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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2no6 | ||||||
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タイトル | C4S dCK variant of dCK in complex with FTC+ADP | ||||||
![]() | deoxycytidine kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / dCK / emtricitabine / human deoxycytidine kinase / FTC / enantiomer / antiviral | ||||||
機能・相同性 | ![]() deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity ...deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity / pyrimidine nucleotide metabolic process / Purine salvage / phosphorylation / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sabini, E. / Hazra, S. / Konrad, M. / Burley, S.K. / Lavie, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Nonenantioselectivity Property of Human Deoxycytidine Kinase Explained by Structures of the Enzyme in Complex with l- and d-Nucleosides. 著者: Sabini, E. / Hazra, S. / Konrad, M. / Lavie, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 116.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 88.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32659.588 Da / 分子数: 2 / 変異: C9S,C45S,C59S,C146S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.39 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Reservoir containing 0.95-1.5M trisodium citrate dihydrate and 100mM HEPES, pH 7.5., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月20日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Rosenbaum-Rock monochromator high-resolution double-crystal Si (111) sagittal focusing, Rosenbaum-Rock vertical プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 43903 / Num. obs: 43616 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 28.5 Å2 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 16.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 9.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 6730 / Rsym value: 0.569 / % possible all: 96.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1P5Z 解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 3.783 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.416 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.951 Å / Total num. of bins used: 20
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