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- PDB-2ohx: REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF LIVER ALCOHOL DEHYDROGENASE-NADH COM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ohx
タイトルREFINED CRYSTAL STRUCTURE OF LIVER ALCOHOL DEHYDROGENASE-NADH COMPLEX AT 1.8 ANGSTROMS RESOLUTION
要素ALCOHOL DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE(NAD(A)-CHOH(D))
機能・相同性
機能・相同性情報


all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Alcohol dehydrogenase E chain
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Al-Karadaghi, S. / Cedergren-Zeppezauer, E.S.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1994
タイトル: Refined crystal structure of liver alcohol dehydrogenase-NADH complex at 1.8 A resolution.
著者: Al-Karadaghi, S. / Cedergren-Zeppezauer, E.S. / Hovmoller, S.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1986
タイトル: Interdomain Motion in Liver Alcohol Dehydrogenase. Structural and Energetic Analysis of the Hinge Bending Mode
著者: Colonna-Cesari, F. / Perahia, D. / Karplus, M. / Eklund, H. / Branden, C.I. / Tapia, O.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1984
タイトル: Crystallographic Investigations of Nicotinamide Adenine Dinucleotide Binding to Horse Liver Alcohol Dehydrogenase
著者: Eklund, H. / Samama, J.-P. / Jones, T.A.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1983
タイトル: Crystal Structures of the Active Site in Specifically Metal-Depleted and Cobalt-Substituted Horse Liver Alcohol Dehydrogenase Derivatives
著者: Schneider, G. / Eklund, H. / Cedergren-Zeppezauer, E. / Zeppezauer, M.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1983
タイトル: Three-Dimensional Structure of Isonicotinimidylated Liver Alcohol Dehydrogenase
著者: Plapp, B.V. / Eklund, H. / Jones, T.A. / Branden, C.-I.
#5: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1983
タイトル: Crystal-Structure Determination of Reduced Nicotinamide Adenine Dinucleotide Complex with Horse Liver Alcohol Dehydrogenase Maintained in its Apo Conformation by Zinc-Bound Imidazole
著者: Cedergren-Zeppezauer, E.
#6: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1982
タイトル: Binding of Substrate in a Ternary Complex of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase
著者: Eklund, H. / Plapp, B.V. / Samama, J.-P. / Branden, C.-I.
#7: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1982
タイトル: Crystal Structure Determinations of Coenzyme Analogue and Substrate Complexes of Liver Alcohol Dehydrogenase. Binding of 1,4,5,6-Tetrahydronicotinamide Adenine Dinucleotide and Trans-4- ...タイトル: Crystal Structure Determinations of Coenzyme Analogue and Substrate Complexes of Liver Alcohol Dehydrogenase. Binding of 1,4,5,6-Tetrahydronicotinamide Adenine Dinucleotide and Trans-4-(N,N-Dimethylamino)Cinnamaldehyde to the Enzyme
著者: Cedergren-Zeppezauer, E. / Samama, J.-P. / Eklund, H.
#8: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1982
タイトル: Pyrazole Binding in Crystalline Binary and Ternary Complexes with Liver Alcohol Dehydrogenase
著者: Eklund, H. / Samama, J.-P. / Wallen, L.
#9: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1981
タイトル: 5-Methylnicotinamide-Adenine Dinucleotide. Kinetic Investigation with Major and Minor Isoenzymes of Liver Alcohol Dehydrogenase and Structural Determination of its Binary Complex with Alcohol Dehydrogenase
著者: Samama, J.-P. / Wrixon, A.D. / Biellmann, J.-F.
#10: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1981
タイトル: Structure of Triclinic Ternary Complex of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase at 2.9 Angstroms Resolution
著者: Eklund, H. / Samama, J.-P. / Wallen, L. / Branden, C.-I. / Akeson, A. / Jones, T.A.
#11: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1979
タイトル: Structural Differences between Apo-and Holoenzyme of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase
著者: Eklund, H. / Branden, C.-I.
#12: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1979
タイトル: X-Ray Studies of the Binding of Cibacron Blue F3Ga to Liver Alcohol Dehydrogenase
著者: Biellmann, J.-F. / Samama, J.-P. / Branden, C.I. / Eklund, H.
#13: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1978
タイトル: Crystallography of Liver Alcohol Dehydrogenase Complexed with Substrates
著者: Plapp, B.V. / Eklund, H. / Branden, C.-I.
#14: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1978
タイトル: Crystallization of Liver Alcohol Dehydrogenase Activated by the Modification of Amino Groups
著者: Plapp, B.V. / Zeppezauer, E. / Branden, C.-I.
#15: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1978
タイトル: Subunit Conformation of Yeast Alcohol Dehydrogenase
著者: Jornvall, H. / Eklund, H. / Branden, C.-I.
#16: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1977
タイトル: The Crystal Structure of Complexes between Horse Liver Alcohol Dehydrogenase and the Coenzyme Analogues 3-Iodopyridine-Adenine Dinucleotide and Pyridine-Adenine Dinucleotide
著者: Samama, J.-P. / Zeppezauer, E. / Biellmann, J.-F. / Branden, C.-I.
#17: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1977
タイトル: X-Ray Investigation of the Binding of 1,10-Phenanthroline and Imidazole to Horse-Liver Alcohol Dehydrogenase
著者: Boiwe, T. / Branden, C.-I.
#18: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1976
タイトル: Three-Dimensional Structure of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase at 2.4 Angstroms Resolution
著者: Eklund, H. / Nordstrom, B. / Zeppezauer, E. / Soderlund, G. / Ohlsson, I. / Boiwe, T. / Soderberg, B.-O. / Tapia, O. / Branden, C.-I. / Akeson, A.
#19: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1976
タイトル: Structural Comparisons of Mammalian, Yeast and Bacillar Alcohol Dehydrogenases
著者: Eklund, H. / Branden, C.-I. / Jornvall, H.
#20: ジャーナル: STRUCTURE AND CONFORMATION OF NUCLEIC ACIDS AND PROTEIN-NUCLEIC ACID INTERACTIONS : PROCEEDINGS OF THE FOURTH ANNUAL HARRY STEENBOCK SYMPOSIUM, JUNE 16-19, 1974, MADISON, WISCONSIN
年: 1975
タイトル: The Binding of Nucleotides to Horse Liver Alcohol Dehydrogenase
著者: Nordstrom, B. / Branden, C.-I.
#21: ジャーナル: The Enzymes,Third Edition / 年: 1975
タイトル: Alcohol Dehydrogenases
著者: Branden, C.-I. / Jornvall, H. / Eklund, H. / Furugren, B.
#22: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1975
タイトル: The Conformation of Adenosine Diphosphoribose and 8-Bromoadenosine Diphosphoribose When Bound to Liver Alcohol Dehydrogenase
著者: Abdallah, M.A. / Biellmann, J.-F. / Nordstrom, B. / Branden, C.-I.
#23: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1974
タイトル: The Structure of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase
著者: Eklund, H. / Nordstrom, B. / Zeppezauer, E. / Soderlund, G. / Ohlsson, I. / Boiwe, T. / Branden, C.-I.
#24: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1974
タイトル: Structural and Functional Similarities within the Coenzyme Binding Domains of Dehydrogenases
著者: Ohlsson, I. / Nordstrom, B. / Branden, C.-I.
#25: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1974
タイトル: Binding of Salicylate in the Adenosine-Binding Pocket of Dehydrogenases
著者: Einarsson, R. / Eklund, H. / Zeppezauer, E. / Boiwe, T. / Branden, C.-I.
#26: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1973
タイトル: Structure of Liver Alcohol Dehydrogenase at 2.9-Angstroms Resolution
著者: Branden, C.-I. / Eklund, H. / Nordstrom, B. / Boiwe, T. / Soderlund, G. / Zeppezauer, E. / Ohlsson, I. / Akeson, A.
#27: ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 1965
タイトル: Structure of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase. I. Structural Symmetry and Conformational Changes
著者: Branden, C.-I.
#28: ジャーナル: Atlas of Protein Sequence and Structure (Data Section)
年: 1972
履歴
登録1993年8月24日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Advisory / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月21日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX GLY 181 - VAL 189 IS A PI-HELIX (CLASS 3, 1.5 TURNS) AT HELIX IDENTIFICATION HAA AND HAB.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALCOHOL DEHYDROGENASE
B: ALCOHOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,45110
ポリマ－79,7072
非ポリマー1,7458
水8,269459
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6770 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area26650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.760, 44.540, 94.610
Angle α, β, γ (deg.)104.80, 102.30, 70.60
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Atom site foot note1: RESIDUES PRO A 62 AND PRO B 62 ARE CIS PROLINES.
2: THE FOLLOWING RESIDUES WERE DISCRETELY DISORDERED: CYS A 281, CYS A 282, AND CYS B 282
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.12925, 0.98584, -0.10681), (0.98615, -0.13908, -0.09037), (-0.10394, -0.09366, -0.99016)
ベクター: 0.399, -0.2149, 0.4423)

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要素

#1: タンパク質 ALCOHOL DEHYDROGENASE


分子量: 39853.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P00327, alcohol dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 459 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.19 %
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
11 %enzyme11
20.05 MTES12
3NADH115mg
4DMSO110.5ml
5NADH125mg
6DMSO120.5ml

-
データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. obs: 62440 / % possible obs: 88.5 % / Rmerge(I) obs: 0.08

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.8→10 Å / Rfactor Rwork: 0.173 / Rfactor obs: 0.173 / σ(F): 0
詳細: THE FOLLOWING RESIDUES WERE DISCRETELY DISORDERED: CYS A 281, CYS A 282, AND CYS B 282
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5570 0 100 459 6129
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.91
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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