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- PDB-5k89: Crystal Structure of Human Calcium-Bound S100A1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k89
タイトルCrystal Structure of Human Calcium-Bound S100A1
要素Protein S100-A1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / S100 / S100A1 / calcium
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of TLR by endogenous ligand / MyD88 deficiency (TLR2/4) / S100 protein binding / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / regulation of heart contraction / positive regulation of sprouting angiogenesis / substantia nigra development / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / sarcoplasmic reticulum ...Regulation of TLR by endogenous ligand / MyD88 deficiency (TLR2/4) / S100 protein binding / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / regulation of heart contraction / positive regulation of sprouting angiogenesis / substantia nigra development / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / sarcoplasmic reticulum / calcium-dependent protein binding / ATPase binding / ER-Phagosome pathway / intracellular signal transduction / calcium ion binding / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein S100-A1 / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif ...Protein S100-A1 / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.249 Å
データ登録者Melville, Z. / Aligholizadeh, E. / McKnight, L.E. / Weber, D. / Pozharski, E. / Weber, D.J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA-107331 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-58888 米国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)AR007592 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: X-ray crystal structure of human calcium-bound S100A1.
著者: Melville, Z. / Aligholizadeh, E. / McKnight, L.E. / Weber, D.J. / Pozharski, E. / Weber, D.J.
履歴
登録2016年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly ...pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein S100-A1
C: Protein S100-A1
H: Protein S100-A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,03310
ポリマ－31,6703
非ポリマー3637
水25214
1
C: Protein S100-A1
ヘテロ分子

A: Protein S100-A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3967
ポリマ－21,1142
非ポリマー2825
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655y+1,x,-z1
Buried area2680 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area10080 Å2
手法PISA
2
H: Protein S100-A1
ヘテロ分子

H: Protein S100-A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2746
ポリマ－21,1142
非ポリマー1604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z+1/31
Buried area3220 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area10630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.547, 53.547, 193.387
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 3 or (resid 4 and (name...
21(chain C and (resseq 3 or (resid 4 and (name...
31(chain H and (resseq 3 or (resid 4 and (name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERSERSER(chain A and (resseq 3 or (resid 4 and (name...AA33
12GLUGLUGLUGLU(chain A and (resseq 3 or (resid 4 and (name...AA44
13METMETPHEPHE(chain A and (resseq 3 or (resid 4 and (name...AA1 - 901 - 90
14METMETPHEPHE(chain A and (resseq 3 or (resid 4 and (name...AA1 - 901 - 90
15METMETPHEPHE(chain A and (resseq 3 or (resid 4 and (name...AA1 - 901 - 90
16METMETPHEPHE(chain A and (resseq 3 or (resid 4 and (name...AA1 - 901 - 90
17METMETPHEPHE(chain A and (resseq 3 or (resid 4 and (name...AA1 - 901 - 90
18METMETPHEPHE(chain A and (resseq 3 or (resid 4 and (name...AA1 - 901 - 90
21SERSERSERSER(chain C and (resseq 3 or (resid 4 and (name...CB33
22GLUGLUGLUGLU(chain C and (resseq 3 or (resid 4 and (name...CB44
23SERSERSERSER(chain C and (resseq 3 or (resid 4 and (name...CB3 - 943 - 94
24SERSERSERSER(chain C and (resseq 3 or (resid 4 and (name...CB3 - 943 - 94
25SERSERSERSER(chain C and (resseq 3 or (resid 4 and (name...CB3 - 943 - 94
26SERSERSERSER(chain C and (resseq 3 or (resid 4 and (name...CB3 - 943 - 94
27SERSERSERSER(chain C and (resseq 3 or (resid 4 and (name...CB3 - 943 - 94
28SERSERSERSER(chain C and (resseq 3 or (resid 4 and (name...CB3 - 943 - 94
31SERSERSERSER(chain H and (resseq 3 or (resid 4 and (name...HC33
32GLUGLUGLUGLU(chain H and (resseq 3 or (resid 4 and (name...HC44
33METMETSERSER(chain H and (resseq 3 or (resid 4 and (name...HC1 - 941 - 94
34METMETSERSER(chain H and (resseq 3 or (resid 4 and (name...HC1 - 941 - 94
35METMETSERSER(chain H and (resseq 3 or (resid 4 and (name...HC1 - 941 - 94
36METMETSERSER(chain H and (resseq 3 or (resid 4 and (name...HC1 - 941 - 94
37METMETSERSER(chain H and (resseq 3 or (resid 4 and (name...HC1 - 941 - 94
38METMETSERSER(chain H and (resseq 3 or (resid 4 and (name...HC1 - 941 - 94

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要素

#1: タンパク質 Protein S100-A1 / S-100 protein alpha chain / S-100 protein subunit alpha / S100 calcium-binding protein A1


分子量: 10556.783 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: S100A1, S100A / プラスミド: pUC57 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P23297
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.33 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG 8000, calcium chloride, cacodylate / PH範囲: 7.00-7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.1271 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→37.644 Å / Num. obs: 14767 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 50.57 Å2 / Rsym value: 0.185 / Net I/σ(I): 14.45
反射 シェル解像度: 2.37→2.5 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 1.538 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / % possible all: 83

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
Blu-Iceデータ収集
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
autoXDSデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
Cootモデル構築
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Y5I

2y5i


解像度: 2.249→37.644 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 45.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2905 757 5.13 %RANDOM
Rwork0.2746 14010 --
obs0.2754 14767 91.73 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 167.44 Å2 / Biso mean: 82.5976 Å2 / Biso min: 31.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.249→37.644 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2065 0 14 14 2093
Biso mean--73.56 58.04 -
残基数----263
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092097
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9592815
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059320
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006361
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.733763
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A812X-RAY DIFFRACTION12.419TORSIONAL
12C812X-RAY DIFFRACTION12.419TORSIONAL
13H812X-RAY DIFFRACTION12.419TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2487-2.42230.4955770.45651888196563
2.4223-2.6660.45641490.41382893304297
2.666-3.05160.40771580.37752982314099
3.0516-3.84410.3232040.28993027323199
3.8441-37.64960.21651690.212132203389100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.73095.17041.19952.05530.07368.5629-0.19680.46110.4704-1.0934-0.37141.2618-0.2336-0.3073-0.02780.9832-0.1211-0.0030.498-0.03690.497839.955924.62460.5199
29.20692.84383.9597.29081.63676.3809-0.37130.94-0.0649-0.59470.2056-0.5065-0.28851.4560.09580.9687-0.05690.00410.7685-0.01480.371857.750733.26973.4781
32.01912.28190.95949.43111.1078.9235-0.1062-0.49871.04640.85270.1183-0.0505-0.69161.0850.30431.5244-0.5024-0.2743-0.3826-0.07970.513357.773337.303112.6531
49.3092-0.55052.18252.0154-1.22782.0043-0.3729-1.26480.99091.3399-0.4386-0.1621-0.33720.56820.55361.2447-0.1601-0.02990.7816-0.07760.467651.920436.112118.7182
58.19630.23043.9542.00337.48372.00630.4413-0.82430.09641.9848-0.1943-0.95950.45991.0483-0.2861.3409-0.0829-0.27631.09570.06350.645563.498729.268118.0276
62.03033.16184.25766.01382.14913.92450.34740.5563-0.92970.46370.2272-0.73180.80931.3439-0.60641.03750.0304-0.10020.6867-0.09260.458559.961924.36059.1742
75.79173.33695.31988.60932.32266.63680.8294-2.2679-0.02041.947-0.86121.02051.0209-0.5096-0.26891.6736-0.18820.04530.71260.13020.571843.280722.702320.2325
85.07675.9422-0.54932.0503-2.73866.0148-0.19520.1329-0.2613-0.83450.2129-0.79670.241-0.05370.31830.8104-0.03350.02750.98310.02020.442955.989648.5737-11.4324
94.19193.31483.39462.01151.48146.7299-0.34480.6064-0.1326-2.12590.3173-0.3211.5623-0.5974-0.1241.5443-0.1913-0.02041.1011-0.08030.397947.716634.0852-14.5509
103.98512.3351.92669.9527-1.74556.52790.21850.3218-0.03620.12590.18530.27331.1206-0.6705-0.13820.9909-0.2643-0.04540.8781-0.00410.385945.218135.8107-4.2429
111.64222.01781.22362.0237-2.20596.69580.2057-0.6482-0.04621.22730.39741.40940.7274-1.1763-0.44650.9141-0.27480.08791.3244-0.06521.036136.221639.6724-1.1081
126.47513.50842.08342.0065-1.21815.9049-0.26740.72350.3362-1.92160.83721.73750.7282-1.194-0.30831.2634-0.7687-0.39161.63650.04570.51938.417941.4005-15.0701
133.40392.62980.75252.0845-1.65686.15540.1964-0.15440.210.8320.10770.67390.0484-0.372-0.18970.9129-0.23730.04431.0710.07510.373444.522751.8927-3.3429
146.8793-1.1037-0.67651.9992-3.32342.00540.3395-0.58540.58833.1276-0.39341.135-2.0074-0.5250.00741.866-0.21110.091.57070.1920.556749.458462.91797.3802
156.00981.02671.05467.59131.09492.0066-0.2043-0.6753-0.54951.41980.4899-1.23050.8280.9394-0.44971.66260.09520.00580.9316-0.12180.219554.22845.891739.1864
163.83110.9492-1.49367.83412.01169.8446-0.3050.2210.16960.08260.4772-0.4941-1.5737-0.0446-0.27181.3673-0.11830.05840.7971-0.01660.449849.584557.250730.194
173.76941.044-0.54559.65733.98482.01-0.39990.58430.932-0.94280.29150.2693-3.3608-0.765-0.15112.00640.1701-0.05540.99650.07050.614143.281865.301924.627
184.9718-0.117-0.63127.0862.93572.0143-0.37040.85020.0425-0.9650.5631-0.5395-1.2884-0.1755-0.3291.5286-0.17060.00011.04160.0630.411748.233854.255318.302
194.8372-0.568-3.03865.25443.97682.0004-0.5461.0467-0.1172-1.37690.18470.8258-1.4741-2.30560.10441.64910.1059-0.27051.48250.11520.830535.681554.829816.8444
203.05870.1453-0.436.26542.67168.9662-0.26860.3721-0.0371-0.05210.20310.8745-0.415-1.81510.02631.1853-0.0084-0.0571.12090.06620.357840.242948.881626.3897
218.54496.71151.60576.45286.30391.9995-0.57060.4802-1.64680.63490.4526-0.81133.14590.1343-0.2352.0888-0.7503-0.6189-0.1549-1.2753-1.046749.43229.170223.6385
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:10)A1 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 11:31)A11 - 31
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 32:39)A32 - 39
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 40:47)A40 - 47
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 53:63)A53 - 63
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 64:81)A64 - 81
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 82:90)A82 - 90
8X-RAY DIFFRACTION8(chain C and resid 3:16)C3 - 16
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 17:28)C17 - 28
10X-RAY DIFFRACTION10(chain C and resid 29:42)C29 - 42
11X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resid 43:63)C43 - 63
12X-RAY DIFFRACTION12(chain C and resid 64:73)C64 - 73
13X-RAY DIFFRACTION13(chain C and resid 74:89)C74 - 89
14X-RAY DIFFRACTION14(chain C and resid 90:94)C90 - 94
15X-RAY DIFFRACTION15(chain H and resid 1:9)H1 - 9
16X-RAY DIFFRACTION16(chain H and resid 10:21)H10 - 21
17X-RAY DIFFRACTION17(chain H and resid 22:32)H22 - 32
18X-RAY DIFFRACTION18(chain H and resid 33:45)H33 - 45
19X-RAY DIFFRACTION19(chain H and resid 46:65)H46 - 65
20X-RAY DIFFRACTION20(chain H and resid 66:89)H66 - 89
21X-RAY DIFFRACTION21(chain H and resid 90:94)H90 - 94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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