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万見
- PDB-2o71: Crystal structure of RAIDD DD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o71
タイトルCrystal structure of RAIDD DD
要素Death domain-containing protein CRADD
キーワードAPOPTOSIS / RAIDD / Death Domain
機能・相同性
機能・相同性情報


death domain binding / endopeptidase complex / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / positive regulation of apoptotic signaling pathway / apoptotic signaling pathway / cellular response to mechanical stimulus / protein-macromolecule adaptor activity / protease binding ...death domain binding / endopeptidase complex / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / positive regulation of apoptotic signaling pathway / apoptotic signaling pathway / cellular response to mechanical stimulus / protein-macromolecule adaptor activity / protease binding / positive regulation of apoptotic process / DNA damage response / nucleolus / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
CRADD, Death domain / Death domain-containing protein CRADD / RAIDD, CARD domain / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / Caspase recruitment domain / Death domain profile. / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain ...CRADD, Death domain / Death domain-containing protein CRADD / RAIDD, CARD domain / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / Caspase recruitment domain / Death domain profile. / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Death-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Death domain-containing protein CRADD
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wu, H. / Park, H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of RAIDD Death Domain Implicates Potential Mechanism of PIDDosome Assembly
著者: Park, H.H. / Wu, H.
履歴
登録2006年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Death domain-containing protein CRADD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2251
ポリマ－13,2251
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.058, 56.058, 64.915
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Death domain-containing protein CRADD / Caspase and RIP adapter with death domain / RIP-associated protein with a death domain


分子量: 13224.930 Da / 分子数: 1 / 断片: Death Domain, residues 95-199 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRADD, RAIDD / プラスミド: pET 26b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P78560

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.27 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1 ml of protein solution (4-6 mg/ml in 20 mM Tris at pH 8.0, 150 mM NaCl, mixed with 1 ml of a reservoir solution 2M Na/K phosphate at pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97933 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 8331 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 11.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.062

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→30 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rfree0.241 -
Rwork0.231 -
obs-8331
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数704 0 0 0 704

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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