[日本語] English
万見
- PDB-3c2u: Structure of the two subsite D-xylosidase from Selenomonas rumina... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c2u
タイトルStructure of the two subsite D-xylosidase from Selenomonas ruminantium in complex with 1,3-bis[tris(hydroxymethyl)methylamino]propane
要素Xylosidase/arabinosidase
キーワードHYDROLASE / Tetramer / Glycoside Hydrolase / GH43 / alpha-L-Arabinofuranosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Beta-xylosidase, C-terminal Concanavalin A-like domain / Beta xylosidase C-terminal Concanavalin A-like domain / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Jelly Rolls - #200 ...: / Beta-xylosidase, C-terminal Concanavalin A-like domain / Beta xylosidase C-terminal Concanavalin A-like domain / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Xylosidase/arabinosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Selenomonas ruminantium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Brunzelle, J.S. / Jordan, D.B. / McCaslin, D.R. / Olczak, A. / Wawrzak, A.
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2008
タイトル: Structure of the two-subsite beta-d-xylosidase from Selenomonas ruminantium in complex with 1,3-bis[tris(hydroxymethyl)methylamino]propane.
著者: Brunzelle, J.S. / Jordan, D.B. / McCaslin, D.R. / Olczak, A. / Wawrzak, Z.
履歴
登録2008年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Xylosidase/arabinosidase
B: Xylosidase/arabinosidase
C: Xylosidase/arabinosidase
D: Xylosidase/arabinosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,9308
ポリマ－244,8004
非ポリマー1,1294
水36,9132049
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14620 Å2
手法PISA
2
A: Xylosidase/arabinosidase
B: Xylosidase/arabinosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,9654
ポリマ－122,4002
非ポリマー5652
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5250 Å2
手法PISA
3
C: Xylosidase/arabinosidase
D: Xylosidase/arabinosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,9654
ポリマ－122,4002
非ポリマー5652
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.579, 84.401, 94.039
Angle α, β, γ (deg.)67.84, 81.31, 75.08
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細Biological assembly is a tetramer

-
要素

#1: タンパク質
Xylosidase/arabinosidase


分子量: 61200.117 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Selenomonas ruminantium (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O52575
#2: 化合物
ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2049 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 4 L of protein solution (1.6 mg/mL in 0.1 M BTP-HCl pH 8.0) mixed with 1 L of the well solution containing 22-25% (w/v) PEG 1100 monomethyl ether in 0.1M BTP-HCl, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, ...詳細: 4 L of protein solution (1.6 mg/mL in 0.1 M BTP-HCl pH 8.0) mixed with 1 L of the well solution containing 22-25% (w/v) PEG 1100 monomethyl ether in 0.1M BTP-HCl, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 0.9784, 0.9786, 0.9632
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月19日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97841
20.97861
30.96321
反射解像度: 1.2→100 Å / Num. all: 667241 / Num. obs: 630354 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.48 % / Biso Wilson estimate: 17.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 12.55
反射 シェル解像度: 1.2→1.24 Å / 冗長度: 3.89 % / Rmerge(I) obs: 0.382 / Mean I/σ(I) obs: 3.65 / Num. unique all: 57143 / % possible all: 91.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345データ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.3→87.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 1.524 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.045 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16303 24998 5 %RANDOM
Rwork0.13427 ---
obs0.13572 474622 95.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.46 Å21.1 Å2-0.41 Å2
2---0.11 Å20.12 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→87.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17832 0 81 2050 19963
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02218550
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0215819
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6561.93825388
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.091337017
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.78752270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.86524.275917
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.777152831
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0431572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.22603
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0221171
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023949
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.23056
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1930.216347
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1870.28823
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.210432
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.21571
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1120.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2460.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1660.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7581.514170
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8491.54472
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.079218012
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.96539062
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6754.57376
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.504343015
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free9.14332056
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.398333732
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 1798 -
Rwork0.185 34123 -
obs--92.65 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る