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万見
- PDB-2nyz: Viral Chemokine Binding Protein M3 From Murine Gammaherpesvirus68... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nyz
タイトルViral Chemokine Binding Protein M3 From Murine Gammaherpesvirus68 In Complex With The C- Chemokine XCL1
要素
  • Hypothetical protein GAMMAHV.M3
  • Lymphotactin
キーワードVIRAL PROTEIN/CYTOKINE / Viral Decoy Receptor / Chemokine / Protein-Protein Complex / VIRAL PROTEIN-CYTOKINE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


mature natural killer cell chemotaxis / positive regulation of granzyme A production / negative regulation of T-helper 1 cell activation / positive regulation of immunoglobulin production in mucosal tissue / positive regulation of granzyme B production / positive regulation of thymocyte migration / positive regulation of B cell chemotaxis / negative regulation of T cell cytokine production / negative regulation of T-helper 1 type immune response / positive regulation of transforming growth factor beta production ...mature natural killer cell chemotaxis / positive regulation of granzyme A production / negative regulation of T-helper 1 cell activation / positive regulation of immunoglobulin production in mucosal tissue / positive regulation of granzyme B production / positive regulation of thymocyte migration / positive regulation of B cell chemotaxis / negative regulation of T cell cytokine production / negative regulation of T-helper 1 type immune response / positive regulation of transforming growth factor beta production / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / chemokine binding / chemokine receptor binding / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / positive regulation of T cell chemotaxis / CCR chemokine receptor binding / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / positive regulation of leukocyte chemotaxis / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / chemokine-mediated signaling pathway / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of neutrophil chemotaxis / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / negative regulation of interleukin-2 production / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of type II interferon production / positive regulation of interleukin-10 production / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / release of sequestered calcium ion into cytosol / neutrophil chemotaxis / cellular response to interleukin-4 / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / cell chemotaxis / positive regulation of T cell cytokine production / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / response to virus / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cell-cell signaling / regulation of inflammatory response / G alpha (q) signalling events / positive regulation of cell migration / inflammatory response / negative regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #1330 / Chemokine-binding protein M3-like / Chemokine-binding M3, viral / Chemokine-binding M3, subdomain 1, viral / Chemokine-binding M3, subdomain 2, viral / Chemokine-binding M3 superfamily / M3 / C chemokine / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). ...Immunoglobulin-like - #1330 / Chemokine-binding protein M3-like / Chemokine-binding M3, viral / Chemokine-binding M3, subdomain 1, viral / Chemokine-binding M3, subdomain 2, viral / Chemokine-binding M3 superfamily / M3 / C chemokine / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Murid herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Alexander-Brett, J.M. / Fremont, D.H.
引用ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2007
タイトル: Dual GPCR and GAG mimicry by the M3 chemokine decoy receptor.
著者: Alexander-Brett, J.M. / Fremont, D.H.
履歴
登録2006年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein GAMMAHV.M3
B: Hypothetical protein GAMMAHV.M3
D: Lymphotactin
E: Lymphotactin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,2264
ポリマ－104,2264
非ポリマー00
水3,495194
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.370, 103.190, 290.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
詳細asymmetric unit contains biological unit (2 monomers)

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein GAMMAHV.M3 / M3 protein


分子量: 41826.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Murid herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
属: Rhadinovirus / 遺伝子: GAMMAHV.M3, M3 / プラスミド: PFB-1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O41925
#2: タンパク質 Lymphotactin / XCL1 / Cytokine SCM-1 / ATAC / Lymphotaxin / SCM-1-alpha / Small inducible cytokine C1 / XC chemokine ligand 1


分子量: 10286.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide can be naturally found in Homo sapiens (Human).
参照: UniProt: P47992
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 10% PEG 8000, 100 mM TRIS, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. all: 35910 / Num. obs: 35559 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 42.8 Å2 / Rsym value: 0.01 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 4850 / Rsym value: 0.49 / % possible all: 79.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ML0

1ml0


解像度: 2.6→19.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 588744.74 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 1771 5 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.219 35559 90 %-
all-39510 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.5738 Å2 / ksol: 0.324539 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 59.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-17.94 Å20 Å20 Å2
2--0.98 Å20 Å2
3----18.92 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.36 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a0.56 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6718 0 0 194 6912
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.96
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.412
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.173
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.924
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.955
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.422 280 5.5 %
Rwork0.373 4850 -
obs-4850 79.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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