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- PDB-2ns7: How an in vitro selected peptide mimics the antibiotic tetracycli... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ns7
タイトルHow an in vitro selected peptide mimics the antibiotic tetracycline to induce TET repressor
要素Tetracycline repressor protein
キーワードTRANSCRIPTION / transcription regulator / helix-turn-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tetracycline transcriptional regulator, TetR / Tetracycline repressor TetR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family ...Tetracycline transcriptional regulator, TetR / Tetracycline repressor TetR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Tetracycline repressor protein class B from transposon Tn10 / Tetracycline repressor protein class D
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Luckner, S.R. / Klotzsche, M. / Berens, C. / Hillen, W. / Muller, Y.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: How an agonist peptide mimics the antibiotic tetracycline to induce Tet-repressor
著者: Luckner, S.R. / Klotzsche, M. / Berens, C. / Hillen, W. / Muller, Y.A.
履歴
登録2006年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tetracycline repressor protein
B: Tetracycline repressor protein
C: Tetracycline repressor protein
D: Tetracycline repressor protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,1274
ポリマ－94,1274
非ポリマー00
水00
1
A: Tetracycline repressor protein
B: Tetracycline repressor protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0632
ポリマ－47,0632
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area19660 Å2
手法PISA
2
C: Tetracycline repressor protein
D: Tetracycline repressor protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0632
ポリマ－47,0632
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area18900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.910, 107.910, 303.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51A
61B
71C
81D
91A
101B
111C
121D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALARGARGAA9 - 1049 - 104
21VALVALARGARGBB9 - 1049 - 104
31VALVALARGARGCC9 - 1049 - 104
41VALVALARGARGDD9 - 1049 - 104
52LEULEUVALVALAA120 - 153120 - 153
62LEULEUVALVALBB120 - 153120 - 153
72LEULEUVALVALCC120 - 153120 - 153
82LEULEUVALVALDD120 - 153120 - 153
93ALAALATHRTHRAA182 - 202182 - 202
103ALAALATHRTHRBB182 - 202182 - 202
113ALAALATHRTHRCC182 - 202182 - 202
123ALAALATHRTHRDD182 - 202182 - 202

-
要素

#1: タンパク質
Tetracycline repressor protein


分子量: 23531.662 Da / 分子数: 4 / 変異: C68S, C88N, C121T, C144S / 由来タイプ: 組換発現
詳細: residues 1-187 are from VARIANT B, residues 188-208 are from VARIANT D
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: tetR / プラスミド: pWH610 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RB791 / 参照: UniProt: P04483, UniProt: P0ACT4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.66 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.4M ammonium sulfate, 0.1M sodium chloride, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.946452 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月22日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.946452 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→37.04 Å / Num. obs: 41266 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 59.819 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 28.43
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique all% possible all
2.4-2.450.4724.918606239698
2.45-2.620.4087.184977689098.1
2.62-2.80.26911.184919561098.3
2.8-30.18315.472302480298.4
3-3.40.09825.498300655698.5
3.4-3.90.05341.972951491498.6
3.9-4.80.05357.795861453998.9
4.80.05160.974295342298.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345softwareデータ収集
XDSデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NS8 (Chain A+B)

2ns8


解像度: 2.4→37.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 22.295 / SU ML: 0.235 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL
Isotropic thermal model: individual isotropic and TLS refinement
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.374 / ESU R Free: 0.272 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 3302 8 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.234 41265 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.794 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.34 Å21.67 Å20 Å2
2--3.34 Å20 Å2
3----5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→37.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6027 0 0 0 6027
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0216144
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025593
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2021.9578304
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.805313014
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6145750
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.99524.575306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.937151087
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4491536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2937
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026815
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021213
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.21531
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1580.25285
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.23018
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.23499
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2102
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2010.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2290.297
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.130.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6411.54903
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0821.51550
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.74825997
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.07932712
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6154.52307
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2311 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1ALOOSE POSITIONAL0.865
2BLOOSE POSITIONAL0.755
3CLOOSE POSITIONAL0.715
4DLOOSE POSITIONAL0.855
1ALOOSE THERMAL1.7410
2BLOOSE THERMAL1.7710
3CLOOSE THERMAL1.8210
4DLOOSE THERMAL1.6210
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.484 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 313 -
Rwork0.266 3591 -
obs-3904 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7589-0.91890.15973.48643.7226.4484-0.2319-0.26320.23470.36060.2535-0.31040.12280.1219-0.0215-0.33840.03140.0245-0.2687-0.0711-0.09119.674743.060327.0137
23.05060.7484-3.58450.55070.18827.31670.2221-0.233-0.0002-0.01390.10630.24150.36510.0063-0.3284-0.25280.09860.0663-0.24390.0552-0.094-2.394228.056428.982
32.16931.3701-1.58991.4282-3.268810.27690.1190.15970.2247-0.12290.1956-0.18080.63450.71-0.31460.19370.13460.0113-0.08570.1294-0.1267-23.868115.869826.5219
42.9251-1.02554.35711.2484-2.06229.18950.3548-0.2253-0.1118-0.22710.07860.33380.5456-0.745-0.43350.0634-0.0689-0.1447-0.20030.1853-0.0503-44.360813.191328.3936
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA6 - 1546 - 154
21AA165 - 202165 - 202
32BB6 - 1546 - 154
42BB165 - 202165 - 202
53CC7 - 1547 - 154
63CC165 - 202165 - 202
74DD6 - 1546 - 154
84DD182 - 202182 - 202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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