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万見
- PDB-2o26: Structure of a class III RTK signaling assembly -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o26
タイトルStructure of a class III RTK signaling assembly
要素
  • Kit ligand
  • Mast/stem cell growth factor receptor
キーワードCYTOKINE/SIGNALING PROTEIN / stem cell factor / receptor tyrosine kinase / class III / receptor-ligand complex / growth factor / cytokine / 4-helix bundle / CYTOKINE-SIGNALING PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of myeloid leukocyte differentiation / stem cell factor receptor binding / mast cell migration / Regulation of KIT signaling / positive regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of hematopoietic stem cell proliferation / negative regulation of mast cell apoptotic process / hematopoietic stem cell migration / melanocyte adhesion / positive regulation of pyloric antrum smooth muscle contraction ...positive regulation of myeloid leukocyte differentiation / stem cell factor receptor binding / mast cell migration / Regulation of KIT signaling / positive regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of hematopoietic stem cell proliferation / negative regulation of mast cell apoptotic process / hematopoietic stem cell migration / melanocyte adhesion / positive regulation of pyloric antrum smooth muscle contraction / positive regulation of colon smooth muscle contraction / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / melanocyte migration / Signaling by SCF-KIT / stem cell factor receptor activity / tongue development / positive regulation of melanocyte differentiation / regulation of bile acid metabolic process / positive regulation of small intestine smooth muscle contraction / positive regulation of dendritic cell cytokine production / myeloid leukocyte differentiation / mast cell chemotaxis / positive regulation of mast cell proliferation / mast cell differentiation / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Fc receptor signaling pathway / mast cell apoptotic process / glycosphingolipid metabolic process / RAF/MAP kinase cascade / mast cell proliferation / PIP3 activates AKT signaling / developmental pigmentation / positive regulation of pseudopodium assembly / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of mast cell cytokine production / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / lymphoid progenitor cell differentiation / melanocyte differentiation / immature B cell differentiation / germ cell migration / erythropoietin-mediated signaling pathway / programmed cell death / myeloid progenitor cell differentiation / positive regulation of Ras protein signal transduction / digestive tract development / positive regulation of leukocyte migration / negative regulation of programmed cell death / neural crest cell migration / embryonic hemopoiesis / lamellipodium assembly / megakaryocyte development / mast cell degranulation / pigmentation / positive regulation of Notch signaling pathway / cytokine binding / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / germ cell development / hemopoiesis / T cell differentiation / somatic stem cell population maintenance / spermatid development / ectopic germ cell programmed cell death / response to cadmium ion / T cell proliferation / hematopoietic progenitor cell differentiation / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of T cell proliferation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / acrosomal vesicle / SH2 domain binding / epithelial cell proliferation / erythrocyte differentiation / cytokine activity / cell chemotaxis / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / stem cell differentiation / filopodium / growth factor activity / response to radiation / receptor protein-tyrosine kinase / visual learning / cytoplasmic side of plasma membrane / male gonad development / fibrillar center / cytokine-mediated signaling pathway / chemotaxis / cell-cell junction / lamellipodium / regulation of cell shape / actin cytoskeleton organization / protease binding / spermatogenesis / Ras protein signal transduction / cell differentiation / cytoskeleton / cell population proliferation / cell adhesion
類似検索 - 分子機能
Stem cell factor / Stem cell factor / Mast/stem cell growth factor receptor / Platelet-derived growth factor receptor Ig-like domain 4 / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulin ...Stem cell factor / Stem cell factor / Mast/stem cell growth factor receptor / Platelet-derived growth factor receptor Ig-like domain 4 / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Mast/stem cell growth factor receptor Kit / Kit ligand
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Liu, H. / Chen, X. / Focia, P.J. / He, X.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2007
タイトル: Structural basis for stem cell factor-KIT signaling and activation of class III receptor tyrosine kinases.
著者: Liu, H. / Chen, X. / Focia, P.J. / He, X.
履歴
登録2006年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月20日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 2.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kit ligand
B: Kit ligand
E: Kit ligand
F: Kit ligand
X: Mast/stem cell growth factor receptor
Y: Mast/stem cell growth factor receptor
U: Mast/stem cell growth factor receptor
W: Mast/stem cell growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,50616
ポリマ－194,8778
非ポリマー4,6288
水31,1661730
1
A: Kit ligand
B: Kit ligand
X: Mast/stem cell growth factor receptor
Y: Mast/stem cell growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,7538
ポリマ－97,4394
非ポリマー2,3144
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Kit ligand
F: Kit ligand
U: Mast/stem cell growth factor receptor
W: Mast/stem cell growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,7538
ポリマ－97,4394
非ポリマー2,3144
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.849, 200.154, 82.023
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Kit ligand / C-kit ligand / Stem cell factor / SCF / Mast cell growth factor / MGF / Hematopoietic growth factor ...C-kit ligand / Stem cell factor / SCF / Mast cell growth factor / MGF / Hematopoietic growth factor KL / Steel factor


分子量: 16444.766 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 28-166 / 変異: N146Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kitlg, Kitl, Mgf, Sl, Slf / プラスミド: pAcGP67A / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P20826
#2: タンパク質
Mast/stem cell growth factor receptor / SCFR / Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Kit / c-kit / CD117 antigen


分子量: 32274.564 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 25-314 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kit, Sl / プラスミド: pGEX-4T-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P05532, receptor protein-tyrosine kinase
#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpb1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1730 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 82592 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 26.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.389 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 93.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5→19.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2913310.31 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 4155 5 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs0.237 82454 96.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.8781 Å2 / ksol: 0.21433 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.75 Å20 Å24.11 Å2
2--15.28 Å20 Å2
3----16.03 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.43 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.76 Å0.7 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13066 0 308 1730 15104
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.417 648 4.9 %
Rwork0.402 12641 -
obs--93.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3carbohydrate.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param
X-RAY DIFFRACTION5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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