PDB-2npn: Crystal structure of putative cobalamin synthesis related protein...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2npn

タイトル

Crystal structure of putative cobalamin synthesis related protein (CobF) from Corynebacterium diphtheriae

要素

Putative cobalamin synthesis related protein

キーワード

TRANSFERASE / cobalamin synthesis related protein / CobF / PSI-2 / MAD / structural genomics / SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE / MCSG / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

precorrin-6A synthase (deacetylating) activity / cobalamin biosynthetic process / methylation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Nocek, B. / Zhou, M. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of cobalamin synthesis related protein (CobF) from Corynebacterium diphtheriae
著者: Nocek, B. / Zhou, M. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2006年10月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 300

BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2npn.cif.gz	72 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2npn.ent.gz	53.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2npn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/2npn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/2npn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2zvc-d 2ijl-d 4k8m-1 4qbq-d 4w6w-d 5azg-d 2vje-d 3d5p-d 2pex-d 1raj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC82580

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative cobalamin synthesis related protein

ヘテロ分子

29.1 kDa, 1 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Putative cobalamin synthesis related protein

ヘテロ分子

A: Putative cobalamin synthesis related protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
58.2 kDa, 2 ポリマー
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3

A: Putative cobalamin synthesis related protein

ヘテロ分子

A: Putative cobalamin synthesis related protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
58.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	77.104, 80.845, 76.976
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-251- MG

#1: タンパク質	Putative cobalamin synthesis related protein 分子量: 28587.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌) プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6NIF5
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.36 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 3.5M Ammonium Chloride, 0.1 M Sodium Acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9791, 0.9792

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月21日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9791	1
2	0.9792	1

反射

解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 33440 / Num. obs: 33406 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 14.5

反射シェル

解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
CCP4		位相決定
O		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.6→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 2.899 / SU ML: 0.053 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19776	1613	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17197	-	-	-
obs	0.17327	30151	99.05 %	-
all	-	31814	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.009 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.67 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1885	0	34	213	2132

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	2071
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	1379
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.477	1.961	2832
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.919	3	3364
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.702	5	262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.25	23.229	96
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.784	15	356
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.06	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	324
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2321
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	419
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	424
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.206	0.2	1392
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	993
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	117
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.214	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.238	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.248	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.14	1.5	1552
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.268	1.5	509
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.352	2	2033
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.268	3	919
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.25	4.5	794
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.269	94	-
R_work	0.224	2251	-
obs	-	-	99.58 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2887	-2.5698	6.5166	4.5365	-7.8862	17.4142	-0.3275	0.2217	0.224	0.0799	0.0427	0.0949	-0.5854	-0.0335	0.2849	0.0475	-0.0171	-0.0793	0.0282	-0.0005	0.1	50.0117	42.1465	20.5835
2	3.0487	-1.2789	1.7265	3.1937	-1.2375	6.6795	-0.1081	-0.0675	-0.0132	-0.0564	-0.0581	0.2976	0.1523	-0.3775	0.1662	-0.0179	-0.0239	0.0094	0.0498	-0.035	0.166	46.0193	37.7485	33.4556
3	5.5466	0.508	0.1212	5.3724	-3.641	5.6777	0.1156	-0.0443	-0.8763	-0.3071	-0.2578	-0.0012	0.5793	0.3221	0.1422	0.0526	-0.0062	-0.0378	0.0132	-0.0248	0.1452	50.4558	25.8788	26.8384
4	8.255	2.3457	-4.8471	5.265	-1.4737	10.8598	0.1964	0.372	0.1399	-0.3196	0.1182	0.6141	-0.0826	-0.3452	-0.3146	-0.0112	-0.0069	-0.0837	-0.035	0.0083	0.1497	45.3681	29.1993	24.0992
5	29.1433	-13.5714	0.1682	10.807	-0.3019	3.4853	0.2388	1.2579	-1.2114	-0.5255	-0.2875	0.1121	0.1708	0.6246	0.0487	-0.023	0.026	-0.0123	0.1534	-0.1607	0.0234	61.523	28.6118	9.9849
6	3.0541	-0.1433	2.2622	0.5515	-0.4466	2.4625	0.0445	0.2787	-0.0832	-0.1206	0.0213	0.1423	0.0276	0.1228	-0.0658	0.0574	-0.0024	-0.0497	0.064	-0.0023	0.079	53.1081	36.9871	20.8267
7	7.4291	-4.2491	7.6633	6.5058	-3.4709	19.6929	-0.3393	0.8109	0.2448	-0.2533	-0.0032	-0.2866	-0.4693	0.7702	0.3425	0.0479	-0.0626	-0.0422	0.1636	0.0082	-0.0066	60.4009	39.835	14.1505
8	1.9314	-0.2834	1.5174	4.2447	-5.1693	17.5178	-0.3508	0.1817	0.1802	-0.2595	0.1815	0.1559	-0.6116	-0.2274	0.1694	0.0754	-0.0528	-0.0843	0.0429	0.0342	0.0983	53.3222	44.5665	23.7259
9	2.6636	-1.3382	2.6947	4.4173	-0.8242	9.2476	0.0895	0.021	-0.0511	0.0454	-0.0099	0.1901	-0.0625	0.0209	-0.0796	0.0364	0.0184	0.0123	0.0571	-0.0002	0.0915	60.1625	33.7522	43.3138
10	2.1983	0.4235	-0.3884	2.0914	0.0336	1.4063	0.0234	-0.0143	-0.0225	-0.0025	-0.0261	-0.0011	-0.0728	0.1469	0.0027	0.0853	0.0146	-0.0145	0.0949	0.0094	0.0517	71.8447	36.1852	43.3276
11	5.2376	-0.3065	-0.9366	2.9502	-0.5918	4.41	0.0261	0.0551	-0.002	0.0062	-0.0777	-0.2965	-0.0603	0.3982	0.0516	0.0503	-0.0051	-0.0145	0.1075	0.0141	0.0424	79.5956	36.1765	42.9279
12	1.9693	-0.3075	0.3703	1.7433	0.1548	1.5276	0.0959	-0.0399	-0.2639	0.0503	-0.0257	0.1062	0.1888	0.082	-0.0702	0.0834	0.016	-0.0124	0.0521	0.0052	0.0771	69.0836	24.6767	45.6993
13	8.1615	2.0544	4.3099	6.8353	0.646	2.3297	0.1718	-0.2217	-0.546	0.21	-0.1076	0.0266	0.4262	-0.0964	-0.0642	0.1002	0.0387	-0.0081	0.0114	0.01	0.1061	69.2577	16.1273	45.325
14	21.0111	-4.4785	11.6729	24.2661	1.4063	22.8604	0.5551	-0.2714	-0.9504	-0.4295	0.1714	0.8598	0.8482	-0.187	-0.7264	0.2353	-0.0023	-0.1109	0.0668	-0.0644	0.2631	62.2265	13.1828	36.4234
15	1.8501	0.5155	0.6106	2.7702	0.2215	1.7159	-0.0317	0.0145	-0.1143	-0.1214	0.0071	0.0951	-0.0024	0.1095	0.0246	0.0905	0.0141	0.0014	0.0993	0.0089	0.077	69.553	28.4233	43.9109

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	0 - 10	1 - 11
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	11 - 28	12 - 29
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	29 - 49	30 - 50
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	50 - 65	51 - 66
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	76 - 93	77 - 94
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	94 - 119	95 - 120
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	120 - 131	121 - 132
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	132 - 141	133 - 142
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	142 - 150	143 - 151
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	151 - 171	152 - 172
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	172 - 182	173 - 183
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	183 - 220	184 - 221
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	221 - 233	222 - 234
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	234 - 238	235 - 239
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	A	239 - 250	240 - 251

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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