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- PDB-5xty: Crystal Structure of 11S allergen from Cocos nucifera L. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xty
タイトルCrystal Structure of 11S allergen from Cocos nucifera L.
要素11S globulin isoform 1
キーワードALLERGEN / 11S Allergen / cocosin / coconut / twinning
機能・相同性
機能・相同性情報


seed maturation / extraorganismal space / seed development / nutrient reservoir activity
類似検索 - 分子機能
11-S seed storage protein, plant / : / Cupin / Cupin 1 / Cupin / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cocosin 1 / Cocosin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Cocos nucifera (ココヤシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Vajravijayan, S. / Nandhagopal, N. / Gunasekaran, K.
引用ジャーナル: Mol. Immunol. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure determination and analysis of 11S coconut allergen: Cocosin
著者: Vajravijayan, S. / Nandhagopal, N. / Gunasekaran, K.
履歴
登録2017年6月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 11S globulin isoform 1
B: 11S globulin isoform 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,3332
ポリマ－105,3332
非ポリマー00
水2,810156
1
A: 11S globulin isoform 1
B: 11S globulin isoform 1

A: 11S globulin isoform 1
B: 11S globulin isoform 1

A: 11S globulin isoform 1
B: 11S globulin isoform 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)315,9986
ポリマ－315,9986
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
Buried area40900 Å2
ΔGint-204 kcal/mol
Surface area80600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.056, 92.056, 212.309
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 11S globulin isoform 1


分子量: 52666.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cocos nucifera (ココヤシ) / 参照: UniProt: A0A0R7UCU5, UniProt: A0A222NNM9*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.16 % / 解説: Prismatic crystals
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES (pH 7.5), 0.2M Mgcl2 and 10% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: k,h,-l / Fraction: 0.53
反射解像度: 2.2→31.7 Å / Num. obs: 33993 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 2.5 % / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.279 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 3338 / % possible all: 97.45

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSJune 1, 2017データ削減
SCALAデータスケーリング
BALBES1.1.5位相決定
精密化解像度: 2.2→29.833 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 41.51 / 位相誤差: 35.4 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2991 1709 5.03 %
Rwork0.1991 --
obs0.2202 33978 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.833 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5612 0 0 156 5768
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015712
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0997703
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.9464160
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053847
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061025
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2009-2.26560.34041660.32542600X-RAY DIFFRACTION91
2.2656-2.33860.32531080.34842720X-RAY DIFFRACTION96
2.3386-2.42210.36511650.32762673X-RAY DIFFRACTION94
2.4221-2.51890.35171310.35162685X-RAY DIFFRACTION95
2.5189-2.63340.39231740.34212656X-RAY DIFFRACTION94
2.6334-2.7720.39771530.32552696X-RAY DIFFRACTION95
2.772-2.94520.35231280.30612679X-RAY DIFFRACTION95
2.9452-3.1720.33551760.29062673X-RAY DIFFRACTION94
3.172-3.490.34171330.25062686X-RAY DIFFRACTION95
3.49-3.99230.33761090.19782760X-RAY DIFFRACTION96
3.9923-5.01950.25481390.13352663X-RAY DIFFRACTION95
5.0195-21.64760.27411240.14272724X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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