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- PDB-2ogx: The crystal structure of the molybdenum storage protein from Azot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ogx
タイトルThe crystal structure of the molybdenum storage protein from Azotobacter vinelandii loaded with polyoxotungstates (WSto)
要素(Molybdenum storage protein subunit ...) x 2
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / open alpha/beta structure
機能・相同性
機能・相同性情報


nutrient reservoir activity / molybdenum ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Molybdenum storage protein subunit alpha/beta / Carbamate kinase / Acetylglutamate kinase-like / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Acetylglutamate kinase-like superfamily / Amino acid kinase family / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / : / TRI-TUNGSTEN(VI) OXIDE COMPLEX / Molybdenum storage protein subunit beta / Molybdenum storage protein subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Schemberg, J. / Warkentin, E. / Ermler, U.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2007
タイトル: Towards Biological Supramolecular Chemistry: A Variety of Pocket-Templated, Individual Metal Oxide Cluster Nucleations in the Cavity of a Mo/W-Storage Protein.
著者: Schemberg, J. / Schneider, K. / Demmer, U. / Warkentin, E. / Muller, A. / Ermler, U.
履歴
登録2007年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Molybdenum storage protein subunit alpha
B: Molybdenum storage protein subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,98130
ポリマ－58,2712
非ポリマー5,70928
水7,044391
1
A: Molybdenum storage protein subunit alpha
B: Molybdenum storage protein subunit beta
ヘテロ分子

A: Molybdenum storage protein subunit alpha
B: Molybdenum storage protein subunit beta
ヘテロ分子

A: Molybdenum storage protein subunit alpha
B: Molybdenum storage protein subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,94290
ポリマ－174,8146
非ポリマー17,12884
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area39880 Å2
ΔGint-674 kcal/mol
Surface area45370 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)114.400, 114.400, 233.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2008-

WO3

21B-2011-

W

詳細The biological assembly is a heterohexamer, (AB)3, generated from the heterodimer AB by the three fold axis: -y+1, x-y, z, and y-x+1, -x+1, z, respectively.

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要素

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Molybdenum storage protein subunit ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Molybdenum storage protein subunit alpha / Mo storage protein alpha subunit / MoSto subunit alpha


分子量: 29564.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 株: DSMZ 366 / 参照: UniProt: P84308
#2: タンパク質 Molybdenum storage protein subunit beta / Mo storage protein subunit beta / MoSto subunit beta


分子量: 28707.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 株: DSMZ 366 / 参照: UniProt: P84253

-
非ポリマー , 6種, 419分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-WO3 / TRI-TUNGSTEN(VI) OXIDE COMPLEX


分子量: 759.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O13W3
#5: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物...
ChemComp-W / TUNGSTEN ION


分子量: 183.840 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: W
#7: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 391 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.49 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.05M MOPS, 0.05M sodium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSLS X10SA10.9787
シンクロトロンSLS X10SA20.98
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2005年4月24日mirrors
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2005年4月24日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97871
20.981
反射解像度: 1.6→10 Å / Num. all: 107052 / Num. obs: 107052 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rsym value: 6.5 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 0→0 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 5.15 / % possible all: 82.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 1.905 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19645 5682 5 %RANDOM
Rwork0.17295 ---
all0.17414 107052 --
obs0.17414 107052 95.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.78 Å20.39 Å20 Å2
2--0.78 Å20 Å2
3----1.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3812 0 70 391 4273
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0224010
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.911.9955466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9865512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.74922.688160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.52315650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7431538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2642
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022997
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.22107
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3230.22816
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2415
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.370.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2320.2138
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1410.229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2921.52606
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.02824122
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.06331518
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6994.51343
LS精密化 シェル解像度: 1.603→1.644 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 334 -
Rwork0.259 6058 -
obs--76.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3605-0.2012-0.06030.83440.02240.8431-0.0127-0.0063-0.0567-0.0010.0050.12480.0803-0.15110.0077-0.0395-0.01710.00280.00350.001-0.016433.9923.16343.207
20.4214-0.1259-0.1740.48070.39870.8343-0.02620.0519-0.0794-0.0408-0.02270.05880.0731-0.04030.04890.0302-0.0097-0.0049-0.0415-0.0434-0.026747.6479.29113.31
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA31 - 8031 - 80
2X-RAY DIFFRACTION1AA131 - 276131 - 276
3X-RAY DIFFRACTION2BB32 - 8032 - 80
4X-RAY DIFFRACTION2BB131 - 270131 - 270

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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