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万見
- PDB-2n8z: Apo form of Calmodulin-Like Domain of Human Non-Muscle alpha-actinin 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n8z
タイトルApo form of Calmodulin-Like Domain of Human Non-Muscle alpha-actinin 1
要素Alpha-actinin-1
キーワードCalcium binding protein / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


platelet morphogenesis / structural constituent of postsynapse / Regulation of cytoskeletal remodeling and cell spreading by IPP complex components / actin filament network formation / fascia adherens / vinculin binding / focal adhesion assembly / muscle cell development / RHOD GTPase cycle / RHOF GTPase cycle ...platelet morphogenesis / structural constituent of postsynapse / Regulation of cytoskeletal remodeling and cell spreading by IPP complex components / actin filament network formation / fascia adherens / vinculin binding / focal adhesion assembly / muscle cell development / RHOD GTPase cycle / RHOF GTPase cycle / Nephrin family interactions / platelet formation / cortical actin cytoskeleton / Syndecan interactions / pseudopodium / brush border / actin filament bundle assembly / RHOBTB2 GTPase cycle / stress fiber / ruffle / platelet alpha granule lumen / actin filament organization / cell projection / Z disc / actin filament binding / integrin binding / cell junction / cell-cell junction / Platelet degranulation / double-stranded RNA binding / actin cytoskeleton organization / regulation of apoptotic process / transmembrane transporter binding / transcription coactivator activity / focal adhesion / calcium ion binding / glutamatergic synapse / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EF-hand, Ca insensitive / Ca2+ insensitive EF hand / Ca2+ insensitive EF hand / EF-hand domain / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. ...EF-hand, Ca insensitive / Ca2+ insensitive EF hand / Ca2+ insensitive EF hand / EF-hand domain / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, water refinement
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Drmota Prebil, S. / Slapsak, U. / de Almeida Ribeiro, E. / Pavsic, M. / Ilc, G. / Zielinska, K. / Hartl, M. / Backman, L. / Plavec, J. / Lenarcic, B. / Djinovic-Carugo, K.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structure and calcium-binding studies of calmodulin-like domain of human non-muscle alpha-actinin-1.
著者: Drmota Prebil, S. / Slapsak, U. / Pavsic, M. / Ilc, G. / Puz, V. / de Almeida Ribeiro, E. / Anrather, D. / Hartl, M. / Backman, L. / Plavec, J. / Lenarcic, B. / Djinovic-Carugo, K.
履歴
登録2015年10月28日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-actinin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9871
ポリマ－16,9871
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Alpha-actinin-1 / Alpha-actinin cytoskeletal isoform / F-actin cross-linking protein / Non-muscle alpha-actinin-1


分子量: 16986.770 Da / 分子数: 1 / 断片: EF-hand domains 1 and 2, residues 743-892 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACTN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: P12814

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1312D 1H-13C HSQC aromatic
1413D HNCO
1513D HNCA
1613D HN(CO)CA
1713D HN(CA)CB
1813D CBCA(CO)NH
1913D C(CO)NH
11013D HBHA(CO)NH
11113D (H)CCH-TOCSY
11213D 1H-15N NOESY
11312D 1H-13C HSQC aliphatic
11412D 1H-13C HSQC aromatic

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試料調製

詳細内容: 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Calmodulin-Like Domain of alpha-actinin 1, 20 mM HEPES, 100 mM Sodium chloride, 1.5 mM DTT, 0.05 mM EGTA, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMCalmodulin-Like Domain of alpha-actinin 1-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMHEPES-21
100 mMSodium chloride-31
1.5 mMDTT-41
0.05 mMEGTA-51
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 7.6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian VNMRS / 製造業者: Varian / モデル: VNMRS / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
Sparky3.113Goddardpeak picking
TALOS+Cornilescu, Delaglio and Baxprediction of protein backbone torsion angles
YASARAKrieger, Koraimann, Vriend精密化
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing, water refinement / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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