PDB-5t06: Crystal structure of a putative acyl-CoA thioesterase EC709/ECK07...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5t06

タイトル

Crystal structure of a putative acyl-CoA thioesterase EC709/ECK0725 from Escherichia coli in complex with Hexanoyl-CoA

要素

Acyl-CoA thioester hydrolase YbgC

キーワード

HYDROLASE / alpha/beta fold / hotdog fold / acyl-CoA / thioesterae / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

thiolester hydrolase activity / fatty acyl-CoA hydrolase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / lipid metabolic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.898 Å

データ登録者

Watanabe, N. / Stogios, P.J. / Skarina, T. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a putative acyl-CoA thioesterase EC709/ECK0725 from Escherichia coli in complex with Hexanoyl-CoA
著者: Watanabe, N. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2016年8月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月28日	Group: Database references
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_keywords Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_keywords.text

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5t06.cif.gz	250.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5t06.ent.gz	199 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5t06.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5t06_validation.pdf.gz	730.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5t06_full_validation.pdf.gz	740.5 KB	表示
XML形式データ	5t06_validation.xml.gz	27.9 KB	表示
CIF形式データ	5t06_validation.cif.gz	40 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/5t06 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/5t06	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1s5uS 5kl9 5t07 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5kl9-d 4e16-1 2egj-1 1s5u-1 4jwu-2 4jws-2 2oaf-1 2xem-d 1s5u-2 2xfl-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP95663

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Acyl-CoA thioester hydrolase YbgC

B: Acyl-CoA thioester hydrolase YbgC

C: Acyl-CoA thioester hydrolase YbgC

D: Acyl-CoA thioester hydrolase YbgC

ヘテロ分子

63.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.747, 96.772, 97.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Acyl-CoA thioester hydrolase YbgC / Acyl-CoA thioesterase 分子量: 15505.920 Da / 分子数: 4 / 変異: D18A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: ybgC, Z0904, ECs0771 / プラスミド: pMCSG68SBPTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P0A8Z5, UniProt: P0A8Z3*PLUS, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-HXC / HEXANOYL-COENZYME A 分子量: 865.677 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₄₆N₇O₁₇P₃S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 520 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.32 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% PEG3350, 0.2M Ammonium Citrate, 10mM HexanoilcoA

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.898→28.782 Å / Num. obs: 48124 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 25.51 Å² / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/av σ(I): 28.303 / Net I/σ(I): 8.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
1.9-1.93	6.2	0.615	0.846	1	98.8
1.93-1.97	6.3	0.497	0.911	1	98.6
1.97-2.01	6.2	0.42	0.931	1	98.8
2.01-2.05	6.3	0.343	0.943	1	98.9
2.05-2.09	6.3	0.302	0.954	1	99
2.09-2.14	6.3	0.256	0.969	1	99.1
2.14-2.19	6.3	0.22	0.978	1	99.2
2.19-2.25	6.3	0.187	0.984	1	99.3
2.25-2.32	6.3	0.166	0.986	1	99.2
2.32-2.39	6.2	0.148	0.989	1	99.2
2.39-2.48	6.2	0.13	0.99	1	99.6
2.48-2.58	6.2	0.116	0.991	1	99.3
2.58-2.7	6.2	0.097	0.993	1	99.8
2.7-2.84	6.2	0.09	0.994	1	99.5
2.84-3.02	6.2	0.077	0.995	1	99.7
3.02-3.25	6.2	0.065	0.995	1	99.8
3.25-3.57	6.1	0.054	0.997	1	99.8
3.57-4.09	6.1	0.049	0.997	1	99.8
4.09-5.15	5.9	0.045	0.997	1	99.9
5.15-30	5.6	0.056	0.996	1	99.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1S5U

1s5u

解像度: 1.898→28.782 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.49

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2126	2342	4.87 %
R_work	0.172	-	-
obs	0.174	48066	99.31 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 152.39 Å² / B_iso mean: 36.2283 Å² / B_iso min: 11.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.898→28.782 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4183	0	79	520	4782
B_iso mean	-	-	52.06	44.31	-
残基数	-	-	-	-	515

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4359
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.104	5908
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.117	673
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	741
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.216	1657

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8985-1.9372	0.2244	129	0.206	2626	2755	98
1.9372-1.9793	0.2612	156	0.1993	2592	2748	99
1.9793-2.0254	0.2661	145	0.1878	2628	2773	99
2.0254-2.076	0.2488	115	0.1864	2680	2795	99
2.076-2.1321	0.2221	138	0.1821	2658	2796	99
2.1321-2.1948	0.2323	130	0.1826	2669	2799	99
2.1948-2.2657	0.231	142	0.1739	2652	2794	99
2.2657-2.3466	0.207	146	0.1753	2629	2775	99
2.3466-2.4405	0.2513	139	0.1818	2691	2830	99
2.4405-2.5515	0.2374	136	0.1817	2682	2818	100
2.5515-2.6859	0.22	144	0.1728	2679	2823	100
2.6859-2.8541	0.2338	120	0.1801	2718	2838	100
2.8541-3.0742	0.2519	109	0.1782	2729	2838	100
3.0742-3.3831	0.2058	139	0.1771	2716	2855	100
3.3831-3.8717	0.1713	146	0.1525	2735	2881	100
3.8717-4.8741	0.1866	146	0.1332	2781	2927	100
4.8741-28.7855	0.2096	162	0.198	2859	3021	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -11.8377 Å / Origin y: -3.1745 Å / Origin z: -2.5727 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1383 Å²	-0.0056 Å²	-0.0178 Å²	-	0.1403 Å²	-0.0205 Å²	-	-	0.1431 Å²
L	1.0516 °²	-0.2298 °²	-0.1064 °²	-	0.6475 °²	-0.255 °²	-	-	1.131 °²
S	0.0029 Å °	-0.024 Å °	0.099 Å °	-0.0102 Å °	-0.0092 Å °	-0.0654 Å °	-0.0384 Å °	0.1083 Å °	0.0136 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	4 - 134
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	4 - 135
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	3 - 135
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	4 - 132
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 561

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