポリマ－120,0282
非ポリマー3,9718
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16280 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area38530 Å2
手法PISA
3
E: Chain A, crystal structure of Dhfr
ヘテロ分子

E: Chain A, crystal structure of Dhfr
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,99910
ポリマ－120,0282
非ポリマー3,9718
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_457-x-1,y,-z+21
単位格子
Length a, b, c (Å)215.026, 116.204, 216.601
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.27, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is the dimer present in the asymmetric unit, either with monomers A+B or C+D. The second half of the dimer formed by monomer E lies across the crystallographic axis.

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要素

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タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
Chain A, crystal structure of Dhfr


分子量: 60014.219 Da / 分子数: 5 / 変異: S290G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporidium hominis (ヒトクリプトスポリジウム)
生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q5CGA3, thymidylate synthase, dihydrofolate reductase

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非ポリマー , 5種, 424分子

#2: 化合物
ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP


分子量: 308.182 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O8P
#3: 化合物
ChemComp-CB3 / 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID / CB-3717


分子量: 477.469 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H23N5O6
#4: 化合物
ChemComp-MTX / METHOTREXATE / メトトレキサ-ト


分子量: 454.439 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22N8O5 / コメント: 化学療法薬*YM
#5: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.63 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1mM ammonium sulfate, 0.3M lithium sulfate, 0.1M Tris, 10% PEG 6000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月9日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 130177 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Χ2: 1.234 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.538 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 12987 / Χ2: 1.252 / % possible all: 99.6

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位相決定

Phasing dmFOM : 0.783 / FOM centric: 0.676 / 反射: 131011 / Reflection centric: 4636
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM acentricFOM centricReflection acentricReflection centric
8.12-49.750.8930.7734461435
5.78-8.120.8640.7488637499
4.73-5.780.8810.73811195506
4.1-4.730.8770.74613232499
3.67-4.10.7970.66415074500
3.35-3.670.7940.69216635496
3.11-3.350.7570.6618100480
2.91-3.110.7340.62619510468
2.74-2.910.720.56112541296

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLOMON位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1QZF

1qzf


解像度: 2.8→50 Å / FOM work R set: 0.78 / Isotropic thermal model: group / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 6550 -random
Rwork0.222 ---
all0.222 130114 --
obs0.222 123564 99.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 66.525 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.8 Å20 Å2-8.79 Å2
2--2.05 Å20 Å2
3---10.75 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.51 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20847 0 680 404 21931
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.23
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.012
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 1075 -
Rwork0.353 --
obs-20413 98.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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