PDB-2o2v: Crystal Structure of the Complex of Human Mitogen Activated Prote...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2o2v

タイトル

Crystal Structure of the Complex of Human Mitogen Activated Protein Kinase Kinase 5 Phox Domain (MAP2K5-phox) with Human Mitogen Activated Protein Kinase Kinase Kinase 3 (MAP3K3B-phox)

要素

Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 5
Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 3

キーワード

TRANSFERASE / mitogen activated protein kinase kinase 5 / MAP2K5 / MEK5 / MKK5 / PRKMK5 / MAP kinase 5 / phox / phox-domain / mitogen activated protein kinase kinase kinase 3 / MEKK3 / MAPKKK3 / MAP/ERK kinase kinase 3 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

ERK5 cascade / negative regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / Signalling to ERK5 / negative regulation of response to cytokine stimulus / positive regulation of cell proliferation in bone marrow / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / negative regulation of interleukin-8 production / mitogen-activated protein kinase kinase / cellular response to laminar fluid shear stress ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Filippakopoulos, P. / Savitsky, P. / Ugochukwu, E. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Sundstrom, M. / von Delft, F. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Complex of Human Mitogen Activated Protein Kinase Kinase 5 Phox Domain (MAP2K5-phox) with Human Mitogen Activated Protein Kinase Kinase Kinase 3 (MAP3K3B-phox)
著者: Filippakopoulos, P. / Savitsky, P. / Ugochukwu, E. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Sundstrom, M. / von Delft, F. / Knapp, S.

履歴

登録	2006年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年12月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2o2v.cif.gz	53.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2o2v.ent.gz	37.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2o2v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2o2v_validation.pdf.gz	431 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2o2v_full_validation.pdf.gz	432.5 KB	表示
XML形式データ	2o2v_validation.xml.gz	10 KB	表示
CIF形式データ	2o2v_validation.cif.gz	13.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/2o2v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/2o2v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1wi0S 2c60S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5k89-1 6l5k-d 6wn7-3 5qna-1 4mjs-12 5cd7-1 1j55-1 4hsz-2 4mjs-6 2oq0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (2) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (2) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 5

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 3

22.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.654, 87.654, 55.408
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 5 / MAP kinase kinase 5 / MAPKK 5 / MAPK/ERK kinase 5 分子量: 11941.498 Da / 分子数: 1 / 断片: MAP2K5-phox / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP2K5, MEK5, MKK5, PRKMK5 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 参照: UniProt: Q13163, mitogen-activated protein kinase kinase
#2: タンパク質	Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 3 / MAPK/ERK kinase kinase 3 / MEK kinase 3 / MEKK 3 分子量: 10484.896 Da / 分子数: 1 / 断片: MAP3K3B-phox / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K3, MAPKKK3, MEKK3 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 参照: UniProt: Q99759, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.14 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.02M CaCl2, 0.1M Na(CH3COO), 30% MPD, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年11月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 6.1 % / Av σ(I) over netI: 12.1 / 数: 118834 / R_merge(I) obs: 0.075 / Χ²: 1.03 / D res high: 1.83 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 19523 / % possible obs: 99.3

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
3.94	50	98.5	1	0.053	1.004	6
3.13	3.94	99.5	1	0.058	1	6.4
2.73	3.13	99.4	1	0.077	1.031	6.5
2.48	2.73	99.7	1	0.105	1.052	6.4
2.31	2.48	99.9	1	0.128	1.074	6.5
2.17	2.31	99.8	1	0.17	1.08	6.5
2.06	2.17	99.8	1	0.215	1.073	6.4
1.97	2.06	99.8	1	0.321	1.062	6.4
1.9	1.97	99.8	1	0.431	0.936	6
1.83	1.9	96.5	1	0.578	0.869	3.7

反射

解像度: 1.83→50 Å / Num. all: 19661 / Num. obs: 19523 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.075 / R_sym value: 0.075 / Χ²: 1.027 / Net I/σ(I): 12.1

反射シェル

解像度: 1.83→1.9 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.578 / Num. unique all: 1836 / R_sym value: 0.578 / Χ²: 0.869 / % possible all: 96.5

-
位相決定

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.5 Å	46.84 Å
Translation	3.5 Å	46.84 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
CrystalClear	(MSC/RIGAKU)	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entries 2C60, 1WI0

2c60

1wi0

解像度: 1.83→46.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 5.099 / SU ML: 0.082 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.224	997	5.1 %	RANDOM
R_work	0.194	-	-	-
all	0.196	-	-	-
obs	0.196	19483	99.31 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.491 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.83→46.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1371	0	0	141	1512

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	1402
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	934
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.577	1.968	1903
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.005	3	2288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.802	5	175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.369	24.308	65
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.093	15	245
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.166	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	225
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1543
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	274
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	211
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.199	0.2	945
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	654
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	760
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.122	0.2	86
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.227	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.231	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.155	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.005	1.5	898
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.259	1.5	347
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.566	2	1419
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.524	3	562
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.552	4.5	482

LS精密化シェル

解像度: 1.83→1.876 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.422	67	-
R_work	0.328	1278	-
obs	-	1345	95.66 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4679	0.7376	-1.059	5.4799	-0.5813	2.3429	0.0697	-0.2181	0.0824	0.3407	-0.0696	-0.0507	-0.4286	-0.0464	-0.0001	0.1411	0.021	0.0119	0.0126	-0.0053	0.039	16.228	34.987	9.439
2	3.5321	-2.2183	1.4394	3.745	-1.2593	3.3749	-0.1897	0.0414	-0.0672	0.0761	0.0906	0.3126	-0.2834	-0.3642	0.0992	0.0909	0.014	0.0082	0.0418	-0.0107	0.0603	10.908	29.255	4.963
3	1.1359	0.5396	-0.0619	1.7997	0.2743	2.4198	-0.0007	-0.0182	0.0707	0.2096	-0.0233	0.1202	-0.0402	-0.0018	0.024	0.1025	0.0054	0.0224	0.0219	-0.0011	0.0385	19.244	21.315	12.421
4	20.1207	11.8219	3.5702	12.609	0.0038	10.7534	-0.1861	0.1802	-0.3403	-0.3071	0.3456	-0.9372	-0.0534	0.651	-0.1595	-0.0161	0.0109	0.0351	-0.0258	-0.0608	0.0268	31.642	28.955	14.45
5	8.5487	-2.8748	4.4875	2.8751	1.3342	8.624	-0.2856	0.5362	0.3241	-0.108	0.2285	-0.2302	-0.1759	0.8156	0.0571	0.0931	0.0067	0.052	0.0745	0.0272	0.0425	23.923	29.205	6.283
6	5.6838	-1.3648	-2.5442	7.4825	-2.7483	14.6558	0.0284	-0.5045	0.2142	0.4378	0.0466	-0.2102	-0.192	0.6789	-0.075	0.0957	0.0335	0.0218	0.0616	0.0068	0.0471	24.893	14.861	18.63
7	2.8653	0.7344	2.605	4.4066	0.0139	8.6285	-0.0355	-0.1598	-0.0849	-0.0045	0.1611	0.2388	0.0552	-0.0663	-0.1256	0.0637	0.0279	0.045	0.0386	0.001	0.0371	18.214	12.908	15.118
8	15.1748	-0.8107	-0.6827	4.9564	-4.7037	9.5783	-0.294	-0.4036	-0.4302	0.1217	0.2464	0.1797	0.5168	-0.0717	0.0476	0.1378	0.0325	0.0539	-0.0012	0.0278	0.002	16.446	6.846	25.448
9	1.4169	-1.4564	-1.0238	3.7314	0.9221	3.289	-0.1368	-0.0764	-0.2017	0.1731	0.0816	0.1142	0.2553	-0.0413	0.0552	0.0699	-0.0226	0.0294	-0.0374	0.0398	0.0424	19.218	3.055	16.593
10	4.6746	-0.8297	1.2977	4.1047	-0.0768	5.4669	-0.0728	-0.0292	-0.0406	0.0573	0.0028	-0.3854	0.1715	0.6024	0.07	0.1028	0.0551	0.0443	0.0692	0.0174	0.0724	27.861	7.502	15.679

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	16 - 45	14 - 43
2	2	A	A	46 - 61	44 - 59
3	3	A	A	62 - 81	60 - 79
4	4	A	A	82 - 92	80 - 90
5	5	A	A	93 - 106	91 - 104
6	6	B	B	42 - 48	8 - 14
7	7	B	B	49 - 63	15 - 29
8	8	B	B	64 - 71	30 - 37
9	9	B	B	72 - 101	38 - 67
10	10	B	B	102 - 123	68 - 89

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