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- PDB-2oaf: Crystal structure of thioesterase superfamily (YP_508616.1) from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oaf
タイトルCrystal structure of thioesterase superfamily (YP_508616.1) from Jannaschia sp. CCS1 at 2.00 A resolution
要素Thioesterase superfamily
キーワードHYDROLASE / YP_508616.1 / thioesterase superfamily / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


Thioesterase-like superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / TRIETHYLENE GLYCOL / PHOSPHATE ION / Thioesterase superfamily
類似検索 - 構成要素
生物種Jannaschia sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of thioesterase superfamily (YP_508616.1) from Jannaschia sp. CCS1 at 2.00 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2006年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE ...SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (-7), FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. CLONING WAS BASED ON A DRAFT ANNOTATION OF THE JANNASCHIA SP CCS1 GENOME AND THE EXPRESSED CONSTRUCT CONTAINS 7 RESIDUES (-6)MQGAGRL(0) AT THE N-TERMINUS NOT PRESENT IN THE CURRENT PREDICTED GENE PRODUCT.
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING INDICATES THAT THE TETRAMER IS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioesterase superfamily
B: Thioesterase superfamily
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,27911
ポリマ－34,1242
非ポリマー1,1559
水3,747208
1
A: Thioesterase superfamily
B: Thioesterase superfamily
ヘテロ分子

A: Thioesterase superfamily
B: Thioesterase superfamily
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,55822
ポリマ－68,2484
非ポリマー2,31018
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/61
Buried area14150 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area21430 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)68.412, 68.412, 260.002
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 3 - 143 / Label seq-ID: 11 - 151

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Thioesterase superfamily


分子量: 17061.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Jannaschia sp. (バクテリア) / 株: CCS1 / 遺伝子: YP_508616.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q28UM1

-
非ポリマー , 5種, 217分子

#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.17 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 4.2
詳細: 40.0% PEG-300, 0.1M Phosphate Citrate pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837, 0.97932
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月5日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979321
反射解像度: 2→29.617 Å / Num. obs: 25559 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 27.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rsym value: 0.142 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.011 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2-2.0510.52.21931618351.121100
2.05-2.1110.50.71874417781.052100
2.11-2.1710.511832317480.761100
2.17-2.2410.51.21784416940.626100
2.24-2.3110.41.51712616400.531100
2.31-2.3910.51.61668515920.469100
2.39-2.4810.41.81624415570.424100
2.48-2.5810.52.21559614900.348100
2.58-2.710.42.91497314390.27100
2.7-2.8310.43.41446313910.22100
2.83-2.9810.44.81360413100.157100
2.98-3.1610.35.81277712430.128100
3.16-3.3810.26.91213711860.105100
3.38-3.6510.27.81124211020.085100
3.65-410.19.81051210430.066100
4-4.47101294139430.054100
4.47-5.169.89.783618540.061100
5.16-6.329.610.270307360.059100
6.32-8.94914.554206020.042100
8.94-29.627.813.829243760.04297.4

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
SHELX位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT2データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→29.617 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 6.835 / SU ML: 0.094 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.129
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. CHLORIDE, PEG, CITRATE AND PHOSPHATE ARE MODELED BASED ON THE CRYSTALLIZATION CONDITIONS. 5. THERE ARE SOME DISORDERED DENSITIES BETWEEN RESIDUE 17 AND RESIDUE 52 FROM SYMMETRICAL RELATED DIMER (DIMER/DIMER INTERFACE). PARTS OF DENSITY ARE INTERPRETED AS PHOSPHATE AND WATER MOLECULES.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.193 1297 5.1 %RANDOM
Rwork0.167 ---
obs0.168 25455 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.134 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.05 Å20.52 Å20 Å2
2--1.05 Å20 Å2
3----1.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.617 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2284 0 72 208 2564
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222483
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021678
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5281.953403
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95734069
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1985301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.47822.589112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.29715350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.4861516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2355
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022745
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02529
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.2483
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2060.21710
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.21179
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.21240
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.2151
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2690.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2260.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.85231510
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3993574
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.74552399
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.98981129
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.21211996
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
807TIGHT POSITIONAL0.070.05
1017LOOSE POSITIONAL0.385
807TIGHT THERMAL0.210.5
1017LOOSE THERMAL2.0710
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 90 -
Rwork0.232 1734 -
obs-1824 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4158-0.0936-0.50450.53680.02341.91430.08910.0244-0.00670.06420.0953-0.0816-0.13090.1383-0.1843-0.0760.0030.0109-0.0126-0.0457-0.020413.97338.0610.882
20.9083-0.02920.12161.02230.0111.43650.04110.0462-0.18880.18490.0268-0.02940.13510.0243-0.0679-0.02870.0159-0.0262-0.0713-0.0128-0.0132-1.2222.90819.092
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA1 - 1439 - 151
22BB0 - 1438 - 151

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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