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- PDB-3ggz: Crystal Structure of S.cerevisiae Ist1 N-terminal domain in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ggz
タイトルCrystal Structure of S.cerevisiae Ist1 N-terminal domain in complex with Did2 MIM motif
要素
  • Increased sodium tolerance protein 1
  • Vacuolar protein-sorting-associated protein 46
キーワードPROTEIN TRANSPORT / ENDOCYTOSIS / novel MIM binding mode / Phosphoprotein / Coiled coil / Endosome / Membrane / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


ESCRT III complex assembly / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / ESCRT III complex / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / endosome to plasma membrane protein transport / protein targeting to vacuole / ATPase inhibitor activity / late endosome to vacuole transport / Neutrophil degranulation ...ESCRT III complex assembly / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / ESCRT III complex / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / endosome to plasma membrane protein transport / protein targeting to vacuole / ATPase inhibitor activity / late endosome to vacuole transport / Neutrophil degranulation / multivesicular body / intracellular protein localization / late endosome / protein transport / endosome / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Vacuolar protein sorting-associated protein Ist1 / Vacuolar protein sorting-associated protein Ist1 / Vacuolar protein sorting-associated protein IST1-like / Regulator of Vps4 activity in the MVB pathway / Snf7 family / Snf7 / Ferritin / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Vacuolar protein sorting-associated protein IST1 / Vacuolar protein-sorting-associated protein 46
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Xiao, J. / Xu, Z.
引用ジャーナル: MOLECULAR BIOLOGY OF THE CELL / 年: 2009
タイトル: Structural basis of Ist1 function and Ist1-Did2 interaction in the multivesicular body pathway and cytokinesis.
著者: Xiao, J. / Chen, X.W. / Davies, B.A. / Saltiel, A.R. / Katzmann, D.J. / Xu, Z.
履歴
登録2009年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Increased sodium tolerance protein 1
B: Increased sodium tolerance protein 1
C: Increased sodium tolerance protein 1
D: Increased sodium tolerance protein 1
E: Vacuolar protein-sorting-associated protein 46
F: Vacuolar protein-sorting-associated protein 46
G: Vacuolar protein-sorting-associated protein 46
H: Vacuolar protein-sorting-associated protein 46


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,8888
ポリマ－102,8888
非ポリマー00
水00
1
A: Increased sodium tolerance protein 1
E: Vacuolar protein-sorting-associated protein 46


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7222
ポリマ－25,7222
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area11850 Å2
手法PISA
2
B: Increased sodium tolerance protein 1
F: Vacuolar protein-sorting-associated protein 46


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7222
ポリマ－25,7222
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area11500 Å2
手法PISA
3
C: Increased sodium tolerance protein 1
G: Vacuolar protein-sorting-associated protein 46


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7222
ポリマ－25,7222
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1220 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area11370 Å2
手法PISA
4
D: Increased sodium tolerance protein 1
H: Vacuolar protein-sorting-associated protein 46


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7222
ポリマ－25,7222
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1360 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area12010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.916, 165.916, 121.559
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number93
Space group name H-MP4222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
12B
13C
14D

NCSドメイン領域:

Dom-ID: 1 / Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Auth seq-ID: 8 - 180 / Label seq-ID: 8 - 180

Ens-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質
Increased sodium tolerance protein 1


分子量: 22380.164 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal domain, UNP residues 1-192 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: IST1, N0809, YNL265C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P53843
#2: タンパク質・ペプチド
Vacuolar protein-sorting-associated protein 46 / Charged multivesicular body protein 1 / DOA4-independent degradation protein 2 / Fifty two inhibitor 1


分子量: 3341.793 Da / 分子数: 4 / 断片: MIM motif, UNP residues 176-204 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CHM1, DID2, FTI1, VPS46, YKR035W-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P69771

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Sodium Citrate, vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9793 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2008年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→50 Å / Num. obs: 17219 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 16.617
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obs% possible all
3.8-3.876.20.658100
3.87-3.946.10.532100
3.94-4.016.20.464100
4.01-4.096.20.374100
4.09-4.186.20.327100
4.18-4.286.20.30399.9
4.28-4.396.20.252100
4.39-4.56.10.191100
4.5-4.646.20.177100
4.64-4.796.10.165100
4.79-4.966.10.136100
4.96-5.166.10.128100
5.16-5.396.10.157100
5.39-5.676.10.147100
5.67-6.0360.1399.9
6.03-6.4960.11299.7
6.49-7.155.90.07299.7
7.15-8.185.90.04399.3
8.18-10.295.70.03599
10.29-505.10.03594.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 49.32 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.8 Å49.03 Å
Translation3.8 Å49.03 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.8→49.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Data cutoff high absF: 5432034.24 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.307 869 5.1 %RANDOM
Rwork0.289 ---
obs0.289 17200 99.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 104.977 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 146.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.17 Å20 Å20 Å2
2--9.17 Å20 Å2
3----18.34 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.71 Å0.69 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.69 Å0.71 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→49.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6595 0 0 0 6595
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.93
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.251.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.282
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.812
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.682.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3.8→4.04 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 151 5.4 %
Rwork0.397 2658 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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