PDB-3m0w: Structure of S100A4 with PCP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3m0w

タイトル

Structure of S100A4 with PCP

要素

Protein S100-A4

キーワード

Calcium Binding Protein / MTS1 / S100 CALCIUM-BINDING PROTEIN A4 / S100A4 / METASTASIN

機能・相同性

機能・相同性情報

RAGE receptor binding / chemoattractant activity / transition metal ion binding / epithelial to mesenchymal transition / calcium-dependent protein binding / actin binding / : / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Ramagopal, U.A. / Dulyaninova, N.G. / Almo, S.C. / Bresnick, A.R.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Structure of S100A4 with PCP
著者: Ramagopal, U.A. / Dulyaninova, N.G. / Almo, S.C. / Bresnick, A.R.

履歴

登録	2010年3月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3m0w.cif.gz	199.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3m0w.ent.gz	158.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3m0w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/3m0w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/3m0w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2q91S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6bzd-d 1oge-1 1ogf-1 1pdj-d 3igq-2 6tjm-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein S100-A4

B: Protein S100-A4

C: Protein S100-A4

D: Protein S100-A4

E: Protein S100-A4

F: Protein S100-A4

G: Protein S100-A4

H: Protein S100-A4

I: Protein S100-A4

J: Protein S100-A4

ヘテロ分子

122 kDa, 10 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Protein S100-A4

B: Protein S100-A4

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
24.6 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Protein S100-A4

D: Protein S100-A4

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
24.1 kDa, 2 ポリマー
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4

E: Protein S100-A4

F: Protein S100-A4

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
24.1 kDa, 2 ポリマー
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5

G: Protein S100-A4

H: Protein S100-A4

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
24.1 kDa, 2 ポリマー
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6

I: Protein S100-A4

J: Protein S100-A4

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
24.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	54.577, 102.275, 117.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.600, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H
9	1	I
10	1	J

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: CYS / Beg label comp-ID: CYS / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 3 - 90 / Label seq-ID: 2 - 89

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F
7	G	G
8	H	H
9	I	I
10	J	J

#1: タンパク質	Protein S100-A4 / S100 calcium-binding protein A4 / Metastasin / Protein Mts1 / Placental calcium-binding protein / Calvasculin 分子量: 11614.342 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAPL, MTS1, S100A4 / プラスミド: PET23A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL(DE3) / 参照: UniProt: P26447
#2: 化合物	ChemComp-P77 / 2-chloro-10-[3-(4-methylpiperazin-1-yl)propyl]-10H-phenothiazine / プロクロルペラジン分子量: 373.943 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₄ClN₃S / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン分子量: 88.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₈O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.34 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1M Tris pH 7.5, 20% PEG MME 5K, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.8→25 Å / Num. obs: 31659 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.065 / Χ²: 1.046 / Net I/σ(I): 11.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.8-2.85	3.3	0.54	1582	1.15	1	100
2.85-2.9	3.3	0.46	1590	1.212	1	100
2.9-2.96	3.3	0.403	1553	1.164	1	100
2.96-3.02	3.3	0.353	1623	1.187	1	100
3.02-3.08	3.3	0.303	1555	1.121	1	100
3.08-3.15	3.3	0.258	1582	1.18	1	99.9
3.15-3.23	3.3	0.209	1580	1.162	1	100
3.23-3.32	3.3	0.176	1577	1.201	1	100
3.32-3.42	3.3	0.132	1604	1.087	1	100
3.42-3.53	3.2	0.108	1572	1.286	1	99.9
3.53-3.65	3.3	0.083	1601	1.026	1	100
3.65-3.8	3.2	0.07	1552	1.099	1	100
3.8-3.97	3.2	0.066	1591	1.071	1	99.7
3.97-4.18	3.2	0.054	1586	0.891	1	99.9
4.18-4.44	3.2	0.051	1590	0.864	1	99.8
4.44-4.78	3.2	0.045	1567	0.868	1	99.6
4.78-5.26	3.2	0.045	1596	0.81	1	99.8
5.26-6.01	3.1	0.044	1605	0.834	1	99.5
6.01-7.53	3.2	0.04	1592	0.839	1	99.7
7.53-25	3.2	0.036	1561	0.834	1	95.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2Q91

2q91

解像度: 2.8→24.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 18.028 / SU ML: 0.324 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 2.503 / ESU R Free: 0.426 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.302	1589	5 %	RANDOM
R_work	0.252	-	-	-
obs	0.254	31599	99.31 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 165.35 Å² / B_iso mean: 48.683 Å² / B_iso min: 15.32 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.91 Å²	0 Å²	0.73 Å²
2-	-	0.66 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→24.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7010	0	332	9	7351

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	7476
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.212	2.022	10035
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.266	5	875
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.806	25.783	351
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.367	15	1297
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.667	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	1077
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5557
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.919	1.5	4430
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.864	2	7056
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.381	3	3046
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.232	4.5	2979

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	332	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.05
2	B	332	TIGHT POSITIONAL	0.09	0.05
3	C	332	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
4	D	332	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
5	E	332	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
6	F	332	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
7	G	332	TIGHT POSITIONAL	0.09	0.05
8	H	332	TIGHT POSITIONAL	0.08	0.05
9	I	332	TIGHT POSITIONAL	0.1	0.05
10	J	332	TIGHT POSITIONAL	0.11	0.05
1	A	269	MEDIUM POSITIONAL	0.17	0.5
2	B	269	MEDIUM POSITIONAL	0.14	0.5
3	C	269	MEDIUM POSITIONAL	0.09	0.5
4	D	269	MEDIUM POSITIONAL	0.1	0.5
5	E	269	MEDIUM POSITIONAL	0.11	0.5
6	F	269	MEDIUM POSITIONAL	0.11	0.5
7	G	269	MEDIUM POSITIONAL	0.12	0.5
8	H	269	MEDIUM POSITIONAL	0.18	0.5
9	I	269	MEDIUM POSITIONAL	0.22	0.5
10	J	269	MEDIUM POSITIONAL	0.36	0.5
1	A	332	TIGHT THERMAL	0.2	0.5
2	B	332	TIGHT THERMAL	0.33	0.5
3	C	332	TIGHT THERMAL	0.17	0.5
4	D	332	TIGHT THERMAL	0.15	0.5
5	E	332	TIGHT THERMAL	0.15	0.5
6	F	332	TIGHT THERMAL	0.19	0.5
7	G	332	TIGHT THERMAL	0.2	0.5
8	H	332	TIGHT THERMAL	0.25	0.5
9	I	332	TIGHT THERMAL	0.44	0.5
10	J	332	TIGHT THERMAL	0.49	0.5
1	A	269	MEDIUM THERMAL	0.26	2
2	B	269	MEDIUM THERMAL	0.35	2
3	C	269	MEDIUM THERMAL	0.22	2
4	D	269	MEDIUM THERMAL	0.22	2
5	E	269	MEDIUM THERMAL	0.22	2
6	F	269	MEDIUM THERMAL	0.23	2
7	G	269	MEDIUM THERMAL	0.24	2
8	H	269	MEDIUM THERMAL	0.29	2
9	I	269	MEDIUM THERMAL	0.63	2
10	J	269	MEDIUM THERMAL	0.6	2

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.389	132	-
R_work	0.315	2155	-
all	-	2287	-
obs	-	-	97.28 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.8281	-3.5459	-0.4333	7.1616	-0.6562	5.1806	0.5778	0.0279	0.6272	0.4159	-0.4934	-1.3339	-0.8602	1.4277	-0.0844	0.2053	-0.2478	-0.0182	0.4375	-0.1235	0.4366	30.289	10.358	51.156
2	4.478	-5.1249	-1.6398	6.9154	7.2073	6.9229	0.1182	-0.079	-0.6543	0.3979	-0.433	0.8358	-0.1493	-0.0996	0.3148	0.1461	-0.2029	0.1296	0.0484	-0.1889	0.3894	9.59	7.648	58.015
3	12.6775	-1.9423	8.4524	3.3246	-0.4172	7.1079	0.6547	-0.4731	2.2507	-0.5273	-0.5269	0.1382	-2.5887	-2.4954	-0.1278	1.6319	1.2734	0.8248	1.3295	0.5259	0.9857	2.977	27.894	33.502
4	10.5102	0.6131	3.6395	2.3647	0.3564	6.3166	1.0263	2.0629	1.9822	-0.3317	-0.3411	-0.6518	-1.9066	0.6978	-0.6852	1.2137	0.2885	0.6731	0.7651	0.5267	0.9883	23.331	27.367	24.182
5	8.9456	2.2412	4.7646	7.0082	4.1059	7.2972	1.2877	0.1765	0.2937	-1.1257	-1.9787	0.8091	-1.1469	-2.9582	0.691	0.5543	1.0373	-0.0264	2.3096	0.1664	0.2097	-4.835	9.91	6.888
6	4.3182	4.5733	-1.9898	5.3293	-2.5474	8.6555	0.6055	0.3353	-0.7967	-1.0695	-0.5382	-0.9312	-1.1211	-1.2942	-0.0673	0.5353	0.8487	0.2855	1.3381	0.7025	0.4735	15.338	6.713	0.177
7	13.8731	3.7797	-3.5273	4.6741	-3.6742	3.9596	-0.2847	1.4676	0.0361	-0.2551	0.5807	0.7167	0.6884	-1.7809	-0.296	0.2766	-0.3733	-0.0581	1.2465	-0.077	0.161	-2.653	-22.207	15.439
8	8.7828	2.169	-6.4597	2.3016	1.5483	12.3955	-0.4695	1.0104	-0.9143	-0.1814	0.3008	-0.5451	0.6263	-0.4914	0.1687	0.0786	-0.2302	0.0183	0.4173	-0.2016	0.1852	18.59	-23.411	12.685

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 90
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 90
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 90
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 90
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 90
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	2 - 90
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	2 - 90
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	2 - 90

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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