PDB-2n50: Novel Structural Components Contribute to the High Thermal Stabil...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2n50

タイトル

Novel Structural Components Contribute to the High Thermal Stability of Acyl Carrier Protein from Enterococcus faecalis

要素

Acyl carrier protein

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Acyl carrier protein / Enterococcus faecalis / Fatty acid synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

lipid A biosynthetic process / acyl binding / acyl carrier activity / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus faecalis V583 (乳酸球菌)

手法

溶液NMR / distance geometry

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Park, Y. / Jung, M. / Song, H. / Jeong, K. / Kim, Y.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2016
タイトル: Novel Structural Components Contribute to the High Thermal Stability of Acyl Carrier Protein from Enterococcus faecalis.
著者: Park, Y.G. / Jung, M.C. / Song, H. / Jeong, K.W. / Bang, E. / Hwang, G.S. / Kim, Y.

履歴

登録	2015年7月2日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年6月7日	Group: Database references
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2n50.cif.gz	537.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2n50.ent.gz	458.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2n50.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2n50_validation.pdf.gz	460.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2n50_full_validation.pdf.gz	644.9 KB	表示
XML形式データ	2n50_validation.xml.gz	38.2 KB	表示
CIF形式データ	2n50_validation.cif.gz	48.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/2n50 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/2n50	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2n4z PDB 未公開エントリ
類似構造データ	2i9h-d 5h9g-1 4ix9-4 6l0o-d 2o87-d 5h9g-2 2uwr-d 2fae-1 2fac-2 2o3l-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25688associated NMR restraints BMRB: 25688

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Acyl carrier protein

8.84 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Acyl carrier protein 分子量: 8840.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus faecalis V583 (乳酸球菌) 株: ATCC 700802 / V583 / 遺伝子: acpP, EF_3111 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q82ZE9

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-1H NOESY
1	3	1	3D CBCA(CO)NH
1	4	1	3D HNCO
1	5	1	3D HN(CA)CB
1	6	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	7	1	3D 1H-15N NOESY
1	8	1	3D 1H-13C NOESY

-
試料調製

詳細

内容: 25 mM MES-1, 5 mM Cacl2-2, 5 mM DTT-3, 10 % [U-99% 2H] D2O-4, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
25 mM	MES-1		1
5 mM	Cacl2-2		1
5 mM	DTT-3		1
10 %	D2O-4	[U-99% 2H]	1

試料状態

pH: 6.1 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化

精密化

手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 4.38 Å / Maximum upper distance constraint violation: 4.04 Å / 代表コンフォーマー: 1

NMR ensemble rms

Distance rms dev: 0.18 Å / Distance rms dev error: 0.02 Å

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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