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- PDB-3cyz: Dimeric crystal structure of a pheromone binding protein from Api... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cyz
タイトルDimeric crystal structure of a pheromone binding protein from Apis mellifera in complex with 9-keto-2(E)-decenoic acid at pH 7.0
要素Pheromone-binding protein ASP1
キーワードPheromone Binding Protein / honeybee / Apis mellifera / signal transduction / queen mandibular pheromone
機能・相同性
機能・相同性情報


odorant binding / sensory perception of smell / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Pheromone/general odorant binding protein domain / Insect pheromone/odorant binding protein domains. / Pheromone/general odorant binding protein / PBP/GOBP family / Pheromone/general odorant binding protein superfamily / Recoverin; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(2Z)-9-oxodec-2-enoic acid / Pheromone-binding protein ASP1
類似検索 - 構成要素
生物種Apis mellifera (セイヨウミツバチ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Pesenti, M.E. / Spinelli, S. / Bezirard, V. / Briand, L. / Pernollet, J.C. / Tegoni, M. / Cambillau, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Queen bee pheromone binding protein pH-induced domain swapping favors pheromone release
著者: Pesenti, M.E. / Spinelli, S. / Bezirard, V. / Briand, L. / Pernollet, J.C. / Campanacci, V. / Tegoni, M. / Cambillau, C.
履歴
登録2008年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pheromone-binding protein ASP1
B: Pheromone-binding protein ASP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,29312
ポリマ－26,3902
非ポリマー90310
水5,386299
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3750 Å2
ΔGint-58.2 kcal/mol
Surface area10890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.285, 75.555, 84.113
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Pheromone-binding protein ASP1


分子量: 13194.789 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 26-144 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Apis mellifera (セイヨウミツバチ)
プラスミド: pHIL-D2 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q9U9J6

-
非ポリマー , 5種, 309分子

#2: 化合物 ChemComp-9OD / (2Z)-9-oxodec-2-enoic acid / 9-keto-2(E)-decenoic acid


分子量: 184.232 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16O3
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M magnesium chloride, 0.1M Tris, 15% PEG8000, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月8日 / 詳細: cylindrical gazing incidence mirror
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→84.25 Å / Num. all: 21263 / Num. obs: 21263 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 17.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.457 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 2614 / Rsym value: 0.457 / % possible all: 84.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3BJH

3bjh


解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 4.495 / SU ML: 0.079 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19964 1057 5 %RANDOM
Rwork0.16181 ---
all0.16372 20184 --
obs0.16372 20184 96.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.682 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.1 Å20 Å20 Å2
2---1.69 Å20 Å2
3----0.41 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.124 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1784 0 56 299 2139
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221953
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021299
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4131.9952663
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0283.0073219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8365247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.80427.26395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg1415338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.937154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2300
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022174
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02328
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2390.2505
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2040.21379
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.2958
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.2942
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1940.2270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1950.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2020.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.160.231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7991.51536
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2091.5470
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.96521954
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8353855
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6544.5700
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.204 69 -
Rwork0.196 1107 -
obs-1107 73.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.56360.5582-3.16554.11770.82623.25120.1535-0.022-0.0211-0.2176-0.0399-0.1719-0.18580.2535-0.1136-0.02880.000900.0011-0.0094-0.018623.3778-8.05542.5707
24.5691-0.3914-0.87814.48041.01537.019-0.1180.0201-0.0023-0.24320.176-0.30260.21460.3517-0.0580.0409-0.02020.04350.00450.00770.047134.4999-9.8961-24.8016
30.0218-0.0859-0.05990.6134-0.30071.2106-0.0351-0.0583-0.02790.04570.0369-0.0535-0.0791-0.011-0.0017-0.03950.0055-0.0027-0.0297-0.0066-0.022717.7278-1.2771-5.0697
40.3676-0.23620.10240.7996-0.21150.56260.0002-0.0010.0299-0.08220.0106-0.0219-0.0370.0255-0.0108-0.0293-0.01080.0067-0.03250.0028-0.032324.4455-17.199-22.2522
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1BB5 - 115 - 11
2X-RAY DIFFRACTION1AA114 - 119114 - 119
3X-RAY DIFFRACTION2AA4 - 114 - 11
4X-RAY DIFFRACTION2BB114 - 119114 - 119
5X-RAY DIFFRACTION3AA12 - 11312 - 113
6X-RAY DIFFRACTION4BB12 - 11312 - 113

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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