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- PDB-5xor: Crystal structure of N-terminal replicase protein of porcine circ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xor
タイトルCrystal structure of N-terminal replicase protein of porcine circovirus type 2
要素Rep protein
キーワードREPLICATION / PCV2 / Rep / Dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA endonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters / nucleotidyltransferase activity / DNA replication / RNA helicase activity / nucleotide binding / host cell nucleus / DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Putative viral replication protein / : / CRESS-DNA virus replication initiator protein (Rep) endonuclease domain profile. / Replication Protein E1; Chain: A, - #20 / Replication Protein E1; Chain: A, / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Replication-associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Porcine circovirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.699 Å
データ登録者Song, Y. / Peng, G.
引用ジャーナル: J. Virol. / 年: 2018
タイトル: Crystal Structure of the Dimerized N Terminus of Porcine Circovirus Type 2 Replicase Protein Reveals a Novel Antiviral Interface
著者: Luo, G. / Zhu, X. / Lv, Y. / Lv, B. / Fang, J. / Cao, S. / Chen, H. / Peng, G. / Song, Y.
履歴
登録2017年5月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rep protein
B: Rep protein
C: Rep protein
D: Rep protein
E: Rep protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,3875
ポリマ－90,3875
非ポリマー00
水1,15364
1
A: Rep protein
E: Rep protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1552
ポリマ－36,1552
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Rep protein
C: Rep protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1552
ポリマ－36,1552
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: Rep protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0771
ポリマ－18,0771
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.932, 71.213, 131.718
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.34, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Rep protein


分子量: 18077.359 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 1-150 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Porcine circovirus 2 (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A9YPG7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.38 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.1M HEPES sodium pH 8.0, 0.45 M sodium citrate tribasic dihydrate, 50% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 46536 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 4.4 % / Net I/σ(I): 12.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-3000V1.0data processing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2hw0

2hw0


解像度: 2.699→42.34 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.62 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2887 3764 9.66 %RANDOM
Rwork0.2243 ---
obs0.2306 38981 94.73 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.699→42.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4043 0 0 64 4107
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014140
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1545553
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.0432495
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05555
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007726
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6992-2.73330.36831240.31391233X-RAY DIFFRACTION87
2.7333-2.76930.34471510.31111375X-RAY DIFFRACTION97
2.7693-2.80720.37861760.29731260X-RAY DIFFRACTION97
2.8072-2.84730.32721150.30551360X-RAY DIFFRACTION97
2.8473-2.88980.38171210.30831351X-RAY DIFFRACTION98
2.8898-2.9350.43631480.29551386X-RAY DIFFRACTION98
2.935-2.98310.37381600.2891296X-RAY DIFFRACTION98
2.9831-3.03450.35011240.28881333X-RAY DIFFRACTION98
3.0345-3.08960.33451620.26391410X-RAY DIFFRACTION97
3.0896-3.14910.38011410.25071272X-RAY DIFFRACTION97
3.1491-3.21330.32041360.26281343X-RAY DIFFRACTION97
3.2133-3.28320.32941460.25561354X-RAY DIFFRACTION97
3.2832-3.35950.38591390.25651301X-RAY DIFFRACTION96
3.3595-3.44350.37741630.24711331X-RAY DIFFRACTION96
3.4435-3.53650.27751390.24561303X-RAY DIFFRACTION95
3.5365-3.64050.28831210.21311306X-RAY DIFFRACTION96
3.6405-3.7580.28391570.22931282X-RAY DIFFRACTION95
3.758-3.89220.30121420.2211318X-RAY DIFFRACTION94
3.8922-4.04790.27681230.21411302X-RAY DIFFRACTION93
4.0479-4.2320.25021450.20261303X-RAY DIFFRACTION94
4.232-4.45490.25511370.18451275X-RAY DIFFRACTION94
4.4549-4.73370.26851320.16831266X-RAY DIFFRACTION92
4.7337-5.09860.19581270.17641286X-RAY DIFFRACTION92
5.0986-5.61060.25121370.21071231X-RAY DIFFRACTION92
5.6106-6.42010.29711440.20781279X-RAY DIFFRACTION93
6.4201-8.07940.24381380.21281278X-RAY DIFFRACTION93
8.0794-42.34530.19211160.17791183X-RAY DIFFRACTION85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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