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- PDB-2oed: GB3 solution structure obtained by refinement of X-ray structure ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oed
タイトルGB3 solution structure obtained by refinement of X-ray structure with dipolar couplings
要素Immunoglobulin G-binding protein G
キーワードIMMUNE SYSTEM / residual dipolar couplings
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
IgG-binding B / B domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. ...IgG-binding B / B domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin G-binding protein G / Protein G'
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus sp. 'group G' (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Ulmer, T.S. / Ramirez, B.E. / Delaglio, F. / Bax, A. / Grishaev, A.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2003
タイトル: Evaluation of backbone proton positions and dynamics in a small protein by liquid crystal NMR spectroscopy
著者: Ulmer, T.S. / Ramirez, B.E. / Delaglio, F. / Bax, A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: The third IGG-binding domain from Streptococcal protein G. An analysis by X-ray crystallography of the structure alone and in a complex with FAB
著者: Derrick, J.P. / Wiggley, D.B.
履歴
登録2006年12月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin G-binding protein G


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2151
ポリマ－6,2151
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 1all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1best agreement with dipolar restraints

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要素

#1: 抗体 Immunoglobulin G-binding protein G / IgG-binding protein G


分子量: 6214.848 Da / 分子数: 1 / 断片: THIRD IGG-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus sp. 'group G' (バクテリア)
遺伝子: spg / プラスミド: PET-11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174 / 参照: UniProt: P19909, UniProt: Q54181*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D IPAP [15N,1H]-HSQC
1213D CT(H)CA(CO)NH
13113C-COUPLED 3D HNCO
141QUANTITATIVE J-CORRELATION 3D TROSY-HNCO

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試料調製

詳細内容: 25 MM NAH2PO4/NA2HPO4, 0.2 MG/ML NAN3, 1.5 MM GB3 PROTEIN AND ALIGNING MEDIA, 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 0.05 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX6001
Bruker DRXBrukerDRX8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DYNAMO2.1Delaglio精密化
DYNAMO2.1Delaglio構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: GB3 solution structure is obtained by refinement of the x-ray structure of gb3 (1igd) with c(alpha)-c', c'-n, c(alpha)-h(alpha) and N-H dipolar couplings measured in five aligning media ...詳細: GB3 solution structure is obtained by refinement of the x-ray structure of gb3 (1igd) with c(alpha)-c', c'-n, c(alpha)-h(alpha) and N-H dipolar couplings measured in five aligning media (bicelle, peg, pf1 phage, negatively and positively charged polyacrylamide gels). Dipolar couplings originating on residues 10-11, 24-26, 39-41 and the n- and c-terminal residues were excluded, resulting in near-identity with the x-ray structure for these residues. This deposition corresponds to the refined-II structure of the primary citation that was refined against all 4 types of dipolar couplings in 5 media. The related depositions 1P7E and 1P7F correspond to the refined-III and refined-IV structures, respectively. The deposited structure was calculated with DYNAMO 2.1 following a short low-temperature molecular dynamics simulated annealing run starting from the regularized coordinates of the X-ray structure 1IGD using atomic coordinate restraints to the overlapping 3-residue segments of 1IGD. The force constants for the HN-N-C-Ca impropers were softened 10-fold relative to their standard settings. See the primary citation and the corresponding supporting information file for a detailed description of the refinement procedure. The deposited restraints file includes, in addition to the dipolar couplings and backbone H-bond distance restraints (XPLOR/CNS format), an Xplor-NIH script designed to mimic the deposited structure, and the force field parameter files. A set of overlapping 3-residue NCS restraint terms is used in this script in place of the Dynamo atomic coordinate restraints.
代表構造選択基準: best agreement with dipolar restraints
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 1 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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