+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6l5k | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | ARF5 Aux/IAA17 Complex | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / auxin / auxin response factor / AUX/IAA / Complex | ||||||
Function / homology | ![]() meristem development / longitudinal axis specification / positive regulation of leaf senescence / xylem and phloem pattern formation / leaf vascular tissue pattern formation / root development / flower development / response to auxin / auxin-activated signaling pathway / embryo development ending in seed dormancy ...meristem development / longitudinal axis specification / positive regulation of leaf senescence / xylem and phloem pattern formation / leaf vascular tissue pattern formation / root development / flower development / response to auxin / auxin-activated signaling pathway / embryo development ending in seed dormancy / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ryu, K.S. / Suh, J.Y. / Cha, S.Y. / Kim, Y.I. / Park, C.K. | ||||||
![]() | ![]() Title: Determinants of PB1 Domain Interactions in Auxin Response Factor ARF5 and Repressor IAA17. Authors: Kim, Y. / Park, C. / Cha, S. / Han, M. / Ryu, K.S. / Suh, J.Y. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 103 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 66.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 439 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 441.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 8.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 11.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 10971.138 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: A788G,K797D,C825S,C866S,C869S,D183N,D187N,C203A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: Protein | Mass: 12769.635 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.9 Å3/Da / Density % sol: 68.46 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: liquid diffusion / pH: 8.5 / Details: Ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 15, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9796 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→50 Å / Num. obs: 8612 / % possible obs: 97.99 % / Redundancy: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 66.36 Å2 / CC1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 43.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→3.01 Å / Redundancy: 4 % / Num. unique obs: 8594 / CC1/2: 0.438 |
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4chk,2muk Resolution: 2.91→35.73 Å / SU ML: 0.5638 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.53 / Phase error: 31.2326 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 81.02 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.91→35.73 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|